Как и всех русских людей, Скопина-Шуйского влек неодолимый поток трагических событий. Гражданская война обращала самые лучшие намерения в кровавую драму. Люди чести — а князь был из их числа — с горечью думали о цене побед, не достигавших главного: мира в разоренной и озверевшей России. Один из немногих — а, по мнению современников, единственный — он сохранил нравственную чистоту. Именно это связало образ князя с надеждой на выход из Смуты.

Михаил Васильевич родился 8 ноября 1586 г. в Москве. Отец его, Василий Федорович, принадлежал к одному из знатнейших родов Московского государства. Княжеский род шёл от великого князя Владимирского Андрея Ярославича, брата Александра Невского. Но сами Шуйские считали, что их предком был сын Александра Андрей, старший брат первого московского князя Даниила. Получалось, что по старшинству они даже выше великих князей Московских!

До середины XIV в. предки Михаила княжили в Суздале и Нижнем Новгороде. Затем они вынуждены были передать свои владения великому князю Московскому. А взамен получили в наследственное владение город Шую. От него пошло название фамилии. В XVI в. дед Михаила получил фамилию Скопин-Шуйский по прозвищу прадеда — князя Ивана Васильевича Скопы.

Дед и отец княжича были славными воеводами. Отец многократно отличился, командуя полками в Ливонской войне. Как наместник и первый воевода Пскова он защитил город от нашествия польского короля Стефана Батория в 1581—1582 гг. Его товарищем-воеводой был выдающийся полководец Иван Петрович Шуйский. Этот представитель старшей ветви рода через два года после рождения Михаила умер бездетным. Отец Михаила стал старшим в роде. Он учил сына быть ответственным за честь фамилии и судьбу своей страны.

В отличие от Ивана Петровича, Василий Фёдорович, вернувшись в 1584 г. из Пскова, счастливо женился. Его супругой, матерью Михаила, стала юная княжна Елена Петровна Татева. В год рождения сына ей исполнилось 18 лет. Род её тоже шёл от легендарного князя Рюрика — через князей Стародубских и Ряполовских.

До пяти лет воспитание сына но традиции лежало на матери. Именно она учила ребёнка читать и петь по Псалтири, водила его в церковь, учила арифметике, истории и географии. С пяти лет учить сына должен был уже отец. Но ещё в 1590 г., когда ребёнку было два года, отец уехал воеводой Государева полка (главной армии) на войну со шведами, а заодно стал наместником Великого Новгорода.

Шведов Василий Фёдорович одолел. Когда сыну исполнилось семь лет, он вернулся в Москву — и вскоре умер. Мальчику было известно, что его древний род не нравится правителю России Борису Годунову. Этот незнатный потомок татар возвысился в учреждённой Иваном Грозным опричнине: чёрном ордене для расправ с неугодными царю. Борис сделал карьеру при дворе как зять главного царского палача Малюты Скуратова. А затем сумел выдать свою сестру Ирину замуж за сына Ивана Грозного, царевича Фёдора Ивановича.

В 1584 г., за два года до рождения Михаила, Иван Грозный умер. По решению Земского собора выборных представителей всего государства Фёдор Иванович вступил на престол. Править этот богомольный, возвышенный духом царь не хотел. По завещанию отца ему должны были помогать несколько знатнейших бояр, чьи предки имели наибольшие заслуги перед Отечеством. Обманом и интригами Годунов сумел отстранить их от власти. Одних он сослал, других убил.

Когда Михаилу было два года, его родич Михаил Петрович Шуйский был заточён в Кирилло-Белозерский монастырь. Говорили, что его насильно заставили принять схиму, а затем отравили в келье угарным газом. Михаилу исполнилось 7 или 9 лет, когда и его отец внезапно постригся в монастырь под именем Иона, а затем умер. Княжич с матерью увёз тело отца в Суздаль. Там славного воеводу погребли в семейном склепе храма Рождества Богородицы.

Никого из родственников не было на похоронах. Глава младшей ветви рода Шуйских Андрей Иванович был в том же году сослан в Каргополь. Там по приказу Годунова он был убит. Брат его Дмитрий Иванович, женатый, как и Годунов, на дочери Малюты Скуратова, был сослан в Шую. Туда же угодил в ссылку Иван Иванович. Четвёртый брат, Василий, проводил ссылку в Галиче.

Младшая ветвь рода Шуйских смирилась с властью Годунова. Самый бессовестный из них, Василий Иванович, сумел даже завоевать доверие временщика. В 1591 г. его с братьями вернули в Москву. Василий Иванович отплатил Годунову тем, что криводушно доложил Освященному собору русских архиереев о причине смерти наследника престола, царевича Дмитрия.

Все россияне знали, что царевич, причисленный позже к лику святых, был по приказу Годунова злодейски убит. Василий Шуйский, проведя в Угличе расследование, постарался доказать, будто царевич вонзил в себя клинок сам. Для этого ему пришлось нарушить все существующие на Руси нормы ведения следствия. Этого оказалось мало. Василий с подручными перетасовал, а частью просто переписал следственное дело. В его докладе Освященному собору виновными были представлены не посланные Годуновым убийцы, а… родственники царевича но матери, бояре Нагие. Вместе с матерью царевича, вдовой Ивана Грозного Марией Фёдоровной, они были сосланы и насильно пострижены в разные монастыри{51}.