То, что Дон Карлос ничего не скрывал, подчёркивало его психическую неустойчивость. Он жаловался направо и налево, что отец задерживает его женитьбу, потому что ему ненавистна мысль о передаче короны детям нелюбимого сына. Он напоминал вельможам о клятве верности, которую они ему дали в соборе Толедо семь лет назад. Он обещал вознаградить их услуги, которые они могли бы ему оказать, но подобные интересы не имели смысла в Испании, где все карты были на руках у короля, а выразителем этих интересов был больной, неуравновешенный юноша.

Самые большие надежды он возлагал на своего молодого дядю, дона Хуана Австрийского, которого он всегда обожал. Он командовал флотом, и его помощь была очень важна, ибо Дон Карлос намеревался отплыть из Картахены в Италию. 23 или 24 декабря 1567 г. он вызвал дона Хуана к себе во дворец и попросил о помощи. «Что ты можешь ожидать от короля? — прямо спросил он. — Посмотри, как он обращается со своим собственным сыном. Он навсегда оставит тебя в бедности. Но если ты поддержишь меня, я отдам тебе королевство Неаполитанское и герцогство Миланское». Дон Хуан по-доброму отнёсся к молодому принцу, но у него не было желания скомпрометировать себя в глазах короля, приняв участие в безрассудном плане, который приведёт к верному краху. Он пытался отговорить Карлоса, подчёркивая трудности и опасности предполагаемого путешествия. Он знал, каким Дон Карлос мог быть во гневе, поэтому не дал прямого ответа, попросив двадцать четыре часа отсрочки. На следующий день он написал Дону Карлосу, сообщая, что его по делу вызвали в Эскориал.

На самом деле он рассказал королю о планах его сына. Филипп продолжал праздновать Рождество, он был озабочен тем, чтобы получить от папы отпущение грехов, и сначала, казалось, был более раздражён, чем удивлён этим сообщением. Однако поступили и другие новости. Дон Карлос признался в Рождественской исповеди монаху в монастыре Св. Иеронима в Мадриде, что у него в душе убийство и ненависть. Монах отказался дать ему отпущение. Принц в ответ сказал, что если он не получит отпущения, то ему наверняка могут дать неосвящённые хлеб и вино, так, чтобы публика подумала, будто он причастился. Когда настоятель Аточи стал задавать ему дальнейшие вопросы, он наконец признался, что ненавидит собственного отца. Об этом узнал король.

Вряд ли Филипп мог не предпринять того, что много лет зрело у него в уме. Он продлил своё пребывание в Эскориале. Он попросил, чтобы молились во всех главных монастырях Мадрида. Он советовался с врачами и с Государственным советом. Сохранился только один ответ, данный юристом Наварро Мартином Даспилакуэтой. Он вспомнил дело Людовика XI во Франции, который, будучи дофином, взбунтовался против своего отца, Карла VII, и подчеркнул, что Испания оказалась бы в величайшей опасности, если бы Дон Карлос бежал за границу. Мятежники в Нидерландах могут поставить его для вида во главе, и под угрозой окажется дело религии.

Жребий был брошен. Когда Дон Карлос узнал, что Филипп вернулся из Эскориала в Мадрид, он занервничал, предполагая, что отцу стало что-то известно. Ему сказали, что королю действительно очень не нравится его поведение, хотя когда через несколько дней отец и сын на самом деле встретились лицом к лицу, они оба притворились. Дон Карлос имел ещё одну беседу со своим дядей доном Хуаном, в связи с которой сохранились две разные версии. Согласно одному отчёту, Дон Карлос ещё раз сказал о своём решении сесть в полночь на корабль в Картахене и попросил дона Хуана о помощи. И дон Хуан опять уклонился от ответа. Согласно другому отчёту, Дон Карлос спросил своего дядю, что произошло в Эскориале, и когда тот начал отвечать уклончиво, схватился за шпагу. Когда дон Хуан отошёл к двери, он обнаружил, что она заперта на засов, и ему пришлось вызвать служителей принца, чтобы её открыли.

Это произошло в 11 часов ночи 18 января 1568 г., когда Дон Карлос уже лёг спать. Филипп в сопровождении своих приближённых — герцога Фериа, приора Дона Антонио де Толедо, Луиса де Кихада и Руя Гомеса, принца Эболи, который был управляющим хозяйства принца, вошли в покои Дона Карлоса с двумя служителями, которые несли молотки и гвозди. Герцог Фериа возглавлял процессию с фонарём в руке; у короля под одеждой были доспехи. Несмотря на предосторожности Дона Карлоса, они без труда открыли дверь, так как механизм был обезврежен. Принца взяли за руки. Он спросил:

— Кто это?

— Государственный совет, — ответили ему.

Когда он увидел отца, он вскричал:

— Ваше величество хочет меня убить?

Король, как всегда сдержанный, обещал, что ему не причинят вреда.

— То, чего я хочу, — для твоего же блага.

Служители забили окна, унесли всё оружие, даже кочергу, а также бумаги принца. Дон Карлос упал на колени перед отцом:

— Ваше величество, убейте меня, но не арестовывайте — это будет огромным скандалом для вашего королевства. Если ваше величество меня не убьёт, я сам убью себя.

Он двинулся к камину как будто для того, чтобы броситься на горящие брёвна. Дон Антонио сцепился с ним, а король холодно произнёс:

— Если ты себя убьёшь, это будет поступок безумца.

— Я не безумен, — пробормотал принц, — я в отчаянии от того, что ваше величество так плохо со мной обращается.

Отчаянно рыдая, он продолжал упрекать своего отца за его жестокость.

— С этих пор я не буду относиться к тебе как отец, — единственное, что произнёс король.

Он приказал сопровождающим никогда не оставлять принца одного ни днём, ни ночью.