Боеспособность армии Махно рухнула в один миг. Батька был подавлен, его воля парализована, он не мог принимать никаких решений и пребывал в Гуляйполе, не имея представления о белых и своих войсках. Потом он решил пополнить состав бригады путем принудительной мобилизации. Но Аршинов сумел доказать ему, что это подорвет веру крестьянства в вольный строй, который проповедовали анархисты, и пошатнет авторитет батьки. Взамен он склонил Нестора Ивановича к проведению экстренного съезда Гуляйпольского района, который ранее было намечено провести 15 июня. Это решение дало повод Троцкому для наступления на махновщину. Однако бытовавшее в нашей литературе прежде утверждение, что борьба с махновщиной велась по инициативе Троцкого, не совсем верно.

Начали ее руководящие работники Украины Раковский, член правительства УССР Г. Л. Пятаков и член Совета обороны УССР А. С. Бубнов. Но сделали они этот шаг действительно под давлением Троцкого, который обвинял Раковского в мягкотелости и в том, что фактически руководителем на Украине является наркомвоен Подвойский. Да, Раковский длительное время не принимал никаких мер в отношении Махно. Но это была не слабость характера, а учет ситуации. Лишь 25 мая руководимый им Совет рабоче-крестьянской обороны Украины принял постановление о ликвидации махновщины.

Сначала это была декларация, не имевшая перспективы быстрой реализации.

2 июня Троцкий, вызвав Махно к прямому проводу, отдал приказ закрыть его войсками оголенный участок на деникинском фронте. Ссылаясь на отсутствие боеприпасов и вооружения, батька в присущей ему резкой манере отказался выполнить распоряжение председателя РВСР. Кроме того, махновцы еще в первых числах мая объявили Троцкого «вне закона», чем вызвали у него еще большую ненависть к себе [48] . В тот же день Троцкий опубликовал статью «Долой махновщину!»; в ней он назвал армию Махно худшим видом партизанщины, которая объединена не вокруг какой-то программы или идейного знамени, а вокруг одного лица. Троцкий провел параллель между Махно и Григорьевым, напомнив, что такая же «личная армия» была в свое время у Григорьева, почему тот и повел ее легко против Советской власти. «Поскреби махновца, найдешь григорьевца». Статья заканчивалась призывом: «С этим анархо-кулацким развратом пора кончать — кончать твердо, раз и навсегда, так, чтобы никому больше повадно не было».

4 июня был издан приказ РВСР, запрещавший проведение очередного махновского съезда: «Означенный съезд целиком направлен против Советской власти на Украине и против организации Южного фронта, в состав которого входит бригада Махно. Результатом съезда может стать только новый, безобразный мятеж в духе григорьевского и открытие фронта белогвардейцам, перед которыми Махно неизменно отступает в силу неспособности, преступности и предательства своих командиров». На следующий день вопрос о созыве гуляйпольского съезда рассмотрел ВУЦИК. Заслушав сообщение Пятакова, высший орган Советской государственной власти на Украине принял решение отменить созыв съезда [49] .

Развернулась беспощадная борьба с махновцами и всеми, кто их поддерживал. Военным властям и заградотрядам приказывалось железной рукой наводить революционный порядок и дисциплину, применять к врагам народа только одну кару — расстрел. 6 июня приказом Троцкого был создан Чрезвычайный военное-революционный трибунал под председательством Пятакова, который с 12 июня в Синельниково начал выжигать «язву провокации, григорьевщины и махновщины» [50] . Позднее командование Красной Армии заявило, что Махно «открыл фронт белогвардейцам». Это — одна из укоренившихся в литературе легенд. Махно не сумел закрыть 100-верстный участок прорыва, но свой прежний участок удерживал вплоть до середины июня. В донесениях соседа Махно — 13-й армии — нет даже намека на его измену. Имеются лишь сведения о тяжелом положении махновской бригады и попытках помочь ей. 18 мая начштаба 9-й дивизии в оперсводке констатировал: «Части бригады Махно, 15-й Украинский и 9-й Заднепровский полки — отходят к западу, под давлением противника» [51] . 20 мая начдив-9 отдал приказ о наступлении на белых при тесном взаимодействии с левофланговыми частями бригады Махно.

Достаточно объективную оценку причин поражения отрядов Махно дал Бубнов на заседании ВУЦИК 21 июня 1919 г.: «Генерал Деникин прекрасно организовал свою армию, а еще лучше поставил разведку. Ему было хорошо известно состояние бригады „батьки“ Махно, что фактически и привело к катастрофе. Поэтому, создав в районе действий этой бригады ударный кулак, он нанес удар именно по этой бригаде, деморализовав ее, и вынудил бежать, зашел в тыл нашим частям на этом участке фронта» [52] . 10 июня Махно направил телеграмму Ленину, Троцкому, председателю Петроградской коммуны Г. Е. Зиновьеву, Каменеву, Раковскому и Ворошилову, в которой сообщил о своей преданности революционному делу и объяснил происшедший разрыв с Красной Армией нападками на него со стороны «представителей центральной власти». Махно хотел оправдаться также перед своими повстанцами и крестьянством и поэтому опубликовал текст телеграммы 30 июня в анархистской газете «Набат».

Оставив основные свои силы в частях РККА, расставшись с Аршиновым и другими «набатовцами», батька с немногочисленным отрядом отступил в глубь Украины, где нападал на небольшие гарнизоны Красной Армии. Соединившись в середине июля 1919 г. с разбитым Красной Армией атаманом Григорьевым, батька уступил ему должность командующего, начштаба был назначен брат батьки Григорий, сам же он возглавил Реввоенсовет. Махно в то время находился в с. Песчаный Брод, на родине новой жены Галины, где «сражался» преимущественно с тестем — бывшим жандармом А. Кузьменко, который не хотел признавать гражданского брака своей дочери и Махно.

Попытавшись публично разоблачить Григорьева как агента белогвардейцев, Махно и его ближайшие сподвижники решили убрать атамана. 27 июля в с. Сентово они осуществили это, разослав телеграмму: «Всем. Всем. Всем. Копия — Москва, Кремль. Нами убит известный атаман Григорьев. Подпись: Махно. Начальник оперативной части Чучко» [53] . Одним из первых получил ее Ворошилов, который еще 29 мая объявил, что выдаст 100 тыс. руб. тому, кто живым или мертвым доставит ему Григорьева [54] . Махно награды не потребовал, а лишь присоединил к своему войску григорьевцев. Троцкий опубликовал 4 августа в газете «В путь» статью «Махно и другие», предсказывая быструю политическую смерть и григорьевщине, и махновщине. Но он ошибся.