15 июля 1998 г. Путин был назначен вместо Сергея Шахрая главой Комиссии при президенте России по подготовке договоров о разграничении полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации. С тех пор ни один такой договор подписан не был.

Главное контрольное управление было влиятельным органом власти, и В. Путин совмещал этот пост с должностью заместителя руководителя администрации по региональной работе и члена комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности.

Летом 1997 года В. Путин впервые лично познакомился с Б. Ельциным, поскольку по занимаемой должности он был обязан время от времени докладывать президенту. Б. Ельцин об этих встречах вспоминает в своих мемуарах: «Иногда Путин оставался в администрации за старшего. И тогда встречаться нам приходилось чаще. Путинские доклады были образцом ясности. Он старательно не хотел «общаться», как другие замы, то есть излагать свои концепции, воззрения на мир и на Россию; казалось, специально убирал из наших контактов какой бы то ни было личный элемент. Но именно поэтому мне и хотелось с ним поговорить! Поразила меня и молниеносная реакция Путина. Порой мои вопросы, даже самые незамысловатые, заставляли людей краснеть и мучительно подыскивать слова. Путин отвечал настолько спокойно и естественно, что было ощущение, будто этот молодой, по моим меркам, человек готов абсолютно ко всему в жизни, причем ответит на любой вызов ясно и четко. Вначале меня это даже настораживало, но потом я понял — такой характер». [44]

Пользуясь все возрастающим доверием президента, В. Путин нашел подходящий момент, чтобы реабилитировать себя за самовольные действия, способствовавшие побегу А. Собчака за границу в самый неблагоприятный для него момент, когда, с одной стороны, он лежал в госпитале с обширным инфарктом, а, с другой стороны, Генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов по «делу» Собчака направил с санкции самого Б. Ельцина в Санкт-Петербург специальную следственную бригаду во главе с генералом Леонидом Прошкиным, заместителем начальника следственного управления. Многие «демократы», в частности, А. Чубайс, Б. Немцов и В. Юмашев обращались в начале ноября 1997 года к Б. Ельцину с просьбой о защите А. Собчака от уголовного преследования. В. Путин не стал обращаться к президенту, а 3 или 4 ноября тайно приехал в Санкт-Петербург и, пользуясь своими связями в Ленинградском Управлении ФСБ, организовал фактически похищение А. Собчака из клиники профессора Юрия Шевченко — главного кардиохирурга Санкт-Петербурга, будущего Министра здравоохранения РФ. «Тяжелобольного А. Собчака вынесли на носилках во внутренний двор клиники, поместили в машину «скорой помощи» и выехали в аэропорт Пулково, где его ждал финский самолет, специально оборудованный для перевозки таких больных. Аренда этого самолета у частной финской медицинской компании обошлась анонимному нанимателю в 30 тысяч долларов». [45]

Похищение А. Собчака из тщательно охраняемой клиники было осуществлено 7 ноября, поэтому отсутствие Собчака было обнаружено только 10 ноября. Это стало сенсацией, некоторые сравнивали побег Собчака из ельцинской России с побегом дочери И. Сталина Светланы Аллилуевой из брежневского СССР в 1967 году.

Для последующей репутации операция «похищение» имела для В. Путина чрезвычайно важное значение. С одной стороны, он раз и навсегда реабилитировал себя за фактическое предательство А. Собчака в июле 1996 года, о чем уже сказано выше, и в глазах «демократов» остался верным «собчаковцем». С другой стороны, он очень тонко рассчитал момент, когда можно было признаться своему новому покровителю о мотивах его личного участия в организации побега А. Собчака.

Летом 1998 года в условиях все более обострявшегося политического и социального кризиса Б. Ельцин решил заменить руководство ФСБ, освободив от должности директора ФСБ генерала армии Николая Дмитриевича Ковалева, профессионального чекиста, работавшего здесь с 1974 года. Президента, очевидно, не устраивал как авторитет Ковалева у оперативных работников ФСБ, так и независимость его суждений по ключевым вопросам безопасности страны.

«Я задумался, — пишет он, — кого ставить вместо Ковалева? Ответ пришел мгновенно: Путина! Во-первых, он немало лет проработал в органах. Во-вторых, прошел огромную управленческую школу. Но главное, чем дольше я его знал, тем больше убеждался: в этом человеке сочетаются огромная приверженность демократии, рыночным реформам и твердый государственный патриотизм» [46] . Назначение состоялось указом президента от 25 июля 1998 года.

Назначив В. Путина директором ФСБ, Б. Ельцин предложил ему вернуться на военную службу и получить генеральское звание. Однако В. Путин от этого предложения (получение генеральского звания) решительно отказался. «А зачем? — неожиданно ответил В. Путин. — Я уволился из органов 20 августа 1991 года. Я гражданский человек. Важно, чтобы силовое ведомство возглавил именно гражданский. Если позволите, останусь полковником запаса». [47]

Деятельность Путина в качестве директора ФСБ, подчинявшегося непосредственно президенту, отчасти координировалась премьер-министром. Премьер-министром в тот момент был Сергей Кириенко. Он представил нового руководителя аппарату ФСБ, охарактеризовав Путина как человека, имеющего опыт работы в спецслужбах и борьбы с экономической преступностью.

Путин в своем выступлении заметил, что возвращается в ФСБ как «в свой родной дом» и настроен на большую конструктивную работу. Тем не менее, в книге «От первого лица» он вспоминал, что воспринял новое назначение без энтузиазма. Другой вопрос — насколько он тут откровенен.

Без энтузиазма отнеслись к назначению Путина и многие кадровые сотрудники ФСБ. Вскоре после назначения Путина правительство Кириенко, самое молодое за всю историю, считавшееся прозападным и реформистки настроенным, было отправлено в отставку. Сменивший Кириенко Примаков, бывший первый заместитель председателя КГБ и директор Службы внешней разведки, был очевидным противником и Ельцина и всего его окружения. Для генералитета ФСБ приход Примакова на пост премьер-министра означал если не свершившийся переворот, то, по крайней мере, его начало. Доставшийся в наследство от ушедшей эпохи Кириенко Путин всерьез не воспринимался. К тому же Путин был всего лишь полковник. В военной организации, где к чинам относились серьезно, без улыбки нельзя было упоминать воинский ранг Путина.

Направление прошлой деятельности Путина в КГБ также было причиной для насмешек. Путин работал в ГДР, куда посылали троечников от разведки. Первый эшелон сотрудников направлялся, конечно же, в капиталистические страны, прежде всего в США и Западную Европу. Если бы к Путину как к специалисту в КГБ относились серьезно, он работал бы в Западной Германии, а не в Восточной.

Следует отдать должное Путину: он показал старшему офицерскому составу ФСБ, кто в доме хозяин, причем сделал это достаточно иезуитским способом. Он вывел за штат, т. е. уволил, примерно две тысячи офицеров ФСБ, включая всех сотрудников двух экономических отделов и руководителей-генералов из Коллегии ФСБ. На освободившиеся вакансии в Коллегии он назначил выходцев из Санкт-Петербурга, бывших сослуживцев по КГБ, генералов Виктора Черкесова, Сергея Иванова и Александра Григорьева. В октябре 1998 г. своим заместителем в ФСБ он сделал Патрушева. В Москву были также переведены коллеги Путина по ленинградскому КГБ Владимир Проничев (ставший начальником Департамента по борьбе с терроризмом) и Виктор Иванов (начальник департамента Собственной безопасности ФСБ — внутренняя контрразведка). Личным помощником и доверенным лицом Путина в ФСБ стал капитан Игорь Сечин, меньше чем за полгода дослужившийся до подполковника.