Дознание и судопроизводство совершались во дворце Йылдыз. Некоторых подозреваемых пытали, чтобы добиться признаний. Камергер Абдул-Азиза, Фахри-бей, оставил леденящее душу описание мучений, которым его подвергали. По его словам, среди тех, кто его мучил, был и сам Абдул-Хамид. Виновными были признаны одиннадцать человек, в том числе Мидхат-паша, Фахри-бей и два родственника Абдул-Хамида, Дамад Махмуд Джелаледдин и Дамад Мехмед Нури. Они и еще пять человек были приговорены к смертной казни, а двое других — к десяти годам каторжных работ. Вынесенные приговоры были пересмотрены, и хотя большинство, включая Ахмеда Кевдет-пашу, были за их исполнение, султан заменил меру наказания на пожизненное тюремное заключение, опасаясь, что казни вызовут неблагоприятную реакцию. Осужденных направили в Таиф, в Хиджазе, где они отбывали наказание в крепости. Там они находились в самых неблагоприятных условиях и были лишены всяких контактов с внешним миром. Шейх-уль-ислам Хасан Хайрулла-эфенди, который в свое время выдал фетву в пользу низложения Абдул-Азиза, уже отбывал там тюремное заключение. В 1884 году Мидхат-паша и Дамад Махмуд Джелаледдин были убиты по приказу султана. В живых остались только трое осужденных, в том числе Фахри-бей, которые вернулись в Стамбул в 1908 году, когда режим Абдул-Хамида был свергнут.

Убийство Мидхат-паши, человека, которого так опасался Абдул-Хамид, считая его ведущей фигурой движения за принятие конституции, ограничивающей, как он полагал, власть султана, показало, насколько ненадежным было его положение. Абдул-Хамид прекрасно понимал, что он совершает недопустимое деяние, и поэтому оно не получило огласки. Убийство Мидхата было первым убийством ведущего государственного деятеля после 1837 года, когда негодование, вызванное казнью Пертев-паши, великого визиря Махмуда И, способствовало принятию правовых норм, поставивших эту прерогативу султана вне закона. Судьба конституции 1876 года уже продемонстрировала то, что теперь султан не может в угоду своим прихотям остановить действие реформ танзимат: конституцию не отменили, а лишь приостановили ее действие, она осталась в своде законов и на нее продолжали ссылаться в ежегодном списке государственных законопроектов и резолюций.

Если обусловленная положениями Берлинского договора 1878 года потеря большей части преимущественно населенных христианами балканских территорий империи уже доказала, что разработанные Мидхат-пашой планы реформ в провинциях были чрезмерно идеалистическими, то появление сепаратистских настроений среди албанцев, приблизительно 70 % которых были мусульманами, могло только укрепить такое мнение. И если восприимчивость арабов к уговорам британцев оказалась для османского государства потрясением, то еще большее потрясение у него вызвали волнения среди албанцев, которые традиционно считались одними из самых преданных османских подданных. В основе албанского сепаратизма лежали настроения, которые мало чем отличались от настроений, ставших причиной заигрываний Шарифа Хусейна с британцами: мрачные предчувствия того, что дальнейшее территориальное расчленение империи не заставит себя долго ждать.

Установленные турками в 1432 году границы провинции Албания затем неоднократно изменялись, и к 1878 году «Албанией» назывался регион, населенный этническими албанцами (преимущественно мусульманами, но также католиками и православными) и включавший территорию, которую занимали провинции Шкодер, Косово, Монастир и Янина. На севере региона жили геги, а на юге — более оседлые тоски. Поскольку лояльность албанцев давно считалась само собой разумеющимся делом, их «национальные устремления» практически не учитывались в ходе административных преобразований, предпринятых в начале XIX века с целью урегулирования проблем, вызванных более агрессивным национализмом греков, сербов и болгар.

10 июня 1878 года, за три дня до открытия Берлинского конгресса, несколько активистов, ставших участниками митинга в Призрене, сформировали «Албанскую лигу», целью которой было выражение несогласия с возможной оккупацией какой-либо иностранной державой территорий, населенных албанцами. Сначала этим активистам удалось получить поддержку в Стамбуле, но оккупация австрийцами Боснии-Герцеговины и передача османских территорий Греции и Черногории вскоре привели к раздору между правительством и лигой, теперь проявлявшей стремление к получению национальной автономии. Это стремление поддерживала Британия. Когда настало время исполнить еще невыполненные положения Берлинского договора, включавшие в себя лишение Османской империи ее владений в албанских провинциях, в них вспыхнуло вооруженное восстание, которое к сентябрю 1881 года было подавлено султанской армией. После трехлетней активной деятельности лига была распущена.

Вспышки насилия, имевшие место на востоке Малой Азии в середине 90-х годов, снова сделали правительство Абдул-Хамида весьма непопулярным за границей. В атмосфере разочарования, наступившего после заключения Берлинского договора, были сформированы несколько армянских организаций националистической направленности. Две из них (организация гнчаков, созданная в 1887-м политическими эмигрантами в Женеве, и в большей степени антирусская организация дашнаков, основанная в Тифлисе в 1890 году), признавали насилие одним из способов сохранения независимости Армении, и для того, чтобы привлечь к себе внимание за рубежом, не гнушались провоцировать мусульман на применение репрессивных мер. В 1891 году обеспокоенный возможностью того, что у русских есть свои планы в отношении отдаленных и плохо управляемых провинций восточной Малой Азии, Абдул-Хамид сформировал из курдов полки нерегулярной кавалерии «Хамидийе», которые должны были поддерживать порядок в этом регионе и стать силами безопасности быстрого реагирования. Курдские племена ревностно хранили свою независимость, и, создавая на их основе воинские формирования, султан надеялся на то, что этим он обуздает творимые ими беззакония и укрепит их преданность находившемуся в далеком Стамбуле правительству. Для проведения такой акции едва ли можно было выбрать более неудачное время: совпавшее с усилением революционной деятельности армянских организаций, формирование курдских полков нарушило непрочное равновесие сил в этом регионе. Полки «Хамидийе» принимали непосредственное участие в беспорядках, а отличавшиеся особой свирепостью столкновения между ними и армянами, которые имели место в 1894 году в провинциях Сасун и Битлис, привели к вмешательству Британии, Франции и России, которые предложили провести административные реформы. Впрочем, они так и не смогли прийти к согласию, а султан так и не стал участником этих прений. Недовольные отсутствием какого-либо прогресса, гнчаки решили обратиться за помощью к Стамбулу. 30 сентября 1895 года, в надежде оказать влияние на исход дискуссий, которые тогда шли полным ходом, они попытались пробиться в штаб-квартиру правительства и вручить петицию. По пути им пришлось вступить в столкновение с войсками, и в наступившем хаосе многие стамбульские армяне были убиты толпами мусульман.

Международная реакция на этот инцидент заставила Абдул-Хамида согласиться на проведение некоторых реформ в восточных провинциях, признать право немусульман на места в местной администрации и согласиться с тем, что полки «Хамидийе» следует вооружать, только когда они находятся на действительной воинской службе. Абдул-Хамид без всякой охоты пошел на уступки и целый год не предавал широкой огласке принятый им декрет: он считал, что лучше, чем великие державы, понимает сложившуюся ситуацию и возможность отрицательной реакции со стороны мусульманского населения региона, и в этом он оказался прав. Оставшиеся месяцы 1895 года и 1896 год были отмечены дикими проявлениями насилия, поскольку правительственные силы, армяне, курды и турки так яростно сражались друг с другом, что названия городов этого региона и прежде всего Харпута и Зейтуна (ныне Сулейманли), надолго запомнились (благодаря обилию поступавших из региона донесений консулов, главным образом британских, и миссионеров, главным образом американских, с описаниями страданий, очевидцами которых они стали) как места, где шла межнациональная бойня. В августе 1896 года дашнаки попытались ворваться в штаб-квартиру Османского банка в Стамбуле, что также было сделано с целью привлечь к себе внимание за рубежом. Они же организовали в городе серию взрывов. И снова это привело к репрессиям, в ходе которых были убиты сотни, если не тысячи живших в Стамбуле армян. Опасаясь, что это может привести к вмешательству иностранных государств, Абдул-Хамид опубликовал декрет о реформах, на проведение которых он согласился в минувшем году, причем распространил их действие на все свои владения за исключением Хиджаза. Тем самым, он еще больше отвратил от себя мусульманское население империи, в сохранении лояльности которого так отчаянно нуждался. Многие османские армяне сами были глубоко встревожены тем, какой оборот принимают события, так как российские армяне, которые 90-е годы прибыли в Анатолию и Стамбул в качестве агитаторов, теперь угрожали, а порой и убивали их за отказ от предоставления финансовой помощи или за то, что они продолжали проявлять лояльность к османскому государству.

В последние годы XIX столетия армяне и албанцы были далеко не единственными подданными султана, которые, применяя насилие, выражали свое глубокое недовольство существующим режимом. Крит еще оставался османской провинцией, и мятежи там не были редкостью. Как и греческие националисты, король Греции Георгий хотел аннексировать остров и в 1897 году направил туда военную эскадру и солдат. Под давлением великих держав Абдул-Хамид был вынужден предложить Криту автономию в рамках османского государства, но вскоре были приведены в боевую готовность греческие войска в Фессалии, на северной границе Греции с Османской империей. После того как были приняты унизительные для турок условия Берлинского договора, Абдул-Хамид обратил свой взор на Германию, великую державу, которая никогда не проявляла интерес к Ближнему Востоку и которая могла оказать ему поддержку в противостоянии другим державам. Когда Германия пришла на смену Британии и стала страной, которой более всего доверял султан, ее гражданские и военные советники стали проявлять невиданную прежде активность. Греческие вооруженные силы не шли ни в какое сравнение с обученной и оснащенной немцами османской армией, и вскоре греки потерпели поражение. Теперь Греция должна была выплатить туркам непосильную контрибуцию, в качестве компенсации за территорию, захваченную ею в Фессалии и возвращенную Османской империи по условиям мирного договора. Кроме того, выплата процентов по греческим долгам перешла под контроль международной финансовой комиссии. Теперь европейские державы приняли сделанное Абдул-Хамидом предложение дать Криту автономию.