Из Вашингтона Линкольн пытался руководить генералом Банксом и делами в Луизиане, где установилась чересполосица гражданской и военной власти. Генерал Банкс управлял 17 округами Луизианы из 48, находившихся под контролем армии Союза, в которых жила четвертая часть всех рабов штата. Линкольн хотел, чтобы штат принял декларацию об освобождении негров и постепенно «обе расы изжили бы прежние отношения и нашли бы какой-нибудь модус для новых взаимоотношений. В частности, в план можно включить общее образование для черных».

Банкс объявил, что 22 февраля состоятся выборы. Свободные белые мужчины, принявшие клятву верности, подали 11 тысяч бюллетеней, из них Майкл Хан, кандидат Банкса, получил 6183 голоса, Фелоус — сторонник рабства — 2 996 и Фландерс — 2 232. Хану было тридцать четыре года. Уроженец Баварии, Хан в младенческом возрасте был привезен его родителями в Нью-Йорк, затем вместе с родителями переехал в Новый Орлеан, где и окончил юридический факультет.

Линкольн написал Хану личное письмо. «Поздравляю вас, первого губернатора свободного штата Луизианы. Я едва осмеливаюсь подсказать вам одно предложение: подумайте о возможности в будущем допуска к выборам цветных, например, наиболее смышленых, в особенности тех, кто доблестно дрался в рядах нашей армии». Кроме того, президент приложил официальное уведомление о том, что Хан назначается также военным губернатором Луизианы — на тот случай, если гражданские выборы его губернатором будут поставлены под сомнение. Новое назначение даст ему полномочия распоряжаться войсками в случае беспорядков.

В марте Банкс возглавил военную экспедицию к реке Рэд. Сорокатысячная армия, плохо управляемая Банксом, потерпела поражение и откатилась к Александрии. Инициаторами похода были Линкольн, Сьюард, Галлек, Грант, Шерман, журналисты и торговцы хлопком. Банкс рад был вернуться восвояси и раздать свои войска различным командирам. Посыпались обвинения в том, что потерпевшая поражение экспедиция имела главной целью захват колоссальных запасов хлопка для последующей продажи их правительством текстильным фабрикантам.

Два торговца приехали в Александрию с письменными разрешениями Линкольна на покупку хлопка. Это были его старые спрингфилдские друзья. То незначительное количество хлопка, которое им удалось добыть, было у них отобрано армией и использовано в военных целях. Но их появление в лагере у реки Рэд с разрешениями самого президента вызвало серьезное осуждение.

Секретари Линкольна отметили, что возможность получить крупные прибыли на торговле хлопком приводила к невероятному давлению, оказываемому на президента. Иногда он уступал. «Соблазн был так велик, что все страстно стремились принять участие в торговле хлопком. Не имело значения, кто продавал хлопок: верноподданный или мятежник, производилась ли оплата кукурузной мукой или порохом… Во многих случаях армейские офицеры потворствовали контрабанде и участвовали в прибылях. Вместо борьбы с мятежниками армия занималась спекуляцией хлопком…»

Когда 13 сентября 1863 года 13-тысячная колонна союзных войск под командованием генерала Фредерика Стила вошла в Литл-Рок, столицу Арканзаса, большая часть штата подпала под власть Севера. Восемь полков, сформированных из граждан Арканзаса, стали под знамена Союза. В январе Линкольн выслал генералу Стилу клятвенные книги и бланки удостоверений для использования при организации нового правительства. На съезд приехало 44 делегата, представлявших 22 из 45 графств штата Арканзас. Съезд объявил отделение от США аннулированным, рабство уничтоженным немедленно и безоговорочно, а долги конфедератам недействительными.

Согласно постановлению съезда генерал Стил назначил выборы на 14 марта. За новую конституцию голосовали 12 179 избирателей, 226 — против; за кандидата в губернаторы Айзака Мэрфи голосовали 12 430 человек, подписавших клятвы верности в 40 графствах. Избранные два сенатора и три конгрессмена поехали в Вашингтон, предъявили свои мандаты, услышали споры и грызню в сенате и палате по вопросу о том, как реконструировать оккупированные штаты, и вернулись домой, чтобы известить своих избирателей, что им пока еще не разрешили занять свои места.

Вокруг Литл-Рока появились партизаны в таком количестве, что стало опасным выезжать из города. Бригадный генерал Эндрюс написал Линкольну: «Значительное большинство плантаторов приняли клятву, внешне они согласны с декларацией об освобождении рабов, но не отпускают их и надеются, что им удастся сохранить прежние условия». Линкольн и Роузкранс получали сообщения из Миссури о том, что там бесчинствуют бродяги, воры, мародеры, дезертиры, поджигатели, организованные в шайки по десять, по двадцать, по сто человек; многие из них носят форму федеральной армии.

В Миссури выдвинулся 43-летний адвокат Франк Блэйр-младший. Он участвовал в мексиканской войне, охотился на медведей и волков, редактировал газету «Миссури демократ», состоял членом законодательного собрания, в 1856 году помогал организовать республиканскую партию. Один из первых республиканцев в конгрессе, он опередил Линкольна на пять лет своим предложением о выплате возмещения плантаторам за освобожденных рабов и о необходимости колонизировать негров.

Блэйр самостоятельно сформировал бригаду и был назначен ее генералом. Бригаду направили в распоряжение Гранта в район излучины Миликен реки Миссисипи. Грант отнесся к этому неприязненно, так как видел в Блэйре лишь штатского генерала — еще одного политика с незаслуженными звездами на погонах. Но у отвесных берегов Чикасоу, у Арканзас-Пост, у пристани Хард-Таймс, у горы Чампион, у Биг-Блэка» Язу Блэйр умело воевал в тяжелых условиях, и Грант сказал, что он приятно ошибся в Франке Блэйре, ибо «…не знаю человека храбрее его… выполнявшего все приказы… без колебаний и с необыкновенной быстротой».