На время пребывания в Новгороде иудейских эмиссаров приходится период ожесточенного противостояния с Москвой литовской партии во главе с Марфой Борецкой. В битве на реке Шелони 14 июля 1471 г. московское войско наголову разбило новгородское ополчение. В августе 1471 г. побежденные новгородцы подписали договорные грамоты с Иоанном Третьим, по которым московский государь еще частично сохранял новгородскую автономию, но потребовал не переходить на сторону Литвы и поставлять новгородского архиепископа в Москве.

Схария, распространяя в Новгороде свое учение, не был озабочен пропагандой в народе. Его интересовало духовенство и верхи общества. Прежде всего Схарии удалось привлечь двух священников, Дионисия и Алексия. Как отмечает историк О.А. Платонов, еретики пытались насадить в Русской церкви иудаизм. Жидовствующие отрицали Святую Троицу, Христа как Сына Божьего, хулили Святого Духа. Они отвергали Божество Спасителя и Его воплощение, отрицали Второе славное пришествие Христово и Его Страшный Суд. Еретики отвергали апостольские и святоотеческие писания и все христианские догматы, отрицали церковные установления: таинства, иерархию, посты, праздники, храмы, иконопочита-ние. Особенно ненавидели они монашество.

Как считает Платонов, «в организации секты жидов-ствующих многое напоминало будущее масонство: строгая законспирированность, проникновение в высшие слои правительства и духовенства, ритуал, включающий «обряд» поругания святыни… Являясь непримиримыми врагами христианства, жидовствующие скрывали свою ненависть к нему, втайне рассчитывая постепенно разрушить его изнутри». Обольщая астрологией и чернокнижием, Схария и другие прибывшие с ним иудеи хвалились каббалою, древними преданиями, якобы дошедшими до них от Моисея, уверяли даже, что имеют книгу, полученную Адамом от Бога, что знают все тайны природы, могут объяснить сновидения, угадывать будущее, повелевать духами.

В 1480 г. ересь проникла в Москву. И невольно помог этому сам Великий князь Иоанн III, который за показное благочестие и книжность перевел в столицу тайных еретиков Алексия (которого сделал протоиереем Успенского собора в Кремле) и Дионисия, (ставшего во главе Архангельского собора). Алексий снискал особенную милость государя, имея к нему свободный доступ. Одновременно жидовствующие прельстили архимандрита Симонова монастыря Зосиму, инока Захария, близкого царю дьяка Федора Курицина и многих других. После смерти в 1489 г. владыки Геронтия Алексий убедил великого князя Иоанна III поставить митрополитом еретика Зосиму.

В 1487 г., совершенно случайно, архиепископ Геннадий обнаружил эту тайную ересь в Новгороде. Четыре напившихся еретика, поссорившись, стали упрекать друг друга в нечестии. Владыке донесли. Геннадий, арестовав еретиков, послал их в Москву, требуя для них гражданской казни (публичной порки кнутом). В столице, как пишет исследователь И. Хрущов, «не горячо взялись за дело о еретиках, тянули его и Геннадию не слали ответа. Сам митрополит повел себя двусмысленно».

Тогда архиепископ Геннадий пишет к Нифонту, епископу Суздальскому, прося его обратиться к Великому князю и митрополиту. И только после этого митрополит Геронтий взялся за дело более энергично и сообщил Геннадию, что Великий князь совместно с собором решили дело о еретиках, признав виновными в ереси троих. Их били кнутом и отослали обратно в Новгород, приказав Геннадию продолжать следствие. Дело о первых еретиках (Григории, Ересиме и Самсоне) закончилось зимою 1488 г. В начале 1489 г. скончался владыка Геронтий.

В тайное общество, которое организовали в Москве еретики, привлекались в основном высокопоставленные люди. Среди них — известный дипломат, дьяк Федор Курицын, которого Иоанн III посылал в Волошскую землю по поводу брака сына его Ивана Молодого с Еленой, дочерью воеводы Стефана. По другим данным, сам Федор Курицын был активным пропагандистом ереси, которую завез на Русь из Европы. Еретики обратили в жидовст-во вдову умершего царевича Ивана Молодого — Елену Стефановну, невестку Великого князя. В сентябре 1490 г. тайный еретик Зосима, архимандрит Симонова монастыря, стал митрополитом. Таким образом, еретики проникли к самым вершинам светской и духовной власти.

Архиепископ Геннадий, допрашивая возвращенного из Москвы еретика Самсонку, узнал от него о столичном кружке Федора Курицына. В самом Новгороде еретики, видя гуманное к ним отношение московских властей, начали публично осквернять иконы и отказываться от причастия. Когда особо ретивого еретика Захарию архиепископ Геннадий пытался наказать, тот сбежал в Москву, и стал оттуда рассылать клеветнические грамоты, обвиняя в ереси самого владыку.

Тогда владыка Геннадий написал в Москву, прямо указав на Федора Курицына как на главную опору жи-довствующих в столице. От главы Церкви митрополита Зосимы архиепископ потребовал созыва собора для осуждения еретиков. Одновременно Геннадий обратился к другим архиереям: архиепископу Ростовскому и Ярославскому Тихону, епископу Суздальскому и Тарусскому Нифонту, Вассиану Тверскому, Филофею Пермскому и другим, убеждая их встать на борьбу с ересью и созвать собор, чтобы покарать жидовствующих.

Собор состоялся 17 сентября 1490 г. На нем прокляли протопопа новгородского Гавриила, Дионисия {Алексий уже умер) и других ересиархов. Они были отправлены в Новгород к архиепископу Геннадию для гражданской казни. Митрополит Зосима не осмелился на соборе защищать еретиков, но после собора стал удалять исповедников Православия с важных церковных постов и ставить на них еретиков.

И тогда преподобный Иосиф Волоцкий начинает активную борьбу с ересью и в первую очередь с покровителем жидовствующих, митрополитом Зосимой. В письме епископу суздальскому Нифонту Иосиф призывает его очистить Церковь от неслыханного соблазна, открыть глаза государю, свергнуть Зосиму: «В великой церкви Пречистой Богородицы, сияющей как второе солнце посреди всея Русской земли, на том святом престоле, где сидели святители и чудотворцы Петр и Алексий… ныне сидит скверный и злобный волк, одетый в одежду пастыря, саном святитель, а по воле своей Иуда предатель и причастник бесам».