Работы в бюро Микояна начались одновременно по двум направлениям: проект тяжелого двухдвигательного многофункционального фронтового истребителя «МиГ-МФИ» (или проект «512», на более поздних этапах его нередко обозначали как изделие «5.12») и проект легкого однодвигательного фронтового истребителя «МиГ-ЛФИ» (или проект «412», изделие «4.12»). При этом предполагалась максимальная унификация этих самолетов.

Представленные к защите аванпроекты самолетов ЛФИ и МФИ были положены в основу эскизного проектирования. Из-за трудностей одновременного финансирования разработок двух самолетов было решено сконцентрировать усилия на проектировании «МиГ-МФИ».

Еще до защиты эскизного проекта, в 1986 году, были выпущены первые рабочие чертежи, проводились исследования в аэродинамических трубах и на крупномасштабных управляемых моделях, сбрасываемых с вертолета. Испытания моделей были тщательно засекречены и осуществлялись в строго отведенное время с учетом пролета американских спутников. Кроме того, с той же целью сбрасываемые модели окрашивали в желто-зеленый, камуфляжный, цвет. По воспоминаниям одного из очевидцев этих испытаний, «…подбирать их [модели] предписывалось в считанные минуты после приземления». Вся информация об испытаниях поступала в бюро, по итогам ее изучения облик нового самолета корректировался.

В процессе испытаний моделей выявились некоторые технические проблемы. К примеру, стало ясно, что эксплуатация будет очень сложна из-за невозможности использования стандартных оборудования и приспособлений для подвески ракет. В итоге конструкторы остановились на более «традиционном» способе размещения грузоотсека, еще раз поменяв компоновку. Пришлось пожертвовать и радиолокационной «невидимостью» – некоторые нововведения увеличивали так называемую эффективную поверхность рассеивания, а не снижали ее.

Тем не менее, согласно расчетам, по уровню боевой эффективности самолет «МиГ-МФИ» превосходил американский истребитель «F/A-22» («Raptor») и все аналогичные европейские проекты.

В 1991 году удалось успешно защитить эскизный проект истребителя, после чего начался выпуск чертежей и производственной документации. Для анализа особенностей аэродинамической компоновки, силовой установки, комплексной системы управления, а также определения эффективной отражающей поверхности самолета «МиГ-МФИ» было решено построить экспериментальный прототип, получивший шифр – изделие «1.44».

Распад Советского Союза фактически повлек за собой развал национальной промышленности, что в итоге отрицательно сказалось на работе почти всех авиационных предприятий. Постоянное изменение структуры «микояновской фирмы», ее переподчинение и смена руководителей не могли не отразиться на военных программах, в том числе на программе МФИ. После 1992 года финансирование работ по теме значительно снизилось. В течение нескольких лет у бюро даже не было свободных средств, чтобы оплатить недостающие рулевые гидроприводы, что, в свою очередь, не позволяло приступить к летным испытаниям практически построенного опытного самолета. Тем не менее опытному производству АНПК «МиГ» удалось построить макет самолета «1.44», элементы планера для статических испытания и совместно с серийными заводами создать задел для постройки опытных образцов.

Первый прототип экспериментального самолета «1.44» в недоукомплектованном виде был перевезен на летно-испытательную станцию в Жуковский в начале 1994 года. Летом с большими предосторожностями сфотографировали машину (как всегда, был выбран момент, когда самолет не могли «засечь» американские разведывательные спутники), после чего опять загнали в ангар до конца года. Только в декабре шеф-пилот фирмы Роман Таскаев на недоукомплектованном самолете выполнил первую скоростную «рулежку» на полосе с отрывом передней опоры шасси. Но именно в это непростое время у истребителя «МиГ-МФИ» появился серьезный конкурент.

Как было сказано выше, в конкурсе на разработку истребителя пятого поколения принимали участие и конструкторы бюро Сухого, предложившие необычный самолет с обратной стреловидностью крыла. Несмотря на то, что ВВС выбрали «МиГ-МФИ», «суховцы» продолжили работу над своим проектом под руководством генерального конструктора Михаила Симонова. Не остановилось проектирование и в тяжелые 1990-е годы. Руководство бюро исходило из необходимости сохранения передовых авиационных технологий, памятуя о том, как потеря звеньев в цепи последовательного развития военной авиации привела к серьезному отставанию в этой области Великобритании, Германии и Японии. Так на свет появился экспериментальный истребитель «С-32».

Крыло обратной стреловидности имеет ряд преимуществ перед классическим «прямым» крылом: самолет с ним получает несколько большую дальность полета на дозвуковой скорости за счет повышения аэродинамического качества, увеличение подъемной силы (следовательно, грузоподъемности), уменьшение скорости «сваливания» (следовательно, возможность устойчивого полета при малых скоростях), увеличение внутренних объемов фюзеляжа (следовательно, больше оружия) и тому подобное. Об этих особенностях крыла обратной стреловидности знают давно – первые попытки построить боевой самолет с таким крылом предпринимались еще в Третьем рейхе (бомбардировщик «Ju 287»), однако реализовать преимущества не получалось, поскольку крыло обратной стреловидности подвергается так называемой аэродинамической дивергенции (потере статической аэроупругой устойчивости при достижении определенных скоростей), а технологии и материалы того времени не позволяли обеспечить достаточную жесткость. Поэтому к необычной схеме вернулись только в середине 1970-х, когда появились новые композиционные материалы (углепластики).