Всем нижним чинам, участвовавшим в армейских маневрах, император Павел I пожаловал обычное вознаграждение — «по рублю, по чарке и по фунту говядины на человека».

В связи с созданием двух действующих армий на западной границе и подготовкой их к военным действиям М.И. Голенищеву-Кутузову подчинили Украинскую, Брестскую и Днестровскую инспекции, а П.А. Палену — Финляндскую, Санкт-Петербургскую, Лифляндскую, Литовскую и Смоленскую.

Отношения между Лондоном и Санкт-Петербургом продолжали ухудшаться. В сентябре 1800 года англичане принудили голодом сдаться французский гарнизон на Мальте. Император Павел I приступает к созданию против «владычицы морей» новой Лиги вооруженного нейтралитета, в которую намечалось вовлечь Швецию, Пруссию и Данию. Одновременно в Париж отправляется генерал от инфантерии барон Е.М. Спренгпортен.

Официальная цель его миссии — переговоры о возвращении русских пленных, фактическая — восстановление дипломатических контактов с наполеоновской Францией.

М.И. Голенищев-Кутузов готовил свою армию для совместных действий с прусской. Согласно оборонительному договору, заключенному в июле 1800 года в Петергофе между Россией и Пруссией, обе стороны в случае нападения на них обязывались выставить подготовленные войска. В тот период Кутузов занимался еще и распределением бывших военнопленных, прибывших из Франции.

В конце 1800 года Павлу I удалось убедить прусского короля Фридриха-Вильгельма III заключить совместную Конвенцию морского вооруженного нейтралитета, направленную против Англии. Санкт-Петербург задумывал присоединить к этому союзу Швецию. Для дальнейших секретных переговоров с российским императором в город на Неве намеревался инкогнито приехать король Швеции Густав IV Адольф.

Для встречи шведского монарха и сопровождения его от границы до Санкт-Петербурга император Павел I направил генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова, успешно действовавшего на дипломатическом поприще. Тот справился с поручением, оставив о себе самое лучшее впечатление у короля Швеции.

Густав IV Адольф в сопровождении М.И. Кутузова прибыл в Санкт-Петербург. Итогом переговоров двух монархов стало подписание ими 4 декабря 1800 года Конвенции о вооруженном нейтралитете. Таким образом, три государства выработали единую позицию в отношении к Англии и обеспечении благоприятных международных условий для свободной морской торговли.

За день до отъезда с королем Густавом IV Адольфом к русско-шведской границе Михаил Илларионович узнал о своем новом назначении. По приказу Павла I для подготовки к военным действиям против Англии формировались новые армии: в Брест-Аитовске под командованием П.А. Палена; во Владимире на Волыни под командованием М.И. Голенищева-Кутузова; в Витебске под командованием московского военного губернатора И.П. Салтыкова 2-го.

Конфронтация России с Англией грозила превратиться в настоящую войну. В Балтийское море вошла британская эскадра под командованием вице-адмирала Горацио Нельсона. Она остановилась у Ревельской гавани и готовилась бомбардировать Кронштадт.

Только убийство императора Павла I, совершенное в результате заговора в ночь с 11 на 12 марта 1801 года, предотвратило новую войну.

С воцарением на престоле Александра I резко изменился внешнеполитический курс Российской империи. Исчезла опасность войны с Англией. В июне 1801 года была подписана англо-русская конвенция, подтвердившая мирные намерения двух государств. Новый государь отменил все военные приготовления Павла I.

Генерал от инфантерии М.И. Голенищев-Кутузов получает новое назначение: он становится военным губернатором Санкт-Петербурга. Кроме того, за ним сохраняется прежняя должность инспектора Финляндской инспекции. Немного позже ему поручается также управление гражданскими делами Санкт-Петербургской и Выборгской губерний.

В старой России такое совмещение сразу нескольких высоких государственных и военных должностей, начиная с эпохи Петра Великого, было практикой управления империей. Это позволяло казне экономить немалые суммы денег, а монарху вверять немалую часть власти на местах немногим доверенным лицам.

Исполнение гражданских и военных обязанностей требовало от 53-летнего Михаила Илларионовича большой энергии и немалого напряжения духовных и физических сил. Особенно много времени приходилось уделять столичным заботам. Губернатор разбирал жалобы населения и направлял по необходимости дела в судопроизводство; инспектировал финансово-хозяйственную деятельность петербургских больниц, военно-сиротского дома. Он разрабатывая Положение и штат городской Думы столицы и докладывал об этом в Сенате; содействовал работе петербургского Вольного экономического общества по вопросам земледелия и сельского хозяйства; руководил деятельностью полиции и исполнял множество других дел.

Кутузову приходилось заниматься вопросами строительства величественного Казанского собора и провиантских магазинов (складов) на Фонтанке. Он вел учет урожая в Выборгской губернии и отправлял ведомости о нем императору, оказывал содействие шведскому послу в оформлении провоза через границу закупленного в России хлеба, расследовал происшествия в приграничной зоне, связанные с нарушением торговли.

Уже с начала своего правления император Александр I не был расположен к знаменитому полководцу. (Суждений в связи с этим существует достаточно много, но единого мнения нет.) Однако в силу своего чина и признанных заслуг перед Отечеством, М.И. Голенищев-Кутузов занимал высокое положение в императорском окружении, и Александр был вынужден терпеть Кутузова до поры до времени. Поводом отдалить его от власти послужили недостатки в работе столичной полиции.