Из открытого кредита, отпущенного Главному штабу для зачисления на текущий счет, свидетельствует справка от 21 мая 1919 года, на расходы по контрразведке выделено 1272 670 руб. Омскому военному округу выделено 550 ООО руб., Иркутскому — 700 ООО, Приамурскому — 500 000 [57] .

Общее руководство всей контрразведывательной работой осуществлял начальник осведомительного отдела Главного штаба. На начальника КРЧ возлагалась обязанность инспектировать нижестоящие КРО, контролировать расход финансовых средств, руководить разработкой отдельных дел, порученных центральному контрразведывательному отделению. ЦКРО занималось контрразведкой за границей, среди дипломатического корпуса, в центральных государственных учреждениях, а также разрабатывало отдельные дела, наблюдало за деятельностью некоторых представителей высших эшелонов власти. ЦРБ выполняло функции информационно-аналитического подразделения, а также составляло новые коды, способы тайнописи и секретной передачи сведений, вело архив, осуществляло переписку со всеми учреждениями по вопросам контршпионажа и т. д. [58]

Окружной генерал-квартирмейстер, подчиненный по вопросам контрразведывательной службы начальнику осведомительного отдела, осуществлял ближайшее руководство и наблюдение за организацией и ведением контрразведывательной службы в районе округа [59] .

На начальника КРО штаба округа возлагались: организация в районе округа отдельных КРП; борьба со шпионажем, «сообщите центральному бюро регистрационного материала всех добытых сведений по организации шпионажа противника», «заведывание личным составом КРО и подготовка наблюдателей», составление сметы расходов и отчета о деятельности отделения и представление их окружному генерал-квартирмейстеру» [60] .

Начальник контрразведывательного пункта подчинялся начальнику контрразведывательного отделения. На него возлагались «организация в районе пункта сети наблюдателей; выявление шпионских организаций и производство расследования по ним, заведование личным составом пункта, сообщение в ЦРБ регистрационных материалов и всех добытых связей по организации шпионажа противника, доклады начальнику гарнизона об общем положении и осведомление его о необходимых мероприятиях в районе пункта» и т. д. [61]

Почему разработчики документа для контрразведки тыловых военных округов, на территории которых колчаковскому режиму активно противодействовали большевистские и эсеровские организации, вменили ей в обязанность лишь борьбу со шпионажем, не приняв во внимание политический сыск, — остается неизвестным. Можно лишь высказать предположение, что в его основу был положен документ царской России времен Первой мировой войны без должной проработки применительно к реалиям Гражданской войны.

Вышеназванным документом предусматривалась координация деятельности контрразведывательных отделений внутренних округов с соответствующими структурами действующей армии и морского ведомства. Эта обязанность возлагалась на начальника Главного штаба через штаб ВГК и начальника штаба Морского министерства. Но при существовавшем в колчаковской армии соперничестве между фронтовыми и тыловыми органами военного управления такая постановка вопроса высоких начальствующих особ ни к чему не обязывала.

Некоторые руководители КРП, подчиненные начальнику КРО штаба Иркутского военного округа, представляли свои доклады начальнику контрразведки при Ставке ВГК. Между тем сношение с контрразведывательным органом Ставки должно было ограничиться исполнением отдельных требований: арестами, обысками и прочими следственными действиями, а также сообщением информации по запросам штаба ВГК. Сводки агентурных сведений должны были направляться начальнику КРО штаба округа [62] .

Согласно требованиям центрального органа контрразведки начальники КРП должны были представлять руководителю КРО еженедельные сводки агентурных сведений по своему району. Однако это требование выполнялось не всеми начальниками пунктов [63] .

И фронтовые, и тыловые контрразведывательные органы при проведении оперативно-розыскных и следственных действий руководствовались постановлением Совета министров «О правах и обязанностях чинов военной контрразведки по производству расследований» от 3 мая 1919 года. Колчаковское постановление принято почти в той же редакции, что и «Временное положение о правах и обязанностях чинов сухопутной и морской контрразведывательной службы по производству расследований», принятое Временным правительством в 1917 году. Разница лишь в том, что белогвардейцы расширили права начальников КРП [64] .

В документе сказано, что начальники отделений и пунктов, их помощники и классные чины при содействии милиции имели право производить обыск и предварительный арест заподозренных лиц на основании ордера, выданного их начальниками.

При оперативной разработке контрразведчики должны были собрать достоверные и достаточно полные данные, уличавшие подозреваемых в преступных действиях лиц, после чего начальник КРО передавал сведения судебным и милицейским властям для производства ареста.

В течение суток начальник отделения или пункта должен был опросить задержанных и постановить или об освобождении их из-под стражи, или о дальнейшем задержании (до двух недель). Задержание до месяца продлевалось начальником гарнизона или другим соответствующим начальником, до трех месяцев — генерал-квартирмейстером, начальником штаба округа на ТВД [65] .

Оконченное расследование направлялось в военно-окружные или окружные суды, где судьбы обвиняемых решали несколько офицеров. Однако приговоры утверждались высокопоставленными военными, обладавшими правом предания военно-полевому суду. Первоначально этим правом на театре военных действий наделялись начальник штаба Верховного главнокомандующего, командующие армиями, командиры корпусов, главные начальники военных округов. Впоследствии командармы могли предоставлять такие полномочия начальникам крупных гарнизонов и уполномоченным по охране государственного порядка и общественного спокойствия.