Германское командование, чтобы облегчить идентификацию самолетов, приняло решение перевооружить все итальянские истребительные группы на Bf 109G. Немцы высоко оценивали летное мастерство итальянских пилотов, однако продемонстрировать свое искусство летчикам ANR удавалось редко — они были просто раздавлены огромными силами авиации союзников, действующей над территорией Италии. Тем не менее, даже редкие воздушные бои привели к тому, что к концу весны I Gruppo потеряла боеспособность, а во II Gruppo стал ощущаться недостаток запасных частей. Переучивание на Bf 109G не летавших ранее на истребителях этого типа летчиков ANR началось в июне, итальянцы проходили подготовку в I./JG-53 и II./JG-77.

В июне, после передачи из II Gruppo истребителей G.55 и С.205, обрела боеготовность I Gruppo. С 4 по 20 число летчики первой группы провели девять воздушных боев. 24 июня провели первый воздушный бой на Bf 109G летчики II Gruppo, они без потерь со своей стороны сбили два «Тандерболта» ВВС США. Полностью группа была укомплектована «мессершмиттами» в июле, до конца июля одна эскадрилья II Gruppo продолжала летать на G.55.

С появлением на вооружении ANR истребителей Bf 109G результативность боевой работы Gruppo Caccia несколько возросла, хотя и оставалась достаточно скромной. В семнадцати проведенных в июле воздушных боях десять итальянских «мессершмиттов» сбили десять А-20, шесть Р-47, четыре «Спитфайра», три В-24 и один Р-38. В августе 1944 г. была сформирована III Gruppo, летчики JG-77 передали свою материальную часть I Gruppo и убыли в Германию. В это время произошли события, тяжело отразившиеся на взаимоотношениях ANR и люфтваффе.

Командование люфтваффе, которому подчинялись истребительные группы ANR, начало устанавливать тотальный контроль над итальянскими подразделениями. Попытка перевести весь личный состав Gruppo в люфтваффе успехом не увенчалась, немцы бездумно пытались форсировать этот процесс. В августе началась плохо подготовленная операция «Феникс», во все Gruppo прибыли офицеры люфтваффе и проинформировали личный состав о том, что автономные итальянские ВВС прекратили существование. Вместо ANR предстояла сформировать «Итальянский Легион».

Реакция на такое политическое решение последовала самая разная; рьяные националисты категорически отвергли диктат немцев, большинство итальянских летчиков проигнорировало приказ немцев, часть же пилотов считало, что надо сражаться с союзниками где угодно и как угодно. Муссолини направил протест Гитлеру, после чего фон Рихтгофена вместе со штабом отозвали в Германию, а на его место прибыл генерал фон Пол.

В течение двух месяцев операции «Феникс» деятельность подразделений ANR была парализована. Высшее командование люфтваффе мало рассчитывало на итальянцев, но все же само наличие итальянской авиации и готовность летчиков драться с союзниками позволило немцам перебросить из Италии в Германию последние остававшиеся на Средиземноморье ягдгешвадеры.

Пилюлю от неприятно операции «Феникс» немцы подсластили немедленно предоставив I и III Gruppo истребители Bf 109G. Пока личный состав двух групп осваивал в Германии новую технику, II Gruppo оставалась единственным истребительным соединением стран Оси в Северной Италии. Из-за всех пертурбаций воздушные бои проходили достаточно редко, так 19 октября «мессершмитты» II Gruppo перехватили группу В-26 ВВС США и сбили восемь бомбардировщиков, потеряв один истребитель. До конца месяца летчики II Gruppo одержали еще три победы.

Гарнизон Мальты атаковали Bf 109 как и чисто истребительных подразделений, так и истребительно-бомбардировочного (Jabo) стаффеля 8./JG-27. На сделанном в мае 1941 г. снимке запечатлен Bf 109Е-7 подразделения Jabo.

Оружейник подкатывает бомбу SC250 к истребителю-бомбардировщику, Сицилия, конец мая 1941 г.

Растущая активность истребителей II Gruppo, действовавших с новой базы в Авиано, вызывала беспокойство у командования стратегической авиацией союзников — 15 января итальянцы ценой потери четырех Bf 109G сбили семь В-17, пять В-26, два Р-47 и один Р-51. На следующий день ANR провела крупнейшую воздушную операцию за все время своего существования. Несмотря на усилия 40 «Мустангов» прикрытия, итальянские истребители сумели прорваться к строю «Летающих крепостей» 15-й воздушной армии и сбить 14 бомбардировщиков. «Мустанги» заявили об уничтожении восьми итальянских истребителей «достоверно» и двух «вероятно». Стрелки «крепостей» записали на свой счет один атаковавший их истребитель.

Чтобы предотвратить атаки бомбардировщиков союзники нанесли сильные авиаудары по аэродромам ANR Авиано, Виченца, Виллафранка и Удина. Средние бомбардировщики ВВС Южной Африки атаковали эти базы в ночь с 17 на 18 ноября, второй удар последовал днем 18 ноября. В воздухе над аэродромами патрулировало 156 «Мустангов», готовых в момент подавить любые попытки итальянских истребителей сопротивляться. Несмотря на то, что далеко не все «мессершмитты» были уничтожены, итальянцы оказались в трудной ситуации — потери в самолетах можно было восполнить, потери в летчиках и техниках — нет. Тем не менее, II Gruppo оставалась в зоне боев всю зиму, а I и III Gruppo все еще проходили переподготовку в Германии. Возвращение I Gruppo в Италию планировалось на январь 1945 г., Ill Gruppo должна было прибыть позднее.

В тот период II Gruppo командовал Мажжиоре Миани, в феврале 1945 г. летчики Gruppo провели четыре воздушных боя, потеряли четыре Bf 109G, сбили один «Спитфайр» и десять В-25. Средние бомбардировщики ВВС США наносили сильные удары по железнодорожным станциям на линиях, связывающих Италию с остальной Европой, самолеты союзников бомбили перевал Бриннер. Последним крупным успехом истребителей ANR стал воздушный бой, проведенный со старыми знакомыми из 3-го южноафриканского авиакрыла. Итальянцы сбили восемь бомбардировщиков (южноафриканцы, правда, потерь не подтвердили, возможно, что бой все-таки происходил не с ВВС Южной Африки) и потеряв два Bf 109G.