Прибыв на место, обе группы развернули работу — одна в Южной, другая в Северной Литве.

В апреле 1942 года ЦК КП(б) Литвы принял решение отобрать для работы во вражеском тылу 200 человек из состава 16–й Литовской стрелковой дивизии и 200 человек из эвакуировавшихся в восточные районы литовских коммунистов, комсомольцев и беспартийных активистов. Будущие подпольщики и партизаны прошли специальное обучение, после чего мелкими группами забрасывались на территорию Литвы. Каждая группа была хорошо вооружена и снабжена рацией. Только до ноября 1942 года в Литву было переправлено 200 человек — 107 коммунистов, 61 комсомолец и 32 беспартийных активиста [198] .

26 ноября 1942 года был создан Литовский штаб партизанского движения во главе с первым секретарём ЦК КП(б) Литвы А. Снечкусом. Штаб проделал большую работу по подготовке и засылке в Литву кадров подпольщиков и партизан, координации деятельности подпольных организаций и партизанских отрядов.

Благодаря проделанной местными коммунистами и организаторскими группами работе уже к лету 1942 года во всех установленных ЦК КП(б) Литвы десяти районах действовали межуездные комитеты партии. Под их руководством в 17 из 23 уездов Литвы работали подпольные партийные организации [199] , объединявшие более 382 членов партии. Это позволило позднее создать подпольные комитеты партии непосредственно в уездах. Так, в феврале 1943 года ЦК КП(б) Литвы утвердил Тракайский уездный комитет партии в составе М. Афонина (секретарь), Ф. Пушакова, И. Никитина, Т. Мончюнскаса, Й. Молеюса (позже в состав укома был введён И. Чулада). Под руководством укома партии в первой половине 1943 года в ряде волостей были созданы подпольные парторганизации, в которых насчитывалось до 70 членов. К концу 1943 года в уезде было уже 27 подпольных парторганизаций, объединявших 117 коммунистов [200] .

Волкомы партии были созданы в Аукштадварисе, Тракае, Эйшишкесе, Лентварисе, Вевисе, Жасляе, Валкининкае. В волостях Рудишкес и Жежмаряй, где первоначально, не было подпольных партийных организаций, работали выделенные укомом партии парторганизаторы.

С первых дней вражеской оккупации большую работу вела подпольная партийная организация Алитуса. 9 февраля 1943 года ЦК КП(б) Литвы образовал Алитусский подпольный уком партии в составе В. Сакалаускаса, И. Прокапаса и Ю. Григониса. Вскоре под его руководством действовало уже 10 партийных организаций, объединивших 54 коммуниста.

Боевая подпольная партийная организация работала в Шяуляй и Шяуляйском уезде. Секретарем Шяуляйского подпольного укома КП(б) Литвы был Ю. Бащюлис, членами — П. Саткаускас, Й. Валюкас, П. Ивошкус, П. Домкус и Б. Брачас. В течение лета и осени 1943 года уком партии создал 15 подпольных организаций и групп, объединивших 75 человек, в том числе на заводе «Батас» действовало восемь партийных групп, в которых было 40 коммунистов [201] .

Быстро росла партийная организация Паневежиса. Секретарем Паневежисского укома партии был Ю. Паплаускас, членами — А. Виленишкис, П. Пранявичюс и другие. Уком охватывал своей деятельностью Шедувскую, Науяместскую, Крекенавскую, Трошкунскую, Шимонисскую, Купишкскую и Вешинтайскую волости. В его распоряжении имелась типография, печатавшая листовки и воззвания к населению. Укомы партии были созданы также в Мариямпольском, Расейнском и во многих других уездах республики.

Одновременно была проделана большая работа по, укреплению подпольных партийных организаций, улучшению их структуры и методов их деятельности. Литовские коммунисты помнили указание В И. Ленина о том, что «при широком составе организации невозможна строгая конспирация» [202] . Это подтверждал и опыт подпольной деятельности в условиях буржуазной Литвы. Партийные органы и организаторские группы ЦК КП(б) Литвы создавали численно небольшие подпольные организации. Так, например, Каунасский горком и уком партии (в него входили Л. Соломинас, Ф. Кругляков, Б. Билис, П. Рибаковас, В. Урбанавичюс) создали 32 подпольные парторганизации с общим числом 138 коммунистов. В Вильнюсе и Вильнюсском уезде организаторская группа ЦК КП(б) Литвы (В. Сенкевич, А. Кунигенас, В. Запольский, Б. Тиминскас, Г. Мойсеенко и другие) создала в городе 26 небольших подпольных групп, объединявших 87 коммунистов.

В связи с тем что посланные в марте 1942 года на территорию республики две оперативные группы вскоре почти полностью погибли, ЦК КП(б) Литвы в апреле 1943 года направил в тыл врага новую оперативную группу во главе с М. Шумаускасом и Г. Зиманасом [203] . Сложен был её путь. Группа была доставлена самолётами на партизанский аэродром в Белоруссии и отсюда с боями прошла 300 километров к лесам возле озера Нарочь. Здесь она оборудовала базу. Имея радиостанцию, группа поддерживала постоянную двустороннюю связь с ЦК КП(б) Литвы и Литовским штабом партизанского движения. Ее бесперебойно обеспечивали радисты — комсомольцы. А. Мурников и В. Уогинтас.

Оперативная группа развернула активную работу по укреплению подполья и партизанских отрядов. Ее члены М. Шумаускас, Г. Зиманас, Д. Роцюс и другие, как уполномоченные ЦК КП(б) Литвы, непосредственно на местах оперативно решали вопросы деятельности подпольных организаций, координации её с задачами партизанских формирований и нуждами Красной Армии.

Благодаря мерам, предпринимавшимся ЦК КП(б) Литвы, подполье окрепло, деятельность его стала значительно эффективнее. Одновременно из советского тыла продолжали прибывать новые организаторские группы. В отчёте о своей деятельности с сентября 1942 года по август 1943 года ЦК КП(б) Литвы писал: «За прошедший год ЦК КП(б) Литвы провёл ряд мероприятий по подготовке к дальнейшему продвижению в Литву организаторов партийной и партизанско–диверсионной работы в тылу врага и по усилению связей и руководства подпольными большевистскими организациями в Литве… В такие решающие места, как Каунас, Вильнюс, Шяуляй, люди направляются систематически. Отправка людей в основном производится из бывших партийных, советских и комсомольских работников…» [204] Только за семь месяцев 1943 года ЦК КП(б) Литвы послал в тыл врага 20 организаторских групп.

Наряду с созданием в тылу врага партийных органов ЦК КП(б) Литвы и местные партийные организации проводили большую работу по созданию комсомольских органов. В Каунасе и его пригородах уже в 1942 году действовало 17 подпольных комсомольско–молодёжных организаций. Для руководства ими в августе 1942 года был создан Каунасский горком комсомола. В него вошли М. Мартинайтис, П. Штарас (секретари), И. Красаускас, М. Вилкаускас и В. Петраускас. Всего в городской комсомольской организации было 85 членов [205] . В помощь горкому в 1943 году ЦК ЛКСМ Литвы направил в Каунас группу организаторов. На заседании городского и уездного комитетов комсомола была обсуждена деятельность подпольных комсомольских организаций, намечены конкретные мероприятия по дальнейшему развёртыванию комсомольско–молодёжного подполья в городе и уезде. В состав горкома и укома комсомола были введены Герои Советского Союза Ю. Алексонис, Г. Бориса, А. Чепонис. На одном из очередных заседаний горком и уком комсомола приняли решение издавать газету «Комъяунолис» («Комсомолец»). Комсомольцы–подпольщики Каунаса регулярно сообщали командованию Красной Армии о сосредоточении на железнодорожной станции воинских эшелонов врага и т. д.