Армейские ЧК состояли из двух отделов. Первый отдел призван был бороться со шпионажем, контрреволюцией, распространением ложных слухов, провокациями, пьянством и другими преступлениями. Второй отдел наблюдал за правильным исполнением должностными лицами армии декретов центральной и местной власти, вел борьбу с расточительством, хищениями и прочими преступлениями.

На фронтовые ЧК возлагалась также охрана политических комиссаров, командиров, начальников штабов, членов военных советов и других ответственных военных руководителей от террора контрреволюционеров.

Образование ЧК в армии требовало и единого централизованного органа по руководству ими. 9 декабря 1918 года Коллегия ВЧК образует военный отдел для руководства борьбой с контрреволюцией в армии. Одним из первых важных практических шагов военного отдела ВЧК явилось создание военного регистрационного бюро. Все офицеры старой армии, проживавшие в Москве или приезжавшие в Москву, должны были встать на учет и зарегистрироваться в этом бюро. Регистрироваться они должны были и в том случае, если меняли место жительства. Одновременно при Московском окружном военном комиссариате создается особое бюро, которое возглавил чекист А. Х. Артузов. Деятельность особого бюро способствовала укреплению связи ВЧК и МЧК с частями Московского гарнизона.

Таким образом, летом 1918 года сложилось два вида государственных органов, участвующих в борьбе с подрывной деятельностью международной и внутренней контрреволюции против Вооруженных Сил. Это были органы Военного контроля, которые вели борьбу главным образом со шпионажем в Красной Армии повсеместно, и армейские ЧК, призванные пресекать контрреволюцию в военной среде на фронтах, организовывать и контролировать эту работу в прифронтовой полосе.

Контрреволюция меняет тактику. — Белый террор. — Создание особых отделов. — Заговор в Полевом штабе Красной Армии. — 25 миллионов рублей от Колчака. — Дядя Кока. — Конец «добровольческой армии». — Борьба с дезертирством и бандитизмом.

Во второй половине 1918 года в стране резко обострилась классовая борьба. Разгоралось пламя гражданской войны, расширялась иностранная интервенция. То в одном, то в другом районе молодой Советской республики вспыхивают контрреволюционные мятежи, возникают тайные заговоры против Советской власти.

Контрреволюция перешла к террору против лучших представителей рабочего класса, крестьянства и революционной интеллигенции. Летом и осенью 1918 года белый террор становится одним из главных методов борьбы против Советской власти. Следует целая серия убийств и покушений на представителей партии и государства. 20 июня эсерами убит Володарский. 30 августа от руки бандита пал председатель Петроградской ЧК Урицкий. В этот же день было совершено злодейское покушение на В. И. Ленина.

Рабочий класс в союзе с беднейшим крестьянством и при помощи передовых представителей российской интеллигенции с небывалым воодушевлением и упорством отстаивал Советскую власть от натиска внутренних и внешних ее врагов.

Основной военной силой, на которую опиралась Советская власть в борьбе со своими врагами, была Красная Армия. Ее полки и отряды мужественно и самоотверженно боролись с белогвардейскими бандами, сдерживали натиск зачастую превосходящих сил противника, наносили ему серьезные удары и поражения. Но заговорщики и шпионы пробирались и в ряды Красной Армии. Они выведывали сведения о численности красноармейских отрядов, их боевом духе, вооружении и материально-техническом обеспечении. Составляли планы дислокации частей, старались проникнуть в замыслы военного командования. Все эти сведения, когда удавалось их заполучить, тайно переправлялись в разведки белогвардейских армий и войск интервентов.

Подрывная работа врагов Советской власти этим не ограничивалась. Террором против преданных Советской власти командиров, распространением клеветнических и панических слухов, диверсиями заговорщики пытались снизить боевой дух бойцов и командиров Красной Армии. Обманом, шантажом, запугиванием и обещаниями высоких постов в белогвардейской армии они толкали на путь измены служащих в рядах Красной Армии старых специалистов, склоняли к предательству отдельных неустойчивых бойцов и командиров. Иногда контрреволюционерам это удавалось.

Боевая активность ряда частей Красной Армии в этот период несколько снизилась. Терпели серьезные неудачи войска Восточного и Южного фронтов. Особенно неустойчивыми оказались части 8-й и 9-й армий. Они самовольно покидали позиции, командиры не выполняли боевых приказов. Происходило это в определенной степени вследствие ослабления политической бдительности после достигнутых успехов, а также колебаний в среде командиров — бывших офицеров старой армии.

Все это потребовало от Советского государства принятия решительных мер. В ответ на белый террор и особенно в связи с покушением на В. И. Ленина Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет призвал всех трудящихся к повышению политической бдительности и решительной борьбе с врагами революции.