В тот же день скончался старый приватир капитан Абрахам Кендалл с «Сэкера».

Моряки и солдаты больше не хотели оставаться в водах Карибского моря — все мечтали как можно скорее вернуться на родину. Баскервиль, находившийся на борту «Гарленда» (капитан — Хамфри Рейнолдс), и его заместитель Томас Дрейк, командовавший «Хоупом», получили информацию о том, что огромный испанский флот под командованием адмирала дона Бернардино Дельгадильо-и-Авельянеда был послан в Вест-Индию с заданием найти и уничтожить английские корабли. Этот флот мог подкарауливать их в Юкатанском проливе, которым обычно проходили все суда, возвращавшиеся из Карибского региона в Европу. Баскервиль решил во что бы то ни стало избежать встречи с кораблями противника.

6 февраля пришедшее в негодность судно «Элизабет» было разгружено и затоплено. На следующий день такая же участь постигла фрегат капитана Идена «Дилайт». Моряки с затопленных судов были распределены среди команд королевских кораблей. К этому времени в составе экспедиции насчитывалось уже до двух тысяч больных.

8 февраля, высадив на берег всех пленных, новый командующий приказал идти к Санта-Марте. 14 февраля, когда флот находился у островов Бару, в 14 лигах к западу от Картахены, погода испортилась, начался шторм. В ту же ночь пропал королевский галеон «Форсайт», а на следующий день большой корабль «Сьюзен Парнел», принадлежавший Левантийской компании, и два меньших судна — «Хелп» и «Пегас» — отделились от остальных кораблей экспедиции. Еще одно судно, «Сьюзен Бонавенчур», получило серьезные повреждения, но смогло удержаться в составе флота.

На следующий день, имея под своим командованием лишь 14 или 15 судов, включая пинасы, Баскервиль отказался от попыток пробиться к Санта-Марте. Он круто повернул на северо-запад, направляясь к кубинскому мысу Сан-Антонио. Англичане были полны решимости прорваться через испанский заслон в Мексиканский залив и дальше — в Атлантику.

Встреча обоих флотов произошла 1 марта возле острова Пинос (современный Хувентуд), в четырех лигах от берега. Под командованием Авельянеды находилось 20 кораблей. Баскервиль разделил свои силы на две эскадры — авангардную и арьергардную и, умело маневрируя, вступил с испанцами в артиллерийскую дуэль. Сражение растянулось на три часа. В конце концов, потеряв лишь один корабль, англичане прорвались к западной оконечности Кубы и продолжили свой путь домой.

Экспедиция вернулась в Плимут в конце апреля 1596 года.

Известие о смерти Дрейка быстро распространилось сначала по всем землям Вест-Индии, а затем и по всей Европе. В Англии эта новость была воспринята как трагедия; молодой поэт Чарлз Фицджеффри тут же написал трогательную поэму «Сэр Фрэнсис Дрейк: похвала его честной жизни и плач о его трагической смерти». В Севилье, наоборот, устроили праздничный фейерверк. 20 июня, сообщая герцогу Медина-Сидония о гибели Дрейка, член Совета по делам Индий дон Андрес Арментерос с иронией отмечал, что тело усопшего доставили на родину «забальзамированным в бочке из-под пива». Последняя деталь, естественно, не соответствовала действительности.

Лопе де Вега откликнулся на смерть Дрейка эпической поэмой «Песнь о Драконе» («La Dragontea»), а король Филипп, до этого постоянно болевший, вдруг пошел на поправку. По его словам, узнав о смерти ненавистного корсара, он почувствовал себя «так хорошо, как никогда со времени Варфоломеевской ночи».