Параллельно готовился запуск собственного лейбла группы — Apple. 11 августа 1968 года на нем должны были выйти первые четыре сингла, включая «Those Were The Days» Мэри Хопкин и «Неу Jude». Маккартни написал эту песню, чтобы ободрить сына Леннона Джулиана после развода его родителей, но она быстро обрела свое собственное значение. Когда Джон услышал «Неу Jude», он воспринял слова «до and get her» («иди вперед, и пусть она станет твоей») как закодированное сообщение: «[Пол] говорил: „Иди вперед, оставь меня“. На сознательном уровне он не хотел, чтобы я шел вперед, — рассказывал Леннон в конце жизни журналу Playboy. — Ангел внутри Маккартни благословлял меня. Но демону в нем это совсем не нравилось, потому что он не хотел потерять своего партнера».

В сентябре 1968-го The Beatles исполнили «Неу Jude» на телешоу «Frost On Sunday». Песня была принята на «ура», и музыканты решили, что им стоит снова выступить перед живой аудиторией, — Леннон был особенно воодушевлен этой идеей. В январе 1969 года был запланирован концерт в лондонском зале Roundhouse, а перед этим музыканты договорились записать репетиции для очередного телепоказа. Руководить съемками был приглашен Майкл Линдсей-Хогг, ранее снявший клипы по мотивам «Rain» и «Paperback Writer».

Перед началом работы Леннон, всегда считавший аранжировки «Sgt. Pepper’s» пустой показухой, сказал Джорджу Мартину: «Мы хотим, чтобы это был честный альбом… Никаких наложений… Мы просто записываем песню, и все».

Достичь этого, однако, было весьма непросто: чтобы записывать песни с одного дубля, приходилось бесконечно репетировать. Джордж Мартин настолько утомился сессиями, что перестал появляться в студии, и над треками для лонгплея «Get Back», переименованного впоследствии в «Let It Ве», работал приглашенный Маккартни Глин Джонс.

Все было непросто с самого начала. Поскольку репетиции решено было записывать, они проводились в Twickenham Film, работавшей с девяти до пяти — не самое лучшее время для Битлз. Это было бы преодолимо, если бы музыканты сохраняли энтузиазм по поводу своей задумки, но о том, для чего это все, помнил, похоже, только Маккартни. Впрочем, сессии оказались очень продуктивными: были сыграны пятьдесят две новые песни, и многие из тех, что не вошли в «Let It Ве», оказались на «Abbey Road» или стали жемчужинами ранних сольных альбомов участников группы. Но одновременно напряжение вырвалось наружу. Попытки Пола заставить всех заняться делом и управлять записью вызывали общее раздражение — особенно у Харрисона, который устал чувствовать себя на подчиненном положении и разочаровался в идее выступать живьем. Самые опасные трения, однако, назревали между Харрисоном и Ленноном: Джордж чувствовал, что голос Йоко теперь значит в студии чуть ли не больше, чем его собственный. 10 января Харрисон с Ленноном начали драться, и Джордж заявил, что уходит из группы. Через несколько дней ситуацию удалось разрешить, но Харрисон поставил условие, что после шоу в Roundhouse концертов больше не будет.

В итоге все сроки были провалены — к концу января стало ясно, что никакой концерт дать уже не получится. Однако The Beatles хотели завершить начатый фильм, и 29-го числа кто-то — одни говорят, что Пол, другие — что Ринго, — предложил заснять выступление на крыше здания Apple. На следующий день состоялся первый концерт группы за три года — он же последний и лучший.

Но несогласия музыкантов не ограничивались студией. Принадлежавший им лейбл Apple терял деньги, а участники группы категорически не желали (за исключением все того же Маккартни) следить за своими финансами. Apple был нужен новый управляющий, и Пол, собиравшийся жениться на американке Линде Истман, был уверен, что ее отец Ли и брат Джон — нью-йоркские адвокаты, работавшие в сфере шоу-бизнеса, — идеально справятся с этими обязанностями. Харрисон, Старр и в первую очередь Леннон, сочли, что Маккартни уже и так имеет слишком много влияния в группе, чтобы позволять его будущим родственникам заправлять финансовыми делами группы. Фаворитом Джона стал Аллен Клейн, давно уже мечтавший поработать с The Beatles, и, несмотря на предостережения Мика Джаггера, в сторону этой кандидатуры также склонились Джордж и Ринго.

Вечером 9 мая 1969 года, когда музыканты записывались в Olympic Sound Studios, Аллен Клейн ждал снаружи, пока Леннон, Харрисон и Старр по его указанию требовали от Маккартни, чтобы тот немедленно подписал с Клейном трехлетний контракт. Несмотря на ярость остальных, Пол отказался. Тогда Аллен и трое участников The Beatles сочли, что это не так уж и важно — решения в группе принимались большинством голосов, — но впоследствии Маккартни сумел доказать в суде, что поскольку его подписи под контрактом нет, он никак от Клейна не зависит.

Несмотря на тяготы работы над еще не вышедшим «Get Back», The Beatles снова собрались, чтобы записывать песни. Какое бы отвращение они ни испытывали друг к другу, им все еще нравилась музыка, которую они делали вместе. Склоки продолжались: в какой-то момент Леннон требовал, чтобы его песни и песни Маккартни были помещены на разных сторонах пластинки. При этом на первый план наконец вышел Харрисон: его «Something» и «Неге Comes The Sun» были сочтены одними из лучших вещей, которые The Beatles записали летом 1969-го.

Получившийся в результате альбом «Abbey Road» представляет собой масштабную панораму, отражающую зрелые силы участников группы. Но ее история уже подходила к концу. 13 сентября Леннон и Оно выступили на фестивале в Торонто с временным составом, включавшим в себя Эрика Клэптона, и этот опыт убедил Джона, что он больше не может ограничивать себя рамками старой группы. Неделю спустя, в ходе встречи в Apple, где Маккартни снова пытался побудить своих товарищей отправиться в тур, Леннон ответил: «По-моему, ты дурак. Я не собирался тебе говорить, но я распускаю группу. Это здорово. Это похоже на развод».