В этой кампании Ушаков широко использовал отряды крейсерских кораблей, фрегатов, в первую очередь. Боевые действия начались с захвата острова Цериго отрядом из двух фрегатов под командой капитан-лейтенанта Шостака.

Через две недели 13 октября 1798 года те же два фрегата («Григорий Великия Армении» и «Счастливый»), высадив десант, заняли остров. Затем наступила очередь и других островов. При занятии острова Св. Мавры отличился отряд капитана 1-го ранга Д. Сенявина.

Наконец русско-турецкая эскадра подошла и блокировала остров Корфу, наиболее укрепленный пункт в архипелаге. После длительной осады при активной поддержке корабельной артиллерии русско-турецкий десант 20 февраля 1799 года занял Корфу. Русско-турецкий флот получил надежную базу и приступил к ряду крейсерских и десантных операций против французов. В этих операциях широко использовались фрегаты. В основном эти операции были направлены против ряда пунктов на итальянском побережье.

23 апреля 1799 года отряд капитана 2-го ранга Сорокина (три фрегата и два корвета) занял г. Бриндизи. 1 мая этим отрядом был занят г. Мола. Операций по высадке десантов и блокаде побережья Италии было множество. Более других в них отличился капитан-лейтенант Белли, десантный отряд которого совместно с неаполитанскими войсками штурмом взял Неаполь. Император Павел I, узнав об этом, заявил: «Белли удивил меня, но и я удивлю его!» — и наградил капитан-лейтенанта генеральским орденом Св. Анны первой степени.

Блестящая ушаковская компания на Средиземном море, хотя и позволила получить пункты на Ионических островах для базирования флота, особых выгод для России не принесла, и эскадра Ушакова 31 декабря 1799 года была отозвана в Черное море.

Война с Францией 1804 — 1807 годов на Средиземном море напоминала по своей направленности вторую половину предыдущей ушаковской компании. Учитывая опыт, полученный в предыдущих операциях против французов, русская эскадра под командой вице-адмирала Л Сенявина помимо десяти линейных кораблей включала значительный отряд крейсерских кораблей — пять фрегатов, шесть корветов и шесть бригов, а также сильный отряд канонерских лодок для действия у берегов.

Несмотря на то что по сравнению с событиями на сухопутном фронте операции на море представляются незначительными, о некоторых из них, связанных с крейсерскими кораблями, стоит упомянуть.

9 февраля 1805 года бриг «Летун» отбил у французов захваченное русское торговое судно, положив тем самым начало крейсерским операциям в ту компанию. 17 февраля того же года отряд капитан-командора Белли захватил французскую шебеку «Азард». 6 июня 1806 года у далматинского берега два русских фрегата — «Вену» и «Автроил» — в бою с одиннадцатью французскими шебеками и канонерскими лодками потопили два и захватили три корабля. В сентябре 1806 года в течение десяти дней отряд русских кораблей, в состав которого входил фрегат «Вену», удачно действовал против французов в Каттарской бухте. В результате этих действий французы были вынуждены отступить. Русским достались десять транспортов с провиантом.

В заключение описания боевых столкновений между русскими и французскими кораблями необходимо упомянуть славное дело у острова Браццо. Застигнутый штилем русский бриг «Александр» под командой лейтенанта И. Скаловского (16 пушек) был атакован отрядом французских кораблей из пяти вымпелов с общим числом пушек в 26 стволов и сильным отрядом десантников, предназначенных для абордажа.

Некоторая символичность этого боя заключалась в том, что флагманский корабль французов носил имя «Наполеон». Бой закончился победой русского брига. Две канонерские лодки французов были потоплены, а остальные ни с чем были вынуждены отступить.

Зигзаги политики императора Александра I, вызванные неудачами на сухопутном фронте, мгновенно делали прежних союзников врагами, а врагов — союзниками. В результате в 1807 году Россия воевала, но уже с Турцией.

События на Средиземном море были в основном связаны с блокадой Дарданелл эскадрой Сенявина. Совместные операции с английской эскадрой адмирала Дукворта не состоялись. Не согласовав свои действия с русскими, английский адмирал предпринял самостоятельный рейд в Мраморное море. Для нанесения удара по Стамбулу у англичан сил недоставало, а на обратном пути через Дарданеллы они понесли значительные потери и ушли на Мальту, оставив эскадру Сенявина в одиночестве. Однако эта компания была отмечена двумя сражениями — у Дарданелл и Афона. Турецкий флот лишился трети своего состава. В боях отличился среди прочих и фрегат «Венус».

Операции на Черном море заключались в основном действиями против крепостей на Кавказском побережье. В них принимали активное участие и крейсерские корабли, в частности, фрегат «Воин», отличившийся при взятии крепости Анапа.

Следующий ряд войн, которые вела Россия: с Англией (1807 — 1812), Швецией (1808 — 1809) и Францией (1812 — 1814), не имел значительных операций с использованием крейсерских кораблей. Некоторым исключением является бой фрегата «Богоявление» с двумя шведскими фрегатами. Несмотря на более чем в два раза превосходство в артиллерии, шведские корабли успеха не имели, и с наступлением ночи противники прекратили бой.

В связи с борьбой греческого народа за свою независимость возник новый политический кризис в Средиземном море. 23 марта 1826 года Россия и Англия подписали протокол о совместном выступлении против Турции. К нему примкнула и Франция. Поскольку Турция отказалась предоставить грекам автономию, союзники предприняли совместную экспедицию. Для действий в составе объединенной эскадры был сформирован отряд контр-адмирала А Гейдена в составе четырех линейных кораблей, четырех фрегатов, корвета и четырех бригов.