Уставом также регламентировались порядок и программа вступительных и выпускных экзаменов, а также правила перевода воспитанников из класса в класс.

Специальными положениями закреплялись принципы распределения классных и практических занятий в учебном заведении и на судах учебного отряда. Регламентировались структура морского училища, виды поощрений, наград, взысканий и наказаний воспитанников, также как права и обязанности его руководителей, преподавателей и воспитателей.

В Морском училище впервые учредили мраморные доски для занесения на них имен лучших выпускников.

В эти годы в учебном заведении сформировалась новая система воспитания учащихся, в основу которой были заложены принципиальные требования и качества, необходимые морскому офицеру: умение терпеливо переносить трудности и лишения, развивать в себе профессиональную реакцию и находчивость, готовность четко и добросовестно выполнять распоряжения и приказы, уважать дисциплину и морские обычаи.

При вынесении решения о наказании воспитанников теперь стали подходить дифференцированно, в зависимости от характера дисциплинарного проступка. Так, за уклонение от занятий или обязанностей назначалась усиленная работа; за ослушание и строптивость – средства смиряющие; за злоупотребление доверием – средства пристыжающие; за злонамеренное упорство или за проступки, унижающие человеческое достоинство – исключение из училища. В воспитании преобладали методы, основанные на доверии и уважении личности, способствовавшие выработке ответственности за внутренний порядок и качество учебы.

Воспитатели и преподаватели должны были обходиться с воспитанниками корректно и вежливо, но одновременно с этим всегда оставаться для них авторитетами, требовательными офицерами, без излишней мягкости и угодливости.

Положениями Устава Морского училища значительно повышалась роль самостоятельной подготовки воспитанников. Кадетам, по распоряжению начальника училища, теперь разрешалось, по желанию, ежедневно после занятий уходить в город до 23 часов.

В дисциплинарную практику внедрили так называемые «штрафные отметки», влиявшие на распределение «по старшинству» в выпуске. Старшинство давало возможность не только иметь преимущество при назначении по окончании Морского училища, но и при последующем производстве в очередные офицерские чины.

Преемником начальника Морского училища контр-адмирала В.А. Римского-Корсакова стал один из его ближайших помощников и сподвижников – инспектор классов капитан I ранга А.П. Епанчин. Приказ о его назначении огласили 8 ноября 1871 года.

Инспектором классов тем же распоряжением назначили капитана I ранга К.Ф. Кульстрема:

В своей книге воспоминаний «На службе трех императоров» сын контр-адмирала А.П. Епанчина, генерал Н.А. Епанчин, писал, что род Епанчиных ведет свое начало от Гланды Камбила, владетеля земель в бассейне между реками Висла и Неман до Балтийского моря. Вследствие неблагоприятного похода против ордена Ливонских рыцарей Гланда с сыном и подданными в XIII веке прибыл в Россию к великому князю Александру Невскому, крестился и был наречен Иоанном, а сын его – Андреем. Боярин Андрей Иванович Камбила (по-русски – Кобыла) состоял при великом князе Симеоне Иоанновиче Гордом, потомки Андрея также служили России в боярском сане. Фамилия Епанчиных «усвоена» от потомка Андрея – Семена, носившего прозвище Япанча (Епанча).

8 октября 1869 года Правительствующий Сенат утвердил постановление Новгородского дворянского депутатского собрания от 28 июля того же года о внесении рода Епанчиных в шестую часть дворянской родословной, так называемой «Бархатной книги». Копию с высочайше утвержденного 4 января 1874 года герба с девизом «Deus, Fides, Amor, Virtus» («Бог, Вера, Любовь, Доблесть») вручили старшему в роде Епанчиных – адмиралу Николаю Петровичу Епанчину.

По семейной традиции Епанчины со времен Петра Великого принадлежали к числу морских семей. Два брата из рода Епанчиных, Николай и Иван Петровичи, в должности командиров фрегатов «Елена» и «Проворный», стали героями Наваринского морского сражения, а впоследствии – полными адмиралами русского флота.

Сыновья адмирала П.П. Епанчина Алексей, Николай и Михаил окончили Морской кадетский корпус, но на военной службе остался лишь Алексей Павлович Епанчин, зачисленный после окончания учебного заведения в штат преподавателей. Он зарекомендовал себя как способный педагог и воспитатель, подготовивший отличных морских офицеров для отечественного флота. Вся военная служба контр-адмирала Алексея Павловича Епанчина прошла в морском учебном заведении. После производства в 1841 году в офицеры флота он последовательно занимал должности преподавателя, командира гардемаринской роты, инспектора классов, начальника Морского училища и одновременно – Николаевской Морской академии.

Судя по воспоминаниям бывших воспитанников, контр-адмирала все любили и считали человеком справедливым. Воспитанники дали ему и соответствующее прозвище – Папашка. Однако кадетские борзописцы-сатирики в своих стихах не смогли простить «сухопутному» адмиралу отсутствие в его послужном списке сведений о действительной морской службе на военных кораблях и регулярных плаваниях на них.

В известном всему корпусу стихотворении одного из воспитанников – «Прощание с Желтым домом» начальнику Морского училища А.П. Епанчину были посвящены довольно едкие, но справедливые строки: