Доломье, которому было сорок восемь лет, тяжело переживал эти события. И он возмущался авторитаризмом Бонапарта. Ученый не мог простить генералу нелепой попытки вовлечь себя в переговоры с рыцарями Мальты.

Он подготовил доклад для Института в Каире, названный «Время разрушает все». Труд был посвящен руинам Александрии, но все поняли, что истинный смысл работы — критика Бонапарта.

К тому времени главнокомандующий стал получать множество рапортов от военных с просьбой разрешить им покинуть Египет, в основном по состоянию здоровья. Наполеон заявил, что готов давать такие разрешения, — только пусть военные при этом не ссылаются на мнимые болезни.

Однако многие боялись, что их карьера пострадает, и оставались служить в рядах Восточной армии. У Доломье не было подобных опасений, и он решил покинуть Африку.

Он быстро получил разрешение и составил компанию генералу Дюма, недовольному и Бонапартом, и условиями службы. Силач и храбрец Дюма получил у доктора Деженетта справку о плохом состоянии здоровья, чем вызвал гаев главнокомандующего.

Первый корабль, на борту которого находились солдаты Восточной армии, имевшие тяжелые увечья и совершенно ослепшие от офтальмии, покинул порт Александрии 15 декабря. Это было генуэзское торговое судно, и ему удалось ускользнуть от англичан, блокировавших африканский берег.

Три недели спустя корабль бросил якорь на острове Сицилия — владении короля Неаполя. Капитан судна не знал о том, что король объявил войну Франции, и это неведение имело ужасные последствия. Все больные и раненые были доставлены в местную тюрьму. Вскоре туда ворвалась разъяренная толпа, и пленники были насмерть забиты камнями.

Трагедия произошла 20 января 1799 года, и подобные события нельзя считать лишь эксцессами отдельных лиц. Правительство Неаполя призывало вести против Франции негласную войну, прибегая к убийствам и отравлениям.

Наполеон был страшно возмущен зверством жителей Сицилии. Среди погибших был его друг Симон де Сюси, с которым он был дружен до революции. В своих мемуарах Наполеон написал:

«Начальник военно-строительных работ Сюси был болен; его рана не заживала; он пожелал вернуться во Францию. Он уехал из армии и в Александрии был принят на борт большого транспорта вместе с двумястами инвалидами — слепых или с ампутированными конечностями. Плавание протекало сначала удачно, но в связи с истощением запаса воды судно пристало к берегу Сицилии, чтобы набрать свежей. Свирепые островитяне напали на судно, зарезали Сюси и несчастных солдат, которые избегли стольких опасностей и бед в стольких сражениях; виновники этот ужасного преступления не были наказаны; говорили, что они получили за него награду!!!».

Наполеон излагает несколько иную версию событий, но суть от этого не меняется. И плохо было то, что оставшиеся в Египте французы ничего не знали о случившемся.

Дюма зафрахтовал небольшой корабль «Бель-Мальтэз», к нему присоединились Доломье и несколько товарищей. Судно покинуло Александрию, миновало блокадные кордоны англичан и направилось примерно по тому же маршруту, что и первый корабль. Сильный шторм заставил капитана искать убежище в Таранто — владении короля Неаполя. Здесь ученый и генерал были схвачены и брошены в темницы.

Все было против несчастных французов. Доломье попал в руки неаполитанских судей, среди которых оказались бывшие рыцари Мальты, лишенные владений. Они сполна отомстили Доломье, продержав его в тюремном заключении двадцать один месяц.

Мужественный ученый страдал от болезней, но продолжал свои труды: он использовал куски угля и написал ими на полях Библии трактат под названием «Философия минералогии». Позднее он был признан одним из важнейших трудов эпохи, поскольку «поднял минералогию на уровень точности, ранее достигнутый химией».

Доломье удалось сохранить свою работу, и после освобождения из тюрьмы он вернулся во Францию. Его здоровье было окончательно подорвано, и ученый скончался в 1801 году, вскоре после публикации трактата.

Богатырь Дюма был переведен в Бриндизи. «На следующий день после моего приезда в замок Бриндизи, — вспоминает он, — когда я прилег отдохнуть, через прутья зарешеченного окна ко мне в комнату влетел большой пакет и упал на пол. В нем были два тома книги Тиссо под названием «Сельский врач». Записка, вложенная между страницами, гласила: "От патриотов Калабрии: смотри слово ЯД". Я отыскал это слово в тексте: оно было дважды подчеркнуто. Я понял, что мне грозит опасность...

Прошло несколько дней... Тюремный врач посоветовал мне есть бисквиты, размоченные в вине, и вызвался мне их прислать. Через десять минут после его ухода принесли обещанные бисквиты. Я точно выполнил его предписание, но к двум часам пополудни у меня начались такие сильные спазмы в желудке и рвота, что я не смог обедать. Приступы боли все усиливались, и я лишь чудом не отправился на тот свет. Характер спазм и рвоты свидетельствовал об отравлении мышьяком...

Как следствие отравления я сильно опух, полностью ослеп на один глаз, и меня разбил паралич... Эти симптомы одряхления появились у меня в тридцать три года и девять месяцев, что явно доказывает, что в мой организм ввели какой-то яд...»