Своеобразные итоги отработки совместных действий с армией были подведены после сентябрьских маневров 1904 г. под руководством главного командира Черноморского флота вице-адмирала Г.П. Чухнина (1904–1906 гг.). В состав десантной экспедиции входили броненосный (шесть эскадренных броненосцев), крейсерский (два крейсера, мореходная лодка, транспорт, четыре миноносца), минный (два минных крейсера, одиннадцать миноносцев), транспортный (шесть транспортов) флоты и 3172 человека десанта при восьми орудиях из состава Одесского военного округа. Высадка производилась в районе Ялты и показала достаточно высокий уровень организации, достигнутый благодаря прежним маневрам и обеспечивший согласованные действия как армии и флота, так и флотских соединений между собой. На берегу высадкой распоряжался комендант побережья, определявший места высадки людей и вооружения. Перевозочные десантные средства — десантные боты и паровые катера — подчинялись командиру морского батальона. Вместе с тем, в отчёте была отмечена необходимость реорганизации всего «десантного транспортного дела» — устарелость и плохая конструкция ботов и катеров Военного ведомства при хорошей погоде затянули высадку более чем на 12 часов. При противодействии противника это могло привести к «полной неудаче десанта».

Отчёт содержал важный вывод: «В основание десантного дела необходимо положить принцип непрерывной и быстрой высадки». Для его реализации предлагалось построить специальные десантные понтоны, соединяющие транспорты с береговыми причалами, и моторные катера.

Командование Черноморским флотом вице-адмирала Н.И. Скрыдлова (1903–1904) было отмечено эскадренной стрельбой по береговым укреплениям на Тендровской косе. 2 сентября 1903 г. броненосцы «Три Святителя», «Ростислав», «Двенадцать Апостолов» и «Екатерина II» с дистанций от 20 до 9 кб выпустили по макету трёхорудийной батареи 130 чугунных снарядов, из которых попали около 40 %, поразивших брустверы и «болванов» — обозначение прислуги. При этом 8 снарядов разорвались сразу после вылета из стволов «без вреда для орудий» и три были найдены не взорвавшимися. 105 К этому тревожному факту в Морском министерстве отнеслись формально: решение о замене чугунных снарядов стальными было уже принято, оставалось только осуществить его на практике. Между тем, чугунные снаряды в большом количестве сохранялись в боекомплекте всех броненосцев и крейсеров. Вообще, из опыта ежегодных учебных стрельб Черноморского флота, по Тен-дровским укреплениям были сделаны неверные — слишком оптимистичные выводы об эффективности разрыва снарядов отечественной морской артиллерии. Сами стрельбы, как и стрельбы Учебно-артиллерийского отряда на Балтике, по условиям проведения были далеки от обстановки эскадренного сражения.

В 1898 г., с уходом броненосцев на Дальний Восток, эскадра Средиземного моря была преобразована в Отряд судов, которым командовал один из младших флагманов Балтийского флота. В эскадре состояли эскадренный броненосец «Император Александр II», а позднее — «Император Николай I», по одной балтийской и черноморской мореходной канонерской лодке и минный крейсер. Отряд пользовался гостеприимством дружественной Греции — портом в Пирее и стоянкой в бухте Суда на Крите. В районе Крита обычно проводились и учебные стрельбы.

Отряд судов в Средиземном море, поддерживая там политическое влияние России, приобретал серьёзное военное значение в случае конфликта с Турцией, флот которой находился в упадке. В то же время мощный английский Средиземноморский флот, опираясь на Александрию, Мальту и Гибралтар, при неблагоприятной обстановке мог быстро заблокировать или уничтожить сравнительно малочисленные российские корабли. В 1898–1903 гг. Средиземноморский отряд сохранял роль резерва для быстрого усиления эскадры Тихого океана, а само море служило своеобразной «перевалочной базой» для кораблей, идущих с Балтики на Дальний Восток. Зимой 1899/1900 гг. здесь побывал броненосец «Петропавловск», зимой 1900/1901 гг. — «Севастополь» и «Полтава», в 1901/1902 гг. — «Пересвет», а в 1902/1903 гг. — отряд контр-адмирала Э. А. Штакельберга, включавший «Ретвизан» и «Победу».

По пути в Тихий океан многие корабли выполняли важные политические миссии, связанные с заходами в порты иностранных государств. Так, крейсера «Варяг» и «Аскольд» посетили княжества Персидского залива, а броненосный крейсер «Громобой» под командованием капитана 1-го ранга К.П. Иессена в апреле 1901 г. нанёс визит в австралийский порт Мельбурн. За весь поход от Либавы до Владивостока, продолжавшийся с 28 ноября 1900 г. по 17 июля 1902-го, «Громобой» прошёл 19207 миль, израсходовав 14268 т угля и 11271 т воды. Корабль показал «прекрасные» мореходные качества, а на испытаниях полного хода 1 ноября 1901 г. у Владивостока развил более 18 уз. 106 Такие плавания служили хорошей школой морской выучки для офицеров и матросов и положительно сказались в 1904–1905 гг., позволив выполнить беспримерный переход 2-й Тихоокеанской эскадры с Балтики на Дальний Восток.

Эскадра Тихого океана в декабре 1897 г. выполнила задачу занятия Порт-Артура. Для её решения начальником эскадры вице-адмиралом Ф.В. Дубасовым были назначены крейсера 1-го ранга «Адмирал Нахимов», «Адмирал Корнилов» и мореходная канонерская лодка «Отважный» под командованием младшего флагмана контр-адмирала Н.А. Реунова. Почти одновременно крейсер 1-го ранга «Дмитрий Донской» и лодки «Сивуч» и «Гремящий» прибыли в расположенный поблизости от Порт-Артура небольшой порт Талиенван. Английский Восточный флот наблюдал за действиями русских с помощью крейсеров, но не препятствовал им, а в мае 1898 г. занял для Великобритании другую китайскую базу — Вэйхайвей. 26 января 1898 г., согласно предписанию из Санкт-Петербурга в Порт-Артур прибыл начальник эскадры с крейсерами 1-го ранга «Память Азова» и «Рюрик». С этого времени зимой Порт-Артур стал местом постоянного базирования главных сил эскадры, которые перестали пользоваться для этого японскими портами. 16 марта 1898 г. на сигнальной мачте Золотой горы был поднят Андреевский флаг. 107

18 марта эскадра в Порт-Артуре была усилена прибывшими из Средиземного моря эскадренными броненосцами «Наварин» и «Сисой Великий». Но она ещё долго сохраняла черты «крейсерской» эскадры, и начальник эскадры держал флаг на вместительном новом крейсере «Россия». Боевая подготовка в основном сводилась к прохождению отдельными кораблями курса учебных стрельб, а также к их походам в повышенной боевой готовности в различные порты и пункты на побережьях Китая и Кореи. Офицерский состав по приказанию Ф.В. Дубасова разрабатывал варианты тактического маневрирования и стрельбы на случай эскадренного боя с японским или английским флотами. В летние месяцы эскадра собиралась во Владивостоке, где корабли могли пользоваться доком для ремонта. Единственная эскадренная боевая стрельба была проведена в январе 1899 г. по специально сооружённому береговому укреплению в Талиенване. При стрельбе выявилась низкая эффективность воздействия на земляные укрепления новых фугасных снарядов.

В сентябре 1898 г. сухопутные войска и крепостная артиллерия Порт-Артура были переданы в подчинение армейского генерала — «начальника Квантунского полуострова и командующего войсками, расположенными на оном», который получил права военного губернатора и не подчинялся начальнику эскадры Тихого океана. Тем самым в отдельно расположенном российском владении — на Квантуне не оказалось лица, объединяющего руководство армией и флотом. В декабре 1899 г. этот недостаток был устранён с прибытием главного начальника сухопутных войск Квантунской области и командующего морскими силами Тихого океана вице-адмирала Е.И. Алексеева. Однако в 1903 г., с созданием на Дальнем Востоке особого наместничества, на Квантунском полуострове вновь стало два самостоятельных начальника — сухопутный генерал и адмирал — начальник эскадры Тихого океана. Отсутствие единого руководства силами армии и флота в этом важнейшем районе пагубно сказалось во время русско-японской войны.