В своей защите прав личности Вернадский зашёл весьма далеко, не обращая внимания на то, что есть ещё и права народа! (Позже мы вернёмся к этой теме.) Тяготы и ужасы Гражданской войны и разрухи он, подобно значительной части русской интеллигенции, воспринимал как проявление хаоса, разгула первобытных инстинктов дремучего народа, не достойного свободы.

Сначала в Полтаве, а затем в Киеве он работал преимущественно над рукописью о живом веществе. Был уверен, что ему открылись необычайно важные истины о глобальной роли жизни и разума. Вся история человечества, по его мнению, была направлена к всё более полному проявлению научной мысли и её творцам, интеллектуальной элите.

Весной 1918 года в Киеве была разогнана Центральная Украинская рада. Под железным крылом немецкого орла воцарился гетман Скоропадский. Немецкая армия занимала Украину. Пришла она и в Полтаву. Казалось, теперь-то окончательно установлен твёрдый порядок.

Вернадский получил письмо из Киева с приглашением для работы по созданию Украинской академии наук. Он согласился с условием, что не будет гражданином гетманства.

В мае семья переехала в Киев. По его рекомендации сюда пригласили из Москвы А. Е. Крымского — знатока украинской истории и языковеда. Крымский приехал в товарном вагоне, доверху заполненном его бесценной научной библиотекой.

Утром 1 июня Вернадский получил письмо от Ферсмана из Петрограда и с удивлением узнал, что при большевиках сохранились все научные учреждения, в которых он принимал участие, включая КЕПС. Запись в дневнике: «Александр Евгеньевич зовёт меня в Петроград, но ехать совершенно мне не по силам».

Вряд ли дело было только в сложности такого переезда. Сказывалась на его решении, пожалуй, неприязнь к принципам народовластия, социализма и коммунизма. В местной и зарубежной печати постоянно публиковались сообщения о «красном терроре» (хотя началось всё с «белого террора»), о разрушении при большевиках экономики и культуры.

Под руководством Вернадского, при его активном участии с неимоверными трудностями создавалась Украинская академия наук по типу Российской: с лабораториями, институтами, комиссиями. Он стал председателем комиссии по высшему образованию, где секретарем был молодой ученый Борис Леонидович Личков.

Вернадский знал его первую книгу, посвященную теории познания; она ему нравилась. Он сказал об этом Личкову. Тот в ответ признался, что давно мечтал познакомиться с Владимиром Ивановичем, о котором слышал еще в начале века от своего дяди, советовавшего ему практиковаться у знаменитого профессора Вернадского.

Они быстро и близко подружились, несмотря на заметную разницу в возрасте (Вернадскому было пятьдесят пять лет, Личкову — тридцать). Дружбу эту они сохранили до конца своих дней.

27 октября 1918 года состоялось первое общее собрание Украинской академии наук. Первым президентом академии избрали В. И. Вернадского.

Организация академии потребовала огромной настойчивости, умения увлечь людей, способности убедить чиновников и добиться необходимых ассигнований, оборудования, помещений. А тут еще — немыслимый хаос времени крушения великой Российской империи, мировой бойни, Гражданской войны.

Германские полки, поблескивая касками-тазиками, маршировали по Крещатику. Вечерами на окраинах Киева грохотали выстрелы. Иногда издали доносилось буханье пушек.

Город переполняли беженцы, дельцы, банкиры, купцы, адвокаты, бывшие сановники и политики, графы и князья, жулики и авантюристы; кавалергарды, кирасиры, гусары и юнкера; артисты, писатели, художники, студенты… И среди всей этой суеты, лихорадочной жажды удовольствий, неверия в завтрашний день, прожигания жизни, полной растерянности, бессмысленного существования в надежде на чудо, на какое-то счастливое событие, — среди всей этой суеты появился научный центр, объединяющий десятки, сотни ученых, оплот научной мысли.

Став президентом Украинской академии, Вернадский всецело перешел на научную — теоретическую и организационную — работу. Он сделал доклад о значении живого вещества в геохимии. Были приняты его предложения о соответствующих экспериментах. Одно направление исследований — определение химического состава живого вещества, второе — геохимическая деятельность некоторых видов.

В конце XIX века английский океанолог Д. Мёррей установил, что в океане распространены диатомовые водоросли, богатые кремнеземом, тогда как в морской воде кремния очень мало. Он предположил, что диатомовые добывают кремний из ила, разлагая каолин.

Во время лабораторных опытов в Париже Вернадский определил структурную формулу каолина и подтвердил данные Ле Шателье о том, что разложение каолина сопровождается выделением тепла. Сопоставив идею Мёррея, свои данные и выводы Ле Шателье, Вернадский предложил гипотезу: диатомовые питаются за счет энергии разложения молекул силикатов.

«Молодой химик В. Н. Наумович, — вспоминал Вернадский, — под моим руководством поставил эти опыты в лаборатории сахарозаводчиков. Он был офицер, и во время одной из тревог был убит. Большая часть опытов погибла, колбы лопнули от мороза, но один из контрольных опытов сохранился и был доведён до конца А. Оглоблиным, очень талантливым энтомологом с химическим уклоном. Мы растили диатомовые на подольском каолине и смогли доказать, что в этом каолине при посеве диатомовых появился свободный гидрат окиси алюминия, которого не было в нём раньше».