Узнав об отъезде Бонапарта, Клебер был в ярости. И было от чего. Армия брошена. Казна пуста, и нечем платить людям жалованье. Преемник справедливо обвинил Бонапарта в краже двух миллионов франков. В разговорах с приближенными офицерами он презрительно называл дезертира «герой», «Всевышний» или просто «типчик».

— Этот жулик, — негодовал Клебер, — бросил нас с его штанами, полными дерьма. Когда мы вернемся во Францию, мы ткнем его лицом в это.

В переданном Наполеоном письме говорилось:

«Если до мая вы не получите какой-либо помощи или новостей, или если до этой стадии, несмотря на все предосторожности, вы потеряете в течение года более 1500 человек от чумы, вы уполномочены заключить мир с Оттоманской Портой, даже если они сделают эвакуацию Египта их первым условием».

Он тут же добавлял:

«Все, что вы должны делать, — выигрывать время и фактически откладывать [решение] в соответствии с этим условием, если возможно, до заключения общего мирного договора [в Европе]».

Генерал Бонапарт, устраняясь от египетских дел, не мог передать генералу Клеберу «полномочий» делать что-либо. Однако, оставляя пост и рискуя быть обвиненным в дезертирстве, Наполеон дал Клеберу инструкции и советы. Среди них были и такие:

«Я уже несколько раз просил послать в Египет труппу комедиантов, я буду проявлять особую заботу о том, чтобы они добрались до вас. Это очень важно для армии, а также для того, чтобы начать изменять привычки египтян».

Солдаты и гражданские члены экспедиции узнали о большой перемене. Теперь Египтом управлял генерал богатырской наружности, с зычным голосом и роскошными вьющимися волосами. Ни прежде, ни теперь он не верил в возможность колонизации Египта. На его взгляд, не было нужды приспосабливаться и корчить из себя мусульман.

Когда Клебер изучил положение дел, он написал Директории о том, что сила армии уменьшилась наполовину, многие солдаты одеты в лохмотья и не имеют обуви. Финансовое состояние армии ужасно:

«Бонапарт не оставил ни су в кассе, ни даже каких-либо аккредитивов. Напротив, он оставил дефицит около 10 миллионов франков; это более чем годовой доход в теперешних обстоятельствах. Долг перед армией составляет 4 миллиона... Из-за сезонного разлива Нила... мы не сможем начать сбор налогов до фримера [поздний ноябрь]».

Письмо было перехвачено англичанами. Премьер-министр Уильям Питт Младший решил, что в Париже это послание должно вызвать эффект разорвавшейся бомбы, и переправил его Директории. Однако Директория доживала последние дни, и адресованные правительству Франции письма будет читать консул Бонапарт.

Первое обращение Клебера к армии гласило:

«Солдаты, скоро прибудет действенная помощь», а если нет, то мы достигаем славного, достойного мира, который оценит вас и ваши усилия и вернет вас на родину».

Ситуация была тяжелой. Турки наступали из Сирии, а в Египте нарастало народное сопротивление. Клебер решил начать переговоры. Он согласен был вернуть султану Египет и восстановить франко-турецкий союз.

В роли посредника выступил коммодор сэр Сидней Смит, победитель Бонапарта при Сен-Жан-д'Акре. Необходимо отмстить, что полномочия генерала Клебера были недостаточными для того, чтобы подписывать договоры от имени Франции, а срок полномочий Смита истек.

Поначалу великий визирь был против самой идеи переговоров, но англичанину удалось добиться компромисса. Соглашение было достигнуто. Клебер, Смит и турки подписали Аль-Аришскую конвенцию, согласно которой французы должны покинуть Египет с оружием в руках, а турки оккупируют страну. Порта должна предоставить транспортные суда для возвращения французов на родину.

Все могло рухнуть в гот момент, когда турки устроили резню в Аль-Аришс. Французы оказались жертвами иллюзии мирного урегулирования.

Турецкая армия под началом великого визиря наступала через Сирию на Египет. Смит протестовал против этого, но движение продолжалось. Когда турки подошли к крепости Аль-Ариш, командир французского гарнизона численностью 250 человек приказал закрыть ворота и приготовиться к защите форта. Но солдаты, уставшие от войн, спустили национальный флаг и начали попойку. Они сбросили веревки со стен крепости, приглашая солдат великого визиря присоединиться к пиршеству. Турки влезли на стены и перерезали французский гарнизон.

Несмотря на эту трагедию, Клебер был настроен на продолжение переговоров. Он следовал «точному математическому расчету: мы должны пс воевать, а достичь компромисса с этими варварами, пока мы достаточно сильны, чтобы принудить их точно выполнять условия соглашения... С момента возвращения Бонапарта во Францию прошло достаточно времени, чтобы послать нам не одно, а десять транспортных судов. Ничего послано не было... Если я выиграю битву, то получу лишь трехмесячную передышку... Если буду бит, то отвечу перед республикой за 20 000 граждан, которые, не имея возможности спастись, будут зарезаны бешеной и необузданной солдатней... поскольку в этом отношении мы сами подали роковой пример».