Назначение в августе 1919 года в соответствии с решением ЦК РКП(б) Ф. Э. Дзержинского начальником Особого отдела ВЧК также свидетельствовало о большом значении, которое придается партией этой должности. Одновременно Ф. Э. Дзержинский являлся Председателем ВЧК и наркомом внутренних дел. Необходимость направления на работу в особые отделы коммунистов отмечалась на I Всероссийском съезде особых отделов в декабре 1919 года. Нам надо бороться за то, говорил на этом съезде Ф. Э. Дзержинский, чтобы наша партия для работы в особые отделы давала выдающихся своих членов с большим партийным стажем. В принятой I съездом особых отделов резолюции содержалась просьба к Центральному Комитету партии обязать политические отделы армий и фронтов систематически направлять для работы в особые отделы наиболее опытных коммунистов. Такую же работу по укреплению партийными кадрами особых отделов должны были проводить Политическое управление Реввоенсовета Республики и местные крупные партийные организации.

2 марта 1920 года ЦК РКП(б) направил местным комитетам партии и политическим отделам армии и флота письмо об укреплении кадрами особых отделов, в которое была включена значительная часть приводившейся резолюции I съезда особых отделов. Поддерживая тем самым решение съезда, Центральный Комитет предложил всем политотделам армий и флотов, а также Политуправлению РВСР и крупным партийным организациям командировать для работы в особые отделы наиболее ответственных, испытанных партийных работников.

В связи с новым походом Антанты весной 1920 года, когда вновь возникла потребность в кадрах для особых отделов, Реввоенсовет Западного фронта обратился в ЦК РКП(б) с просьбой направить коммунистов для работы в особые отделы фронта. Рассмотрев эту просьбу, Политбюро ЦК 10 мая предложило заместителю Председателя ВЧК В. Р. Менжинскому усилить особые отделы Западного фронта путем переброски работников из других мест, в частности с Восточного фронта. Со своей стороны ЦК РКП(б) также послал в особые отделы Западного фронта группу ответственных партийных работников. Всего в мае — августе 1920 года Центральным Комитетом в особые отделы было направлено свыше ста коммунистов [18] . Командировались в Особый отдел коммунисты и Политуправлением Реввоенсовета. Направляя членов партии для работы в особые отделы, Коммунистическая партия придавала также большое значение укреплению в них принципов социалистической законности. В этих целях вновь созданные особые отделы организовывались и действовали в Красной Армии на основе Положения о них, утвержденного Президиумом ВЦИК 6 февраля 1919 года, и изданного в развитие и дополнение этого Положения Постановления Совета Рабочей и Крестьянской Обороны от 13 мая 1919 года, подписанного Владимиром Ильичей Лениным.

В разработке Положения принимали участие представители Реввоенсовета Республики, Наркомата по военным и морским делам и ВЧК. В соответствии с Положением вся борьба как с контрреволюцией, так и со шпионажем в армии и флоте отныне возлагалась на особые отделы. Общее руководство этой борьбой всей системы особых отделов на территории, где располагались наши войска, а также в оккупированных иностранными державами и занятых белогвардейцами областях осуществлялось Всероссийской чрезвычайной комиссией через Особый отдел ВЧК. Его начальником назначался один из членов коллегии ВЧК по согласованию с Реввоенсоветом Республики. Реввоенсовет мог выдвинуть на пост начальника Особого отдела и своего кандидата, что согласовывалось с ВЧК. Особый отдел ВЧК выполнял все поручения Реввоенсовета под его непосредственным контролем.

Органами, ведущими непосредственную активную борьбу с контрреволюцией и шпионажем на фронте, являлись фронтовые и армейские особые отделы, а в тылу — губернские особые отделы. Районы действия особых отделов определялись инструкцией. Подчинялись они Особому отделу ВЧК. Вместе с тем по вопросу подчинения особых отделов фронтов и армий неоднократно высказывались различные мнения в органах военного управления, ВЧК и в самих особых отделах. В связи с этим вопрос об их подчинении неоднократно обсуждался в Политбюро ЦК РКП(б), а в принципе — на VIII съезде партии.

После рассмотрения этого вопроса на секциях съезда и на пленарных заседаниях было принято следующее решение:

24 июня 1919 года на объединенном заседании Политбюро и Оргбюро ЦК при обсуждении вопроса о том, как будут назначаться начальники особых отделов армий и фронтов, было принято решение о том, что заведующие особыми отделами армий и фронтов назначаются Реввоенсоветом Республики при согласовании с ВЧК. Подчинялись они непосредственно одному из членов Революционного военного совета. Как правило, это был комиссар фронта, армии.

Большое значение для практической деятельности особых отделов и укрепления социалистической законности имело определение в Положении и в последующих актах высших органов государственной власти и управления прав, которые предоставлялись особым отделам для решения стоящих перед ними задач. В этой связи в Положении указывалось на право ведения следствия и всех связанных с ним действий, как-то: обысков, выемок и арестов. Строго регламентировался также и порядок производства этих действий. В Положении подчеркивалось, что все эти действия могли производиться только по ордерам Всероссийской или губернских чрезвычайных комиссий.

Вместе с тем следует сказать, что порядок подчинения особых отделов фронтов и армий Всероссийской чрезвычайной комиссии и военному ведомству, равно как и некоторые другие вопросы их правового положения, объема задач, менялся в зависимости от международной и внутриполитической обстановки.

В июне 1919 года в связи с объединением командования Вооруженными Силами РСФСР, УССР и БССР объединились особые отделы ВЧК и ЧК национальных республик. С этого времени руководство всей деятельностью особых отделов стало осуществляться из единого центра — Реввоенсовета РСФСР и ВЧК.