Церковники, а с ними и состоятельные миряне стали опасаться за свою собственность. Император Священной Римской империи Карл IV обратился к Клименту VI с просьбой запретить движение флагеллантов, но в то время, когда мир, казалось, находится на краю гибели, принять решение о пресечении инициативы людей, утверждавших, что они действуют под влиянием озарения, ниспосланного Богом, было довольно трудно. Несколько кардиналов в Авиньоне выступили против усмирения флагеллантов.

Тем временем флагелланты отыскали себе врагов. Ими стали евреи. Войдя в очередной город, флагелланты разоряли еврейский квартал, в чем им помогали местные христиане, получившие возможность свести счеты с «отравителями колодцев». Во Фрайбурге, Аугсбурге, Нюрнберге, Мюнхене, Кенигсберге и Регенсбурге евреи подверглись полному истреблению. В Вормсе в марте 1349 года евреи в количестве четырехсот человек, чтобы не погибнуть от рук врагов, сами сожгли себя, укрывшись в своих домах. Во Франкфурте-на-Майне еврейская община поступила таким же образом, что вызвало пожар в городе. В Кельне городской совет, следуя аргументации папы, пояснил, что евреи умирают от чумы равно, как и христиане, но флагелланты собрали толпу из «тех, кому терять нечего», и разгромили весь еврейский квартал. В Майнце, где проживала самая большая еврейская община в Европе, ее члены организовали самозащиту и убили около двухсот нападавших. Однако это сопротивление привело к взрыву ярости христиан, и они перешли в новое, более мощное наступление. Евреи отступили и запалили свои дома. В тот день — 24 августа 1349 года — в Майнце погибли шесть тысяч евреев. В том же году три тысячи евреев были уничтожены в Эрфурте.

Впрочем, на точность данных хронистов средневековья полагаться не стоит. Некоторое число евреев приняло христианство и спасло свою жизнь. Кроме того, известно, что часть евреев нашла убежище у Рупрехта Пфальцского и у кое-кого из других европейских правителей. Так, Альберт Австрийский, двоюродный дедушка Ангеррана VII, принял эффективные меры для защиты евреев на своей территории. Последние вспышки насилия над евреями произошли в декабре 1349 года в Брюсселе и Антверпене. К тому времени церковь все же осудила действия флагеллантов, и муниципальные власти перестали пускать их в города. В октябре 1349 года Климент VI издал буллу, повелев арестовывать флагеллантов, а Парижский университет пришел к заключению, что никаким особым благорасположением Бога флагелланты не пользуются. Филипп VI запретил движение флагеллантов, и их деятельность в конце концов прекратилась.

Евреи, бежавшие в Восточную Европу, стали возвращаться на прежние места проживания. В 1365 году еврейская община в Эрфурте насчитывала восемьдесят шесть семей. Евреи возвращались и в другие западноевропейские города, но их первоначальное процветание прекратилось. Изгнаниями, конфискациями, аннулированием долгов по предоставленным евреями ссудам еврейский денежный капитал был вытеснен из крупного ростовщичества в мелкое. Евреи стали ссужать деньгами почти исключительно крестьян и ремесленников. Это мелкое ростовщичество еще более разжигало неприязнь простолюдинов к евреям, чем крупное ростовщичество, непосредственно их не касавшееся.

Как изменилась жизнь европейского населения после чумы? Пережив неисчислимые бедствия и ни с чем не сравнимый страх, европейскому обществу следовало сделать определенные выводы и изменить свою жизнь, но ничего радикального не случилось. Арендаторы Брутонского приорства в Англии даже платили приору посмертный сбор (гериот), что позволило монастырю за несколько месяцев приобрести пятьдесят голов крупного рогатого скота. Стоит сказать, что хронисты средневековья отметили: после чумы изменились правила нравственности, но изменения эти оценили по-разному. Симон де Ковино посчитал, что чума оказала губительное воздействие на мораль, отрицательно сказавшись на добродетели. А вот Жиль ли Мюизи пришел к мысли, что произошло укрепление нравственности, ибо люди, предпочитавшие раньше внебрачные связи, теперь стали вступать в брак, а игра в кости сделалась настолько непопулярной, что производители вместо них стали выпускать четки.

После чумы действительно увеличилось число браков, в основном по расчету, не по любви. Развелось столь большое число искателей богатых невест из сирот, оставшихся без родителей во время «великого мора», что муниципальные власти Гиени запретили жениться на сиротах без согласия их родни. В Англии Ленгленд устами Петра Пахаря, героя своей поэмы, заявил, что после чумы многие пэры вступают в брак без любви — из корысти или от горя, в результате чего создаются непрочные семьи, не имеющие детей. В поэме Ленгленда Петр Пахарь выступает в качестве моралиста, осуждающего брак по расчету. А вот Жан де Венет отмечал, что после чумы во многих семьях родились двойни и даже тройни, и редко какая женщина оказывалась бесплодной. Он полагал, что после «великого мора» природа восполняет людские потери.

Касался вопросов морали и хронист Маттео Виллани. Он считал, что люди, ощутив на себе Божий гнев, должны стать «более скромными, более добродетельными и более богомольными», а вместо этого «быстро забыли ужасное прошлое и стали вести более беспорядочную и постыдную жизнь, чем прежде». С уменьшением населения после чумы сократилось и число покупателей, а в связи с насыщением рынка товарами цены упали, и оставшиеся в живых принялись покупать все подряд. Бедняки стали занимать пустые дома и ели на серебре. Крестьяне захватывали бесхозный домашний скот, кузницы, мельницы, виноградные прессы и другое имущество умерших от чумы.

По словам Маттео Виллани, люди стали грубыми и бездушными, как это обычно случается после пережитого лихолетья. Негодование общества обрушилось на поднявшихся из бедноты богачей. В 1349 году в Сиене власти ужесточили законы, регулирующие расходы, ибо многие люди вдруг стали претендовать на более высокое положение в обществе, чем занимали по праву рождения или роду занятий. Однако изучение налоговых поступлений того времени свидетельствует о том, что хотя численность населения после чумы значительно сократилась, социальные пропорции остались такими же, что и прежде.

В связи с тем, что во время чумы многие люди умерли, не оставив завещаний, в судах началась борьба за собственность, но судебные разбирательства зачастую носили сумбурный, хаотичный характер, поскольку не хватало квалифицированных юристов. Люди продолжали селиться в оставшихся без хозяев домах и захватывать бесхозную собственность. Находились мошенники, объявлявшие себя опекунами богатых сирот. Участились грабежи и разбойные нападения. В окрестностях Орвието орудовали шайки разбойников. Муниципальные власти города распорядились арестовывать всех незаконно вооруженных людей, а также замеченных в вандализме, особенно в виноградниках. Выступали власти этого города и против разросшейся проституции. 12 марта 1350 года власти напомнили горожанам о строгом наказании за сексуальные связи между христианами и евреями (особая кара предусматривалась для женщин; им отрубали голову или сжигали на костре).