Несколько Ju-52/3m g4e (See) в начале 1940 г. поступило на вооружение KGrzbV-108 See (Kamrfgruppe zur besonderen Verwendung — бомбардировочная группа специального назначения). Эти машины принимали участие во вторжении немецких войск в Данию и Норвегию 9 апреля 1940 г. Гидросамолеты доставили людей и грузы в норвежские фьорды и на датские острова, по разным причинам не подходившие для высадки морских десантов. Гидропланы Ju-52/3m See действовали в Норвегии и на Средиземноморье на протяжении всей второй мировой войны.

Максимальная взлетная масса Ju-52/3m See в варианте гидросамолета составляла 11 500 кг, на 500 кг больше, чем у сухопутного Ju-52/3m. Лишние полтысячи кг добавили поплавки. Длина разбега по воде перед взлетом у Ju-52/3m g8e See составляла 845 м, на испытаниях самолет пробегал этот путь за 53 с. Высоту 3000 м Ju-52/3m g8e See набирал 21 минуту, максимальная скорость составляла 231 км/ч — на 55 км/ч меньше, чем у сухопутной модификации. Крейсерская скорость на малой высоте у Ju-52/3m g8e See была 173 км/ч (у сухопутной модели — 215 км/ч).

Несколько десятков Ju-52/3m было переоборудовано фирмой Юнкерс — в самолеты-тралыцики Ju-52/3m MS (Minensuach — миноискатель). К нижней поверхности крыла на подкосах крепился кольцевой обтекатель с катушкой индуктивности внутри, диаметр обтекателя 14 м. В рабочем состоянии антенна запитывалась от электрогенератора (сила тока 270 А), приводимого 55-сильным 8-цилиндровым двигателем жидкостного охлаждения Мерседес «Нюрбург». Двигатель устанавливался в передней части фюзеляжа, радиатор двигателя находился непосредственно перед подкосами основных опор шасси. Дополнительное оборудование самолета в варианте тральщика весило 1136 кг. На верхней поверхности фюзеляжа для лучшего охлаждения двигателя и генераторы были сделаны дополнительные воздухозаборники по типу имевшихся на пассажирских Ju-52/3m ge. Некоторые самолеты Ju-52/3m MS оснащались воздушными винтами изменяемого шага.

Первый вылет на поиск и морских мин самолет Ju-52/3m MS выполнил у побережья Голландии в сентябре 1940 г. Обычно тральщик на боевом режиме летал на высоте 50 м над водной поверхностью, включенный соленоид создавал сильное магнитное поле, которое провоцировало детонацию мин с магнитными взрывателями. Британская авиация засыпала такими минами прибрежные воды Западной Европы.

Самолеты Ju-52/3m MS использовались с сухопутных аэродромов, расположенных на побережье Атлантики, Северного, Адриатического и Черного морей. По состоянию на ноябрь 1943 г. на вооружении Minensuchgruppen находилось 74 самолета Ju-52/3m MS. Шесть таких машин в апреле 1944 г. перебросили в Венгрию для траления Дуная, заминированного британской авиацией. В начале 1945 г. из-за нехватки топлива полеты большинства Ju-52/3m MS были прекращены.

Гидросамолет Ju-52/3m (See) на буксире у катера. Опознавательный так, крест, на фюзеляже нанесен на фоне желтой полосы Восточного фронта. Перед крестом нанесена белой краской идентификационная литера «J».

Экипаж гидросамолета Ju-52/3m (See) — два пилота, радист и два стрелка. Скорее всего, снимок сделан в честь 500-го боевого вылета самолета неустановленного стаффеля. На снимке хорошо видны V-образные и W-образные подкосы, на которых поплавки крепятся к фюзеляжу самолета. Дверца в правом борту фюзеляжа полностью распахнута. Ниже окон в борту фюзеляжа виден поручень.

Существовало довольно много модификаций самолета Ju-52/3m, предназначенных для выполнения специализированных заданий или под условия различных театров военных действий. Часто такие доработки никак не отражались в обозначении моделей. Ниже приведены краткие сведения о ряде подобных доработок.

На гражданской модификации Ju-52/3m reo, предназначенной для эксплуатации в горах, появился щиток-капот над средним двигателем. Капот предотвращал забрызгивание маслом лобового остекления кабины летчиков. Позже щитки-капоты устанавливались на всех военных модификациях Ju-52/3m, но не всех самолетах.

Усовершенствованной вентиляцией кабины отличались самолеты, предназначенные для действий в Северной Африке, и все санитарные варианты. Североафриканские Ju-52/3m (trop) оснащались цилиндрическими воздухозаборниками на верхней поверхности центральной части фюзеляжей. Примерно такие же воздухозаборники имелись на гражданских Ju-52/3m. На санитарных вариантах стояли более широкие воздухозаборники.

Самолет-тральщик Ju-52/3m MS (TH+UC) из 4-го стаффеля MSGr-1 (Minensuchgruppe, группа искателей мин), сни. чок сделан в Италии. Стаффель осуществлял траление мин в Адриатическом море. Самолет переоборудован из Ju-52/3m g7e, воздухозаборник вентиляции кабины расположен в передней части крыши фюзеляжа.

Самолет-тральщик Ju-52/3m MS (PD+KH) сфотографирован на аэродроме Будаёрс под Будапештом летом 1944 г. Немцы направили в Венгрию шесть самолетов-тральщиков Ju-52/3m MS, которые использовались для траления Дуная, заминированного авиацией союзников. Самолет переоборудован в тральщик из транспортного из Ju-52/3m g7e. Необычными для Ju-52/3m MS являются колеса основных опор шасси с обтекателями.

Самолет-тральщик Ju-52/3m MS в полете, Италия. Кольцо диаметром 14 м с соленоидом внутри крепилось к нижним поверхноетям крыла и фюзеляжа. Поиск и уничтожение морских мин осуществлялись в полете на высоте 50 м над водой. Мощное магнитное, поле, создаваемое включенным соленоидом, провоцировало детонацию донных мин С магнитными взрывателями.