Воодушевленные успехом, французские рыцари продолжили бороться с повстанцами. Включился в эту борьбу и Карл Наваррский, выступив против восставших крестьян в Пикардии и в районе Бове. К этому его побудили сторонники, которые при встрече заявили ему: «Если восстание, поднятое крестьянами, не будет подавлено, они уничтожат аристократов и все разрушат». Карл не стал возражать, хорошо себе представляя, что сможет взойти на французский трон или, как минимум, расширить свое политическое влияние только при поддержке аристократов.

Собрав немалое войско, в которое вошел барон де Куси, Карл выступил против повстанцев, стоявших лагерем у Клермона под началом Гийома Каля. Каль благоразумно приказал своей армии, состоявшей из нескольких тысяч повстанцев, отступить к Парижу, где надеялся найти поддержку у радикально настроенных парижан, но повстанцы, пожелавшие дать бой неприятелю, отказались повиноваться. Тогда Каль разделил свое войско на традиционные три отряда, из которых два, со стрелками из лука и арбалетчиками впереди, заняли позицию за обозом, а третий, состоявший из шести сотен плохо вооруженных конников, остался в резерве.

Развернув знамена и оглашая воздух звуками труб, повстанцы приготовились к бою. Удивленный организованностью повстанцев, Карл решил уклониться от боя и действовать хитростью. Он пригласил Каля к себе под предлогом перемирия. Видно, прельщенный тем, что его пригласил король, да еще собравшийся разговаривать с ним на равных, Каль потерял всякую осторожность и явился в неприятельский лагерь один, без охраны. По приказу Карла Наваррского Каля тотчас схватили и надели на него кандалы.

Потеряв вождя, повстанцы утратили уверенность в своих силах и были разбиты войском Карла Наваррского. Деревни выдавали противнику скрывающихся у них беглецов. Продолжив военные действия, Карл уничтожил еще три тысячи восставших крестьян, включая триста человек, сожженных в монастыре, где они укрылись от неприятеля. Завершив разгром противника в Пикардии и в районе Бове, Карл Наваррский «короновал» Гийома Каля раскаленным треножником в «мужицкие короли», а затем обезглавил.

После того как повстанцы отступили на север к владениям де Куси, их истреблением занялся Ангерран, возглавив большой отряд рыцарей. По словам Фруассара, «молодой сир де Куси собрал немалое число рыцарей, которые расправлялись с повстанцами без всякого сострадания», а в «Нормандской хронике» отмечается, что Ангерран VII де Куси преследовал восставших крестьян в деревнях и вешал их на деревьях. В XIX веке ученый доминиканец отец Денифле писал, что «Ангерран VII, молодой сир де Куси, встал во главе большого отряда рыцарей и завершил уничтожение восставших крестьян на своей территории». А вскоре французские рыцари разгромили повстанцев, действовавших между Марной и Сеной. «Рыцари врывались в деревни, неизменно их поджигали и истребляли крестьян в домах, виноградниках, а сбежавших — в лесах и полях». К 24 июня 1358 года с Жакерией было покончено.

Жакерия — если не считать ее отголосков — длилась около месяца, причем половина этого срока пришлась на ликвидацию крестьянского выступления. Как только власти пришли в себя от внезапного потрясения, восстание было подавлено силой оружия, чему способствовали неуверенность восставших в собственных силах и отсутствие привычки противиться власть имущим. Однако, подавляя восстание, аристократы переусердствовали, уничтожив большое число крестьян и увеличив тем самым нехватку рабочих рук, в которых нуждались землевладельцы.

После разгрома Жакерии во Франции развернулась борьба за власть. К тому времени Марсель успел укрепить Париж за счет усиления и возведения новых фортификационных сооружений, и столица стала ключом для завоевания власти. Регент в Венсене, пригороде Парижа, советуясь с приближенными, прикидывал, как ему вернуться в столицу. Марсель, помышлявший только о том, как взять верх над дофином, собирался передать власть в Париже Карлу Наваррскому, а верткий, как угорь, Карл торговался с обеими сторонами, да еще поддерживал отношения с англичанами.

Чтобы исполнить свой замысел, Марсель пригласил в Париж Карла Наваррского и собрал парижан на собрание, на котором предложил выступить Карлу. Обратившись к горожанам, Карл заявил, что «давно бы стал королем Франции, будь его мать мужчиной». Часть парижан огласила воздух восторженным гомоном, но большинство промолчало, видимо не одобряя его притязаний на престол. Все же Карла избрали комендантом Парижа. Однако назначение это, одобренное народом, лишило Карла части знатных сторонников, не пожелавших «идти против аристократов». Возможно, именно в это время Ангерран VII де Куси порвал с Карлом Наваррским, ибо вскоре он примкнул к другой партии.

Тем временем положение Этьена Марселя значительно пошатнулось. Его потворство повстанцам вызвало недовольство состоятельных буржуа, не желавших мириться с разрухой в стране и расстройством торговли. Им была нужна твердая власть, и они стали склоняться к мысли, что эту власть в государстве может установить только регент. Париж распался на несколько группировок: одна поддерживала Этьена Марселя, другая Карла Наваррского, третья — регента. В создавшемся положении Марсель решил, что ему необходима военная поддержка извне. 22 июля Марсель позволил Карлу Наваррскому ввести в город отряд англичан. Возмущенные парижане, вооружившись, напали на иноземцев и вынудили тех укрыться в Лувре. Состоятельные буржуа опасались, что если добровольно не пустить в Париж регента, он возьмет город силой оружия, и массовых репрессий не избежать. Не в силах заставить Марселя по доброй воле сдать город дофину, буржуа решили прибегнуть к правилу: «лучше убить, чем быть убитым» и стали распускать в городе слухи о вероломстве Марселя, чему при царившей в Париже неразберихе легко было поверить.