Теперь кроме военного обязательного раздела, предусмотренного Адмиралтейским регламентом (изучение навигации, артиллерии, фортификации и пр.), учебная программа содержала общеобразовательные предметы. В Морской академии курсантам на выбор предлагалось изучить в совершенстве один из семи иностранных языков: английский, французский, немецкий, шведский, датский, итальянский или латинский. В новом морском учебном заведении в обязательном порядке преподавались также политика, геральдика, генеалогия, история, литература, юриспруденция, гражданские законы и архитектура. Особую группу учебных предметов в академии представляли «шляхетные искусства»: фехтование, верховая езда, танцы.

Создание в Петербурге Морской академии знаменовало собой существенный уровень европеизации отечественной специальной системы образования. Однако справедливости ради заметим, что пройдет еще немало лет, прежде чем военно-морское учебное заведение действительно станет очагом культурной жизни столицы и российского общества.

По сравнению с прошлыми годами комплектование академии прошло довольно быстро, «без особых принуждений» со стороны царя. Чиновник польского посольства и автор «Краткого описания Петербурга» X. В. Вебер утверждал, «что во всем пространстве Российского Государства не было ни одной знатной фамилии, которая бы не представляла в Морской академии сына или ближайшего родственника».

Размещалась Морская академия в непосредственной близости от Адмиралтейства, в доме бывшего единомышленника Петра I, кораблестроителя и государственного деятеля А.В. Кикина, необоснованно арестованного по делу царевича Алексея и казненного.

Здание находилось «на набережной линии» Невы, на месте нынешнего Зимнего дворца, на углу, обращенном к Адмиралтейству и Главному штабу. Дом был, по-видимому, небольшой (описания его не сохранилось), так что к нему пришлось срочно пристроить несколько мазанок. Неподалеку от него располагались хоромы командующего российским флотом, генерал-адмирала Ф.М. Апраксина.

Набережная Невы на участке от Адмиралтейства до «почтового дома» (впоследствии на его месте возвели Мраморный дворец) в то время усиленно укреплялась. В болотистую почву забивали бесконечное число свай, закидывали фашинник, землю, щебень. Участок обсаживали вывезенными из Гамбурга липами. Против Адмиралтейства специально отгородили часть заливного луга для выпаса коров и овец адмиралов Апраксина и Крюйса.

На первых порах работы Морской академии ощущалась едва ли не полная неподготовленность ее к началу занятий. В первую очередь существовали многочисленные проблемы с обживанием неприспособленного для учебных целей дома Кикина. Строение нуждалось в капитальной перепланировке и ремонте. Для этого требовалось не только время, но и значительные финансовые средства, постоянно отсутствовавшие у дирекции академии.

Не менее важной проблемой в тот период являлся недостаток необходимого числа опытных преподавателей для проведения полноценных занятий в объеме высочайше утвержденной учебной программы.

Из Москвы в Морскую академию перевели профессоров А.Д. Фархварсона и Стефана Гвина. Им на первых порах приходилось вести занятия по нескольким учебным дисциплинам. Правда, вскоре в помощь профессорам – англичанам из Школы математических и навигацких наук срочно откомандировали 8 навигаторов, успешно окончивших полный курс обучения в Москве. Позже по распоряжению Адмиралтейств-коллегии профессор Фархварсон подготовил из пяти бывших выпускников Навигацкой школы преподавателей навигации и астрономии, занявших соответствующие вакантные места в новом учебном заведении.

Педагоги-профессора, являвшиеся по своему положению руководителями отдельных предметных курсов Морской академии, стали официально именоваться «мастерами», а их помощники – выпускники Навигацкой школы – «подмастерьями». Следует особо отметить, что преподавателей, желавших занять вакансии в штате Морской академии, в начале XVIII века недоставало главным образом из-за довольно низкого жалованья и проблем с жильем. Тогда при приеме на работу преподавателей в Академию конкурсы или аттестации не устраивались. Обычно принимали всех, кто хотел работать. Неудивительно, что в первые годы существования Морской академии в Петербурге уровень подготовки воспитанников был не очень высоким.

Артиллерии в академии обучал капитан-поручик лейб-гвардии Преображенского полка Г.Г. Скорняков-Писарев, ас 1719 года этот предмет стал вести бомбардир-сержант Иван Невский, получавший за свой труд, кроме полковой дачи, 2 рубля в месяц. Искусство фехтования воспитанникам преподавал иностранец Гейман, чье жалованье составляло 550 рублей в год (более чем в 20 раз по сравнению с русским коллегой-бомбардиром).

Для обучения учащихся Морской академии «фронту» со дня основания учебного заведения к нему специально прикомандировали гвардии поручика Бестужева, гвардии прапорщика Ковтырева и двух сержантов лейб-гвардии Семеновского полка.

Изучение «корабельной архитектуры» для воспитанников организовали непосредственно в Адмиралтействе – на его стапелях, где строились сказочно красивые корабли того времени, с четкими, изящными линиями корпуса, множеством парусов, с богато украшенной резьбой кормой и декоративным ростром. Каждый чудо-красавец здесь же вооружался пушками различных калибров и конструкций. В классах размещенной в Адмиралтействе школы учащиеся приветствовали Филиппа Петровича Пальчикова – первого отечественного кораблестроителя, получившего в России законченное инженерное образование и по окончании Морской академии назначенного императором руководителем «модель-каморой», в которой хранились модели, чертежи и описания построенных судов. Но «модель-камора» являлась не только своеобразным хранилищем (архивом), но и местом, где создавались проекты и чертежи будущих военных судов. По существу, здесь тогда находилось первое отечественное конструкторское бюро судостроительной промышленности.