В то время строевой частью военно-морского учебного заведения руководил в чине полковника Логин Иванович Голенищев-Кутузов – сын директора корпуса, бывший воспитанник Сухопутного кадетского корпуса, переведенный во флот и назначенный в Морской корпус. Логин Иванович являлся участником Роченсальмского сражения, проявил незаурядную храбрость и был награжден орденом Святого Георгия 4-й степени. Часто при отсутствии отца сын, как старший по чину офицер, исполнял обязанности директора корпуса.

10 февраля 1798 года, посетив Морской корпус и обойдя все его помещения, Павел I несколько раз вслух с удовольствием повторил, что он остался весьма доволен порядком и чистотой учебного заведения. Не прошло и часу после отъезда генерал-адмирала, как директор Морского корпуса получил следующий высочайший рескрипт: «Господин главный директор Морского шляхетного кадетского корпуса г. Кутузов. В бытность Нашу сегодня в корпусе найдено все в весьма хорошем устройстве и порядке; почему изъявляем, как вам, так господину генерал-майору Кутузову, равно всем штаби обер-офицерам, Наше благоволение. Пребываем всегда к вам благосклонны».

Указанный в рескрипте генерал-майор был, по-видимому, сыном директора Логином Ивановичем Голенищевым-Кутузовым, имеющим во время посещения Павла I чин полковника. Следовательно, исходя из текста высочайшего документа, сын директора – Логин Иванович – в тот день произведен Павлом I, очарованным порядком в корпусе, в чин генерал-майора.

Однако окончательно это решение, по обычаю того времени, подтверждалось письменным императорским приказом. Мудрый отец новоиспеченного генерала считал, что полагающуюся в таких случаях официальную благодарность за царскую милость сын должен отложить до получения приказа. Но радость и нетерпение Логина Ивановича, желающего как можно быстрее облачиться в генеральский мундир, оказались настолько велики, что он упросил отца разрешить ему на другой же день явиться к императорскому разводу на плац Михайловского замка. Сына поддержал адмирал де Рибас, зашедший в это время с визитом к адмиралу Голенищеву-Кутузову. Де Рибас даже специально съездил домой и привез новоиспеченному генерал-майору форменную парадную шляпу. Он уговорил отца позволить сыну явиться на развод и отблагодарить Павла I за высокую честь.

Позже Логин Иванович Голенищев-Кутузов так описывал свой визит на императорский развод: «По окончании развода, когда пришло время представлений, я подошел к императору, по наблюдаемому тогда обычаю, стал на одно колено и снял перчатку с правой руки. Комендант сказал: „Благодарить за произведение в генерал-майоры“. Государь, не снимая своей перчатки, с видом великого неудовольствия спросил меня: „Отдан ли приказ?“ Я отвечал: „Не отдан“. „А ежели я в приказ не отдам?“ – „Тогда я остаюсь полковником“. После сего ответа государь с видом удовольствия снял перчатку и, дав мне поцеловать свою руку, сказал: „Можно бы было подождать приказа, господин генерал-майор“, – велел встать и сказал: „Всем, что я видел в Корпусе, я очень доволен“».

Продолжая вести регулярные инспекторские проверки корпуса, Павел I однажды признался директору: «Я сам не могу ни в чем вас поймать; попробую попросить об этом императрицу». Иван Логинович посчитал эти слова шуткой, однако через несколько дней совершенно неожиданно в Морском корпусе появилась императрица со свитой. Она обошла все учебное заведение и, к огромной радости директора, офицеров и воспитанников, осталась посещением весьма довольна.

Считается, что царствование Павла I являлось для Морского корпуса одним из самых благоприятных периодов. В знак глубокой признательности императору за действенную помощь новую корпусную церковь освятили во имя Святителя Павла Исповедника, память которого Православная церковь празднует 6 ноября – в день вступления генерал-адмирала Павла Петровича на русский престол.

При нем для воспитанников корпуса учредили новую форменную одежду: зеленые двубортные мундиры и штаны, зимой – одноцветные с мундиром, летом – белые; ботфорты, треугольная шляпа и кортик. Прежние гренадерские шапки заменили головными уборами, подобными каскам, носимым военнослужащими Павловского полка.

После завершения на Васильевском острове строительных работ в помещениях Морского кадетского корпуса в новом здании комфортно и удобно разместились переведенные из Кронштадта воспитанники.

Укрепление и рост численности отечественного флота после победоносной русско-шведской войны 1788-1790 годов вызвали расширение штата воспитанников. В 1791 году он фактически составлял около 1000 человек.

С 1752 по 1802 год Морской шляхетный кадетский корпус выпустил во флот 3036 офицеров, имевших основательные теоретические знания, достаточную практическую подготовку для корабельной службы. В боевых условиях гардемарины проявили чудеса храбрости, верность долгу и присяге. К недостаткам учебного процесса за этот период следует, пожалуй, отнести отсутствие объективных возможностей организации для гардемаринов дальних учебных походов за пределы акватории Финского залива.

В эти годы ярко проявился флотоводческий талант выпускника Морского шляхетного кадетского корпуса, выдающегося государственного и военного деятеля адмирала Федора Федоровича Ушакова, недавно причисленного Русской православной церковью в лик святого.

Будущий флотоводец окончил Морской корпус в 1766 году. Во время русско-турецкой войны 1787-1791 годов, командуя авангардом эскадры на корабле «Святой Павел», в бою у острова Фидоноси Ушаков нанес сокрушительное поражение турецкому флоту. С 1790 года он командует Черноморским флотом, одерживает блестящие победы в морских сражениях. Во время Средиземноморского похода адмирал Ушаков проявил себя не только искусным флотоводцем, но и политическим деятелем при создании греческой Республики Семи Островов под протекторатом России и Турции. Память святого адмирала совершается в день его прославления, 5 августа, и в день его кончины, 15 октября.