Интеллектуалы полностью разделяли стремление Абдул-Хамида сохранить то, что еще осталось от османской территории, но не одобряли методов, с помощью которых он пытался достичь этой цели. У них вызвал недовольство и его автократический стиль управления государством, и его явная неспособность противостоять разделу империи. В первые годы правления несогласие высказывали представители многих слоев общества, от либералов-романтиков и конституционалистов до священнослужителей и масонов, от бюрократов до придворных. Вся эта оппозиция была такой же неорганизованной и разобщенной, какими в свое время были младотурки. По этой причине, как и по многим другим, они на первых порах не могли добиться успеха. Основанному в 1880 году министерству полиции оказывала содействие неофициальная сеть осведомителей, которые работали во дворце и выдавали инакомыслящих.

Только в 1889 году недовольные Абдул-Хамидом и его политикой (которая в конечном счете оказала такое же разрушительное воздействие, как и насилие армянских активистов), стали создавать организованные структуры. В том году несколько студентов военно-медицинского колледжа основали тайное общество, целью которого было восстановление конституции и парламента. Однако общество было раскрыто, а те из его участников, которым удалось избежать ареста, уехали в Париж, где они продолжили свою оппозиционную деятельность. В 1894 году произошло объединение разрозненных групп недовольных режимом Абдул-Хамида. Тогда различные подпольные организации вошли в единую структуру под названием «Комитет единства и прогресса» (КЕП), членов которой попросту называли «младотурками».

В последующие годы деятельность этого оппозиционного движения носила скорее умозрительный характер, но постепенно претерпела изменения и приобрела черты весьма прагматичного политического курса. Периоды крайне высокой активности чередовались с периодами распрей и интриг среди членов КЕП, находившихся на родине, и особенно среди тех, кто оказался в изгнании. Неудивительно, что в эпоху политических брожений они поддерживали разнообразные и зачастую противоречившие друг другу идеи. Низложение Абдул-Хамида было тем единственным пунктом, с которым все они были согласны. Членами КЕП были представители всех энических и религиозных групп, и вскоре отделения этой организации появились во всех регионах империи и в Европе. Однако во многом КЕП представлял собой элитарное движение, его члены не пытались привлечь на свою сторону массы.

Абдул-Хамид весьма успешно подавлял деятельность КЕП внутри империи и пытался делать это за рубежом. В 1899 году при посредничестве своих германских союзников он попросил европейские государства, в которых действовали представители КЕП, принять против них меры. Швейцарцы согласились провести расследование, но французы отнеслись к его просьбе с меньшим энтузиазмом. В декабре того же года родственник султана Дамад Махмуд Джелаледдин-паша (носивший то же самое имя, что и другой его родственник, убитый в 1884 году в Таифе) уехал из Стамбула в Европу вместе со своими сыновьями принцем Сабахеддином и принцем Лутфуллахом, где они приняли участие в оппозиционном движении. В тот период, когда КЕП находился в тяжелом положении, Сабахеддин и Лутфуллах предложили провести съезд тех, кто находился в оппозиции османскому режиму. Этот съезд состоялся в Париже в 1902 году, после того, как французское правительство (главным образом благодаря усилиям принцев, депутатов французского парламента, журналистов и государственных деятелей) осудило правительство Османской империи и выдало необходимое разрешение. Участников съезда тщательно отбирал принц Сабахеддин (которого все называли Сабахеддин-беем). Среди делегатов были члены армянских оппозиционных организаций, вступившие в союз с фракцией Сабахеддина (которая разделяла их убежденность в том, что вмешательство внешних сил является лучшим средством решения проблем, с которыми столкнулась империя), направленный против фракции во главе которой стоял эрудит и бывший чиновник Ахмед Риза. Он категорически отвергал возможность иностранного вмешательства в дела империи. Хотя на съезде эта фракция находилась в меньшинстве, Ахмед Риза и его сторонники играли доминирующую роль в деятельности КЕП с момента основания организации. Группа Сабахеддин-бея хотя и являлась частью численного большинства, но лишь незадолго до съезда вошла в состав КЕП. Европейская пресса, разумеется, приветствовала ту фракцию, которая поддерживала идею внешнего вмешательства, но последующие события показали, что Ахмед Риза и его сподвижники обладают большей жизнеспособностью.

После Парижского съезда фракция Сабахеддин — бея поддерживала тесные связи с армянскими, а также албанскими и македонскими оппозиционными группировками и вызывала неприязнь у своих оппонентов, поскольку ратовала за то, чтобы сбросить режим Абдул-Хамида с помощью внешних сил. Султан предпринял против них решительные меры, на которые они ответили тем, что при поддержке британцев разработали детальный план государственного переворота. Что касается коалиции Ахмеда Ризы (идеология которой разительно отличалась от идеологии фракции Сабахеддин — бея), то она усердно трудилась над тем, чтобы обеспечить прочную основу для будущей организации. Она приглашала к сотрудничеству все народы, населявшие территории, еще оставшиеся в составе империи. Или, по крайней мере, те радикальные группы, которые считались представителями этих народов. Ахмед Риза и его последователи предпочитали называть подданных султана «турками», а не «османами», и считали нереальными все попытки найти общие цели с нетурецкой (т. е. немусульманской) оппозицией. Они рассматривали ислам не как религию, а как средство распространения зарождавшегося национального самосознания.

Программа Ахмеда Ризы была программой постепенных перемен, а те члены его коалиции, которые предпочитали более энергичный подход, на первых порах почти не обладали влиянием. Ситуация изменилась в 1905 году, когда за связи с КЕП был сослан в Эрзинджан Бахаеддин Шакир, являвшийся личным врачом второго претендента на трон, принца Юсуфа Изеддин а. Оттуда он бежал и примкнул к парижскому отделению этой организации. Он был за отказ от эволюционного способа преобразований в пользу революционного и зато, чтобы в той или иной форме взаимодействовать с революционными армянскими группировками. Но армяне отвергли его предложения. В январе 1906 года он назвал свою фракцию Комитетом прогресса и единства (КПЕ), а вскоре после этого ее члены приняли важное решение — предложить военным принять участие в деятельности комитета. Судя по всему, инициатором этой идеи был прусский солдат и писатель Кольмар Фрайхерр фон дер Гольц. На протяжении более десяти лет, в 80-е и 90-е годы, фон дер Гольц занимался реорганизацией османской армии (в которой он дослужился до чина старшего офицера) и продолжал поддерживать с ней тесные связи. Хотя реформаторы XVIII и XIX столетий пытались осуждать подобные отношения, но на протяжении многовековой истории Османской империи военные и политики всегда взаимодействовали друг с другом, и поэтому идея участия военных в политической деятельности была вполне допустимой. Но эта идея ставила в невыгодное положение тех членов КЕП, которые в принципе ее отвергали.

События, имевшие место за рубежом, вселяли оптимизм в тех, кто добивался низложения Абдул-Хамида. Первая русская революция 1905 года стала потрясением для царя Николая II и заставила его провести некоторые конституционные реформы. Кроме того, она отвратила тех русских либералов, которые были сторонниками постепенных перемен, от крестьян и рабочих, которые убедились в том, что некоторых улучшений (хотя и не вполне достаточных) удалось добиться с помощью забостовок, протестов и убийств полицейских. После почти ненасильственной революции, которая совершилась в Тегеране в 1905–1906 годах, Иран отвоевал у своих правителей из династии Каджаров изложенную в письменном виде конституцию и выборное собрание. Участников этого движения вдохновляли младотурки, которые находились в оппозиции режиму Абдул-Хамида, а их успех заставил КПЕ считать, что настало время действовать с гораздо большей настойчивостью.

В период между 1905 и 1907 годами недовольство народа деятельностью правительства вылилось в полномасштабное восстание, которое вспыхнуло в самом центре Османской империи, в Анатолии. В то время там, как и повсюду в империи, проводился призыв всех годных к военной службе мужчин, которые должны были принять участие в новой фазе непопулярной войны в Йемене. В 1872 году турки вновь оккупировали Йемен, но там их войска постоянно подвергались нападениям местного арабского населения. Мобилизация вызвала народное недовольство, а ценой проведения военной кампании в Йемене стали прорехи в бюджете Османской империи. Восстание показало, что когда дело касалось жизни конкретных подданных султана, вся тщательно продуманная Абдул-Хамидом кампания по убеждению народа в святости халифа ничего не стоила, а его попытки укрепить свое самодержавное правление оказались далеки от успеха. Уже не в первый раз налогообложение стало одним из главных бедствий сельского и городского населения Анатолии, поскольку стало совершенно невыносимым налоговое бремя, возложенное на него государством, тщетно пытавшимся покрыть издержки, вызванные обслуживанием государственного долга, а также модернизацией инфраструктуры и вооруженных сил.