Вопреки ожиданиям германского командования новое оружие не вызвало революционных изменений в ходе битвы за Атлантику. Лишь после войны выжившие подводники узнали, что их торпеды имели тенденцию к самопроизвольному взрыву в кильватерной струе корабля. Быстро разобравшись в ситуации, союзники вычислили значения скорости хода, при которых прибор самонаведения не захватывал цель. В качестве средства самообороны на вооружение англо-американского флота поступила акустическая ловушка „фоксер“, которую буксировали за эскортным кораблем.

Попытки немцев исправить положение принятием на вооружение новой модификации „Цаункёнига“ T11 с помехозащищенным прибором самонаведения не дали ожидаемых результатов. По послевоенной статистике, использовав до конца войны около 640 торпед T5 и T11, немцы добились всего 58 попаданий (по другим данным — 72; не ясно, включают ли эти данные случаи торпедирования кораблей Советского ВМФ), что составило всего 9 % от общего числа выпущенных — значительно меньше соответствующего показателя у обычных прямоидущих торпед в начале Второй мировой войны».

Основным видом артиллерийского вооружения немецких субмарин, используемым в надводном положении, первоначально являлись 88-мм или 105-мм орудия и 20-мм зенитные пушки. Но постепенно использование палубных орудий на подводных лодках прекратилось — в частности, в связи с размещением на транспортных судах противника орудий, — и поэтому к весне 1943 г. орудия с лодок VII серии были сняты, но при этом на части лодок увеличена мощь зенитного вооружения, поскольку союзная авиация (особенно после вступления в войну США) стала представлять реальную опасность для подводных лодок. Так, в течение трех неполных лет войны, с сентября 1939 г. по декабрь 1941 г., британскими летчиками было уничтожено всего 4 немецкие подлодки.

В 1942 г. ВВС Британии начали патрулировать территорию Бискайского залива, и на немецких субмаринах VII типа начали устанавливать дополнительную платформу (получившую у самих подводников насмешливое название «зимний сад») для размещения скорострельного орудия Flak 30. Одновременно с этим на верхней платформе субмарины происходила замена малоэффективного одноствольного орудия спаренным 20-мм автоматом MG 151/20.

Но и эти усовершенствования зенитного вооружения немецких субмарин оказались малоэффективны против дальних бомбардировщиков союзников, и поэтому уже летом 1943 г. подлодки стали оснащать двумя спаренными Flak 38 на верхней платформе и счетверенной установкой на нижней (в «зимнем саду»). Позже на вооружение была принята автоматическая 37-мм пушка Flak M 42.

Было ли зенитное вооружение немецких субмарин эффективным? Об этом можно судить по количеству сбитых самолетов и собственных потерь. Соотношение не в пользу подлодок: союзная авиация потопила в годы войны 247 немецких подводных лодок (не считая потопленных в своих портах и на базах, а также обнаруженных авиацией и потопленных надводными кораблями союзников), в то время как германские субмарины за тот же срок сбили 118 самолетов союзников (данные без учета пропавших по неизвестным причинам, поврежденных, списанных и т. д.). Авиация в полной мере использовала свое преимущество — скорость, поскольку большинство подлодок рейха погибли, попав под внезапную атаку с воздуха.

Другим оружием, используемым субмаринами, были мины. Помимо специализированных минных заградителей их ставили и обычные подлодки, особенно в начале войны. Во время Второй мировой в Германии было разработано несколько типов мин: TM-A, TM-B, TM-C и SMA. Если в начале войны преимущественно использовали мины с магнитным и индукционным замыкателями, то во время первого этапа битвы в Атлантике появились и акустические мины, а через несколько месяцев началось серийное производство акустико-индукционных мин и мин с магнитно-многоступенчатыми замыкателями. Следующей стадией совершенствования кораблепотопления стали появившиеся в 1943 г. гидродинамические мины, которые срабатывали под днищем корабля из-за изменения давления. Модифицировались и контактные мины — к довоенным разновидностям (гальваноударные, ударномеханические, электрические и электромеханические) добавились ударноэлектрические и мины с плавающей антенной.

В книге Дёница «Немецкие подводные лодки во Второй мировой войне» рассказывается о первом использовании мин немецкими субмаринами: «Из-за небольшого числа подводных лодок и приказов, ограничивших их боевую деятельность, я очень невысоко в начале войны оценивал наши шансы на успех в борьбе с торговым судоходством. Поэтому прилагались усилия к тому, чтобы по возможности наносить урон противнику в его территориальных водах, то есть в пределах прилегавшей к побережью 3-мильной полосы. Боевые действия должны были вестись на подходах к портам и в узлах коммуникаций. Для этой цели имелось два типа донных мин: TM-B с боевым зарядом 400–500 кг, пригодная для постановки на глубинах 25–30 м, и TM-C (с начала 1940 г.) с боевым зарядом 100 кг, пригодная для глубин до 35 м. Взрыватель этих мин срабатывал под действием магнитного поля судна в тот момент, когда оно проходило над миной. Оба типа мин отличались удачной конструкцией.

Международное право допускало постановку мин в территориальных водах без предварительного предупреждения. Кроме того, при ведении боевых действий вблизи побережья противника возрастали возможности для применения торпедного оружия по его боевым кораблям». В основном постановкой мин занимались небольшие подводные лодки, «челноки» типа II, которые сами немецкие подводники часто называли «пронырами» за их способность проникать в самые труднодоступные места. (Более подробно о результатах минирования побережья Британии — в разделе «Первый год войны».)