Оставаясь за крепкими стенами Троицы, Петр отправил брату Ивану письмо с решением устранить Софью от власти. «Государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царство править самим, понеже есьми пришли в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титле и расправе дел быть не изволяем».

По общему мнению, Петр к этому посланию руку не приложил: текст письма был составлен сторонниками вдовствующей царицы по ее приказанию.

Софья терпела крах по всем направлениям. Был схвачен, подвергнут пытке и казнен ее последний «галант» Федор Шакловитый.

Поскольку пытка и кнут представляли собой неотъемлемые и любимые инструменты управления Петра Великого, следует описать их подробно.

Пытка в Российском государстве конца XVII века внешне уступала чудовищным изобретениям церковных и светских властей Западной Европы. Отечественный застенок был лишен большей части технических приспособлений, удовлетворявших садистским наклонностям инквизиторов и их протестантских коллег. В хорошо звукоизолированном каменном помещении-подклете к потолку был подвешен блок с веревками, которыми обвязывали закрученные назад руки пытаемого. За кисти рук несчастного поднимали к потолку — вешали на дыбу. Между связанных ног ему продевали бревно, на которое палач прыгал, чтобы руки пытаемого вышли из плечевых суставов и он был растянут между полом и потолком. Затем по указанию ведущего допрос заплечных дел мастер брал в руки кнут, плетенный из полос жесткой кожи, иногда для большей эффективности усаженный металлическими остриями. Удар наносился так, чтобы кнут-длинник обвился вокруг тела и содрал широкую полосу кожи с мясом практически до костей. Кроме того, пытаемого можно было жечь огнем или прикладывать к его телу кусок раскаленного на углях металла, но эти дополнительные средства обычно оказывались излишними. Подозреваемые часто «признавались» уже при виде кнута и дыбы — это называлось «расспросом у пытки». Мало кто из сильных и привычных к опасностям людей продолжал отрицать возводимые на них обвинения после пяти или десяти ударов длинником.

После пытки лишились голов и другие друзья и сторонники царевны. Женщина больших страстей, умевшая тонко чувствовать и сопереживать, Софья ощущала их боль как собственную.

Василий Голицын стараниями двоюродного брата Бориса сохранил жизнь. Но «за все его вины великие» государи Петр Алексеевич и Иван Алексеевич указали «лишить его чести и боярства и послать с женой и детьми на вечную ссылку в Каргополь. А поместья его, вотчины и дворы московские и животы отписать на себя, великих государей».

Сильвестр Медведев бежал, но был опознан и после правежа казнен.

Софья в конце сентября была заключена вместе со своей единомышленницей, царевной Марфой, в Новодевичий монастырь. Царь Иван не сумел защитить сестер. Но он был практически отодвинут от власти; ему оставили только приличествующее содержание и некоторые декоративные функции.

Оказавшись в монастыре, Софья прежде всего беспокоилась о «братце Васеньке». Она ухитрилась переслать ему в ссылку письмо и большую сумму денег — едва ли не большую часть того, чем сама располагала. А он не только не искал встреч с Софьей, но уверял, что не знал ни о каких планах переворота, а против ее венчания на царство и вовсе возражал, «что то дело необычайное».

После казней и заточения сестер Петр вновь вернулся к своим потешным забавам. В деле управления страной он очень полагался на свою мать, слабую и невежественную Наталью Кирилловну. По свидетельству Куракина, «правление оной царицы было весьма непорядочное, и недовольное народу, и обидимое, и в то время началось неправое правление от судей, и мздоимство великое, и кража государственная».

Петр не имел к этому никакого отношения: до самой смерти матери он не был допущен к государственным делам.

Добившись своей цели, Наталья Кирилловна передала в храм Святого Николая на Маросейке древнегреческую икону X века в драгоценном окладе. Теперь царицу видели только величественной милостивицей, всемогущей вершительницей судеб, шествующей или принимающей государственные решения в окружении почтительных советников. Она действовала с помощью трех бояр, патриарха Иоакинфа и на все согласной Боярской думы.

В регентство царицы Натальи брату ее Льву, начальнику Посольского приказа, совсем пустому человеку, подчинены были почти все министры, кроме Тихона Стрешнева, министра военного и внутренних дел. Князь Борис Голицын, глава Казанского приказа, по выражению князя Куракина, правил всем Поволжьем «так абсолютно, как бы был государем», и весь этот край разорил. Но он рассматривал свое удаление от двора, хоть и на хлебную должность, как ссылку — Нарышкины не простили ему заступничества за Василия Голицына. Несколько сдерживал этот разгул дядька царя Ивана, Петр Прозоровский, который ведал государственной казной и являл собой редкий в то время тип честного человека.

Годы правления Натальи Кирилловны остались в истории как время «наибольшего падения первых фамилий, а особливо имя князей было смертельно возненавидено и уничтожено», когда всем распоряжались господа вроде Нарышкина и Стрешнева.

Правление Нарышкиной представлялось современникам эпохой реакции против реформаторских стремлений Софьи.

А царица Евдокия все чувствовала правильно. Петр действительно к ней вернулся. И 19 февраля 1690 года на свет появился царевич Алексей. Радости Петра не было предела. Он ликовал, не мог усидеть на месте, бегал, кричал от счастья, целовал Евдокию и мать. Сжимая хрупкие плечи жены, он чувствовал к ней такую же любовь, как в первый медовый месяц.

Рождение престолонаследника было отмечено в Москве грандиозным празднеством, которое происходило в Кремле. После торжественной литургии сразу в трех соборах — Успенском, Архангельском и Благовещенском — ликующий Петр в Передней палате угощал думных и ближних людей «кубками фряжских питий», а московское дворянство, стрелецких полковников, дьяков и богатых купцов — водкой. Правда, скоро он умчался к своим потешным друзьям — пить, гулять и веселиться. Измученная Евдокия тоже была счастлива: она выполнила свой долг перед мужем и государством и упрочила свое положение, даровав стране наследника.