15 декабря 1752 года высочайшим указом императрица Елизавета Петровна объявила о начале обустройства в Морском шляхетном кадетском корпусе собственной церкви «со священником, дьяконом, двумя церковниками и пономарем». Однако прошло около 9 лет, прежде чем в стенах учебного заведения открыли корпусную церковь. Ее торжественное освящение прошло 4 марта 1761 года, а 10 марта исполняющий обязанности директора Морского корпуса капитан I ранга Андрей Михайлович Давыдов официальным служебным рапортом информировал Адмиралтейств-коллегию: «В показанных по плану нижнего апартамента палатах поставлена церковь, освященная 4 марта в честь того же святого, что и бывшая полковая церковь, т. е. в честь Святителя и Чудотворца Николая». Известно, что иконостас, церковная утварь, иконы, лампады и паникадило в нее перенесли из ранее разобранного деревянного Николо-Богоявленского собора. Из Адмиралтейской церкви передали в дар серебряный потир, дискос, звездицу и ряд других культовых предметов. По отзывам воспитанников и морских офицеров, первая церковь Морского корпуса содержалась довольно бедно. Она располагалась в нижнем этаже корпусного здания «в малых покоях с низкими потолками».

Уже упоминалось, что после большого пожара 1771 года, опустошившего значительную часть Васильевского острова, сгорели не только все деревянные сооружения Морского шляхетного кадетского корпуса, но и его основные каменные строения. От них в тот трагический майский день остались одни обгорелые стены.

Воспитанников и преподавателей срочно перевели в Кронштадт и разместили в здании бывшего Меншиковского, или, как его тогда чаще называли, Итальянского дворца. В нем в феврале 1772 года освятили вторую корпусную церковь. Храм носил имя того же Святителя и Чудотворца Николая.

Морской кадетский корпус довольно долго дислоцировался в Кронштадте, его не торопились возвращать в Петербург, ибо, по мнению императрицы и многих руководителей военно-морских сил России, остров Котлин – наиболее подходящее место для морского учебного заведения. Кронштадт тогда являлся главной базой Балтийского флота: сюда приходили из походов военные корабли, отсюда отправлялись экипажи морских судов в дальние плавания. Здесь же размещалась ремонтная база флота, а также его основные складские сооружения. Однако рескриптом императора Павла I корпус в 1796 году вновь обосновался на старом месте в Петербурге.

В наследие от размещавшегося здесь временно Корпуса Чужестранных Единоверцев Морской кадетский корпус получил почти готовое новое помещение для церкви. Оно размещалось на третьем этаже дома, в его западном крыле. Новая церковь Морского корпуса имела два основных отделения: западное – с низкими потолками и восточное – с высоким, возвышающимся над черепичной крышей куполом, увенчанным крестом. За границами восточного отделения располагались просторный алтарь и ризница храма. Работы по проектированию и отделке церкви проходили под руководством молодого зодчего Л. Руска. Стены и своды храма расписал будущий строитель Казанского собора академик А.Н. Воронихин. Резной одноярусный иконостас изготовил столяр Буфендорф, а скульптурные детали для него вырезал из дерева И.П. Прокофьев. Новые иконы для храма написали талантливые русские живописцы И.Ф. Тупылев и М.Ф. Воинов, запрестольный образ, две иконы и плащаницу – «богомаз» Е.В. Мошков. Значительная часть церковной утвари была перевезена в новый храм из Кронштадта.

15 марта 1797 года директор Морского корпуса официальным рапортом доложил императору Павлу I о следующем: «Имею счастье всеподданнейше донести Вашему Императорскому Величеству, что вчерашнего дня в Морском шляхетном корпусе освящена церковь во имя Святого Исповедника Архиепископа Павла, коем память празднуется в день всерадостнейшего восшествия Вашего Императорского Величества на Всероссийский Престол. Освящение совершил преосвященный Иннокентий, Архиепископ Псковский, и к тому приглашены были: Главнокомандующий в городе, граф Буксгевден, члены Адмиралтейств-коллегии и начальствующие над училищами. Архимандрит Ксенофонт, законоучитель в Корпусе, сказывал по этому случаю проповедь».

В таком виде, с некоторыми небольшими ремонтными дополнениями, собственная церковь Морского корпуса просуществовала до 1917 года – дня его официального упразднения.

Морские кадеты и гардемарины первого десятилетия XX века, так же как и их предшественники, посещая корпусной храм, любовались находящимся справа от Царских дверей образом Христа Спасителя и установленным на южной двери церкви образом Архангела Михаила, поражающего дракона. Все воспитанники Морского корпуса всегда с восхищением рассматривали работу старых русских иконописцев – образ Святого Павла Исповедника у правого клироса храма.

Церковь Морского корпуса давала высокое нравственное и патриотическое воспитание будущим офицерам российского флота, учила верности присяге, прочно скрепляла воинское братство.

Позже на стенах корпусного храма укрепили памятные мраморные доски с именами выпускников учебного заведения, погибших за Родину. Черные доски – с именами моряков, убитых в сражениях; серые – с именами погибших при кораблекрушениях, при исполнении служебных обязанностей. Черные доски стали устанавливаться с 1854 года по инициативе и на средства генерал-адмирала великого князя Константина Павловича – шефа Морского корпуса.

Списки для досок составлялись на основании архивных документов, при необходимости уточнялись и дополнялись.

В церкви за клиросом постоянно хранилось первое корпусное знамя, на ленте которого золотом вышито с одной стороны: «1699

Навигацкая школа и с 1715–го Академия морской гвардии», с другой стороны: «1838 г. Морской кадетский корпус».

В храме регулярно публично поименно поминали героических моряков – выпускников Морского корпуса.

После упразднения Морской академии ее типографию со всем оборудованием и персоналом перевели на Васильевский остров, в здание Морского шляхетного кадетского корпуса. Распоряжением Адмиралтейств-коллегии корпусную типографию пополнили дополнительным штатом сотрудников и более совершенными печатными станками. После пожара 1771 года и перевода Морского корпуса в Кронштадт типография осталась и функционировала в приспособленном для нее здании.