В 1348 году Филипп VI повелел медицинскому факультету Парижского университета выяснить причины ужасного бедствия, которое угрожает всему человечеству. Ученые мужи представили королю пространное заключение, резюмировав, что губительную болезнь вызвало тройное соединение Марса, Юпитера и Сатурна в созвездии Водолея, случившееся 20 марта 1345 года, но в то же время мудрецы признали, что природа воздействия этого явления на людей недоступна для понимания. Это заключение стало официальным, его перевели с латыни на многие языки, и оно было признано единственно правильным даже арабскими врачами Кордовы и Гранады. В связи с тем что интерес к проблеме был чрезвычайно высоким, перевод труда французских ученых на национальные языки способствовал развитию письменности, что стало единственной пользой от «великого мора».

Заключение французских врачей нашло распространение и признание в научных кругах, а простые люди считали, что «великий мор» — Божья кара за человеческие грехи. Маттео Виллани сравнивал чуму с Всемирным потопом и считал, что цель смертельной болезни — истребить человечество. Стали предприниматься попытки смягчить Божий гнев, умилостивить Всевышнего. В Руане местные власти запретили спиртные напитки, азартные игры и сквернословие. Стали устраиваться одобренные папой многолюдные шествия кающихся грешников, продолжавшиеся иногда по нескольку дней. Босые, во власяницах, посыпанные золой, стенающие и рвущие на себе волосы, а некоторые с веревкой на шее или истязающие бичом плоть, грешники шли по улицам, умоляя святых и Деву Марию простить им грехи. Подобную картину можно увидеть в богато иллюстрированном «Великолепном часослове» герцога Беррийского. Картина изображает процессию во главе с папой и четырьмя кардиналами в алых мантиях. Папа в мольбе простирает руки к ангельской фигуре на замке Святого Ангела, а сопровождающие папу священники с мощами в руках обращают свой взор на пораженного болезнью страдальца, лежащего на земле и корчащегося от боли. На заднем плане монах в серой сутане склонился над другой распростертой на земле жертвой чумы, в то время как горожане с ужасом наблюдают за разыгравшейся сценой. (В действительности эта картина изображает процессию во время «великого мора», случившегося в VI веке во времена папы Григория I, но она актуальна и для XIV столетия.) Когда стало очевидным, что во время народных шествий чума еще больше распространяется, Климент VI запретил подобные церемонии.

Жители Мессины, где впервые появилась чума, попросили архиепископа соседней Катаньи передать им на время мощи святой Агаты. Но жители Катаньи отказали мессинцам, и тогда архиепископ погрузил мощи в сосуд с водой и, освятив воду, доставил ее в Мессину. После того как сосуд со святой водой пронесли по улицам города, его поместили в местную церковь. И вот тогда согласно легенде, в церковь «ворвался дьявол в виде собаки; скаля зубы и орудуя зажатым в лапах мечом, он учинил в церкви погром, разрубая в куски серебряные сосуды, подсвечники и свечи на алтаре… Ужасное зрелище вогнало мессинцев в страх».

Отсутствие понятной причины «великого мора» понуждало людей объяснять его зловещее появление кознями мистических, сверхъестественных сил. Так, скандинавы во всем винили Деву Чумы, которая вырывается изо рта умершего в виде синего пламени и заражает все живое окрест. А литовцы считали, что эта злобная Дева заражает людей своим красным шарфом, просовывая его в неосторожно открывшуюся дверь или окно. Согласно легенде, некий храбрый селянин специально открыл окно и притаился за ним с обнаженным мечом в руке. Как только в проеме появилась рука с красным шарфом, он рубанул по ней. Храбрец умер, но раненая Дева Чумы в этой деревне больше не появлялась, а ее красный шарф жители повесили в местной церкви на всеобщее обозрение.

Но все же многие полагали, что чума — наказание за грехи. Климент VI в булле 1348 года отметил, что чума — «наказание Божье за грехи христиан». Такого же мнения придерживался и византийский император Иоанн VI Кантакузин. Но если чума явилась наказанием за грехи, то и грехи должны быть чрезмерно тяжкими. Что в XIV веке считалось грехами? Ростовщичество, жадность, скупость, суетность, прелюбодеяние, лживость, богохульство, неверие в Бога.

Джованни Виллани, пытаясь найти причину многочисленных бедствий, ополчившихся на Флоренцию, пришел к мысли, что всему виной ростовщичество, как паутиной опутавшее бедных людей, и скупость властей по отношению к беднякам. В те времена нередко писали о горестях, выпавших на долю простого народа, о разорении крестьян во время войны, отмечая, что все эти невзгоды — целиком на совести общества. В то же время в средневековье вся деятельность людей — в военной, коммерческой и даже половой сфере — противоречила церковным догматам. Забыл попоститься — грех, пропустил мессу — грех.

То, что «великий мор» считали Божьим наказанием за грехи, вероятно, объясняет небольшое количество комментариев, относящихся к этому бедствию. Например, в дошедших до нашего времени документах, обнаруженных в Перигоре, несравнимо больше сведений о военных конфликтах средневековья, чем о «великом море». Фруассар только в одном труде написал о чуме а Чосер упомянул об этом бедствии лишь мельком. Видно, осуждать или даже комментировать Божий гнев считалось непозволительным.

Попытки справиться с эпидемией успеха не приносили. Не в силах облегчить страдания своих пациентов, врачи стали сжигать в их жилищах благовонные вещества, чтобы очистить воздух. Врач Климента VI Ги де Шольяк разложил в личных покоях папы два огромных огня и рекомендовал папе сидеть между ними, хотя в помещении и без того было жарко — стояло лето. Климент VI избежал чумы, может быть, потому, что жара отпугнула блох, а он сам, по рекомендации де Шольяка, не выходил из своих покоев. Возможно, в те дни папа коротал время, любуясь выполненной по его повелению фресковой живописью, изображавшей пышные сады, а также сцены охоты и прочих мирских утех. Климент VI, высокообразованный человек, слыл покровителем искусств и наук, а во время чумы ратовал за вскрытие тел погибших, чтобы выяснить причину заболевания. В Авиньоне и во Флоренции муниципальные власти платили за трупы родственникам погибших и поставляли такие трупы врачам.

Средневековая медицина сочетала в себе накопленные медицинские знания с астрологическими воззрениями. Но повседневной врачебной практике препятствовали запреты церковников на внедрение достижений в области медицины. И все же классическая анатомия Галена, впитавшая положения арабских трактатов, доводилась до сведения заинтересованной публики. Стремление к знаниям преодолевало запреты церкви: в 1340 году городской совет Монпелье разрешил раз в два года в течение нескольких дней проводить публичные медицинские лекции со вскрытием трупов для ознакомления слушателей с анатомией человека.

В то же время в средневековье бытовало учение о четырех типах темперамента — сангвиническом, флегматическом, холерическом и меланхолическом, — объяснявшее индивидуальные различия между людьми, которые следует учитывать при лечении. Согласно этому учению, в различных сочетаниях со знаками зодиака, ответственными за определенные части человеческого тела, темперамент связывает состояние организма с соотношением в нем различных жидкостей (крови, слизи, желчи), а также определяет степень маскулиности и фемининости человека.