Ставка контрреволюции на старых военных специалистов не была случайной. Они представляли большую силу в армии. К концу 1918 года бывшие офицеры и унтер-офицеры старой царской армии составляли более 75 процентов всего командного состава Красной Армии.

Принципиальное отношение партии и Советского государства к буржуазным специалистам было выражено в Обращении СНК ко всем трудящимся от 10 июня 1918 года. В нем говорилось, что бывшие офицеры, которые честно и добросовестно служат в Красной Армии, должны пользоваться полной неприкосновенностью и покровительством советских властей. Но офицеры-заговорщики, предатели, сообщники Скоропадского, Краснова, сибирского полковника Иванова должны беспощадно истребляться.

В. И. Ленин, определяя политическую позицию старых военных специалистов, писал:

Наиболее ощутимой для Советского государства была измена командующего войсками Восточного фронта полковника царской армии Муравьева. Вслед за выступлением левых эсеров в Москве он организовал мятеж во вверенных ему войсках. Сомнения в благонадежности командующего Восточным фронтом у партии были и прежде, но вескими доказательствами они не подтверждались. Восточный фронт в тот момент был главным. Здесь сосредоточивалась основная масса полевых частей Красной Армии, техники в снаряжения. Муравьев хорошо знал военное дело, обладал большим опытом командования. Однако риск оставлять Муравьева в должности командующего фронтом был велик. Из Центра запросили Реввоенсовет Восточного фронта. Член Реввоенсовета фронта К. А. Мехоношин сообщил, что во время левоэсеровского мятежа Муравьев публично отказался от членства в партии левых эсеров, мотивируя это тем, что партия выступила против Советской власти. Муравьева оставили командовать фронтом. Однако председателю РВС П. А. Кобозеву, членам Реввоенсовета К. А. Мехоношину и Г. И. Благонравову было предложено установить тщательный контроль за деятельностью Муравьева и не оставлять его без наблюдения.

Штаб Муравьева располагался в Казани. Однако местом своей враждебной деятельности он избрал город Симбирск, где в то время многие ответственные должности в советском государственном аппарате занимали левые эсеры. Среди них, в частности, были военный, продовольственный и земельный комиссары.

Мятеж начался 10 июля 1918 года. Задолго до этого Муравьев начал исподволь выводить из Симбирска наиболее преданные Советской власти части и стягивать туда верные ему подразделения. Так, по указанию Муравьева из Симбирска были выведены и направлены в Бугульму коммунистические дружины. По его приказу из тюрьмы выпустили на свободу членов бандитских анархистских отрядов, разоруженных в свое время коммунистами.

В Симбирск Муравьев прибыл на пароходе «Межень» в сопровождении отряда в тысячу человек.

О своем прибытии в Симбирск главком никого не предупредил. Но это не вызвало особых подозрений, так как время было военное. Странным было другое. Муравьев отказался присутствовать на заседании губернского исполкома, куда его пригласили, узнав о приезде, а потребовал, чтобы весь состав губисполкома явился к нему на пароход. Туда же он вызвал некоторых военачальников и должностных лиц губкома партии и Советов. Явившимся он предложил с ним сотрудничать. Тех, кто отказался, арестовал.

Высадившиеся с барж и бронепоездов отряды Муравьева заняли почту, телеграф, железнодорожные станции. На железнодорожной станции Симбирск был арестован новый командующий 1-й армией М. Н. Тухачевский. К вечеру отряды Муравьева, усиленные броневиком, окружили губком партии и губисполком.

После этого Муравьев объявил о своем отказе подчиняться приказам Советской власти, затем во все концы страны он стал рассылать телеграммы, в которых излагал свою программу «освобождения человечества», призывал возобновить боевые действия против немцев, обращался к восставшим чехословакам, предлагая свое руководство ими.

Губернский исполком Симбирска во главе с председателем И. Варейкисом предпринял решительные меры против заговорщиков. В мятежные части направили коммунистов-агитаторов. Руководителей заговора арестовали, а Муравьев, оказавший вооруженное сопротивление, был убит.

Авантюра Муравьева дорого обошлась Советской власти. Войска Восточного фронта, потеряв на какое-то время управление, значительно отступили. Врагу были сданы города Бугульма, Мелекес, Сенгилей, Симбирск, Казань.

Факты измен и предательств в Красной Армии в условиях иностранной военной интервенции и гражданской войны потребовали немедленного улучшения общей организации борьбы с контрреволюцией в Советских Вооруженных Силах, создания специальных органов, которые могли бы решительно искоренять измену и предательство в рядах армии. В определенной степени эту работу проводили органы Военного контроля. Но их главной задачей была и продолжала оставаться борьба со шпионажем. Органы Военного контроля пресекали отдельные контрреволюционные проявления и создавали условия для их предупреждения в дальнейшем. Но в полной мере к борьбе с внутренней контрреволюцией Военный контроль подготовлен не был.

В кадрах Военного контроля значительную прослойку составляли военные контрразведчики старой царской армии и армии периода власти Временного правительства. По своему социальному происхождению, образу мыслей, личным связям эти сотрудники органов Военного контроля были ближе к служившим в Красной Армии бывшим офицерам старой армии, чем к красноармейской массе и командирам — выходцам из рабочих и крестьян. Одни специалисты этого профиля пошли работать в Военный контроль, а другие — в разведку и контрразведку белых армий. Таким образом, органы Военного контроля не всегда могли успешно бороться с внутренней контрреволюцией.