Если записка С.О. Макарова имела характер частного мнения, то работа А.Н. Щеглова использовалась в работе ГМШ и впоследствии послужила отправной точкой для создания Морского генерального штаба. Несмотря на это, даже её теоретические положения не были восприняты большинством адмиралов, отвечавших за военное планирование. В среде флагманов и старших командиров преобладали извращенные стратегические понятия с явно оборонительными тенденциями. Суть их сводилась к защите флотом определённых ключевых позиций (по аналогии с Севастополем, Кронштадтом и Свеаборгом в Крымской войне). Взаимодействие с армией понималось примитивно — как помощь ей орудиями и личным составом. При этом игнорировался главный объект воздействия флота — флот противника, который предполагалось отражать у своих берегов.

Во время войны с Японией стратегические просчеты имели тяжелые последствия и побудили капитана 2-го ранга Н.Л. Кладо в ноябре 1904 г. выступить в открытой печати («Новое время») с серией очерков под общим названием «После ухода Второй эскадры Тихого океана». Целью публикации было обратить внимание общественности на необходимость максимального усиления 2-й Тихоокеанской эскадры подкреплениями с Балтики, а, возможно, и из Чёрного моря. Для обоснования такого усиления Кладо сделал стратегический обзор на море, показав пренебрежение высшего флотского руководства принципом сосредоточения сил на главном направлении. Он показал, что флот в войне играл главную роль, но не смог обеспечить владения морем, потому что вместо активных действий против японского флота с целью разгромить или ослабить его в генеральном сражении использовался для обороны Порт-Артура. «Наше непонимание значения флота часто вело к противоестественной роли флота — отдавать все свои силы на защиту приморской крепости», — писал Н. Л. Кладо. 89

Работа Кладо быстро достигла практической цели, что нечасто бывает с теоретическими трудами. Вслед 2-й Тихоокеанской эскадре был послан отдельный отряд контр-адмирала Н.И. Небогатова. Однако, время для исправления положения было упущено. Автору критические выступления в печати стоили исключения из службы, а через 12 дней после соответствующего приказа произошла Цусимская катастрофа, которая осветила подлинную картину стратегического и тактического руководства флотом.

В развитии специальных отраслей военно-морской науки рубеж XIX–XX вв. был отмечен целым рядом важных достижений. В 1897–1903 гг. Гидрографической экспедицией Байкальского озера под руководством полковника Ф.К. Дриженко была выполнена съёмка берегов и впервые составлены достаточно точные карты. Гидрографическую экспедицию Северного Ледовитого океана в 1898–1901 гг. возглавлял полковник А.И. Вилькицкий, под руководством которого были исследованы берега Баренцева и Карского морей, Печорский залив, пролив Маточкин Шар. Участниками экспедиций — морскими офицерами был написан ряд оригинальных научных трудов по гидрографии, географии и краеведению. На основе многолетнего опыта плаваний и исследований Главное гидрографическое управление в 1903 г. издало подробное «Руководство для плавания из Кронштадта во Владивосток и обратно».

Особое значение для развития науки имели первые в истории полярные исследования с помощью ледокола, проведенные под руководством вице-адмирала С.О. Макарова во время плаваний «Ермака» в Северном Ледовитом океане в 1899 и 1901 гг. Эти экспедиции стали возможны не без поддержки министра финансов С.Ю. Витте и таких известных ученых как Ф.Ф. Врангель и Д.Н. Менделеев. Первым командиром ледокола был капитан 2-го ранга М.П. Васильев, старшим офицером — лейтенант К.Ф. Шульц. «Ермак» преодолевал сплошные льды толщиной свыше 4 м, но оказался слаб против торосистых нагромождений, особенно плотных в холодное лето 1901 г. Однако, С.О. Макаров остался убеждён в возможности достигнуть на ледоколе Северного полюса, что, как известно, и удалось атомному ледоколу «Арктика» в 1975 г.

Оправдались и многие идеи С.О. Макарова, высказанные им в докладе «О влиянии ледоколов на морские операции» (1899), в частности — о возможности быстрого межтеатрового маневра по Северному морскому пути. Адмиралом был сделан целый ряд научных сообщений по вопросам полярных исследований с помощью ледоколов. Эпизоды ледового плавания «Ермака» в 1899 г. фиксировались на кинопленку, а его научные результаты были опубликованы С.О. Макаровым в фундаментальном труде «Ермак» во льдах» (1901). Следует, однако, отметить, что в многолетней эпопее, связанной с ледоколом, С.О. Макаров далеко не всегда встречал поддержку генерал-адмирала и Императорского русского географического общества. В области артиллерийской техники примечательны работа подполковника В.А. Алексеева «Скорость стрельбы» (1903) и доклад генерал-майора А.Ф. Бринка о перспективах развития орудий (1902). В докладе А.Ф. Бринк обосновал предложение об увеличении длины стволов до 50 калибров и начальных скоростей до 915 м/сек.

В минном деле существенное значение приобрела разработка руководств по использованию радиостанций. Одним из первых таких документов были «Правила для производства телеграфирования беспроволочным телеграфом на судах эскадры Тихого океана», введённые приказом вице-адмирала Н.И. Скрыдлова в августе 1902 г.

В области судовых механических установок заслуживают внимания работы инженер-механика Д. А. Голова, который опубликовал в «Морском сборнике» и в ежегодниках «Военные флоты» ряд статей, посвященных развитию котлов, корабельных паровых машин и турбин.

В теории и практике кораблестроения сохраняла остроту проблема обеспечения непотопляемости. Не один раз возвращался к ней вице-адмирал С.О. Макаров, выступая в печати и устно с научными докладами, и подкрепляя выводы опытами с моделями в Опытовом бассейне. Наиболее существенным конструктивным недостатком кораблей он справедливо считал то обстоятельство, что при подводных пробоинах потеря остойчивости наступала гораздо ранее исчерпания запаса плавучести. Отношение МТК к предложениям С.О. Макарова строилась на защите ведомственных интересов и опиралось на авторитет Н.Е. Кутейникова. Главный инспектор кораблестроения упорно не соглашался на коренное изменение подходов к проектированию тем более, что за границей продолжали следовать традиционным принципам, а сам С.О. Макаров одновременно настаивал на бесполезности вертикальной брони.

Борьба адмирала против брони и больших броненосцев столь явно противоречила общим тенденциям развития кораблестроения, что невольно подрывала доверие к его идеям и предложениям в других областях. Однако в начале XX в. не без влияния С.О. Макарова непотопляемостью занялся заведующий Опытовом бассейном капитан А.Н. Крылов. В 1899 г. Крылов был удостоен золотой медали Английского общества корабельных инженеров и получил мировое признание за научные труды в области теории качки корабля. В 1901–1902 гг. он добился блестящих результатов в исследовании вибрации судов. Талантливый математик, А.Н. Крылов не только поддержал С.О. Макарова, публично выступив с логически стройной формулировкой принципов обеспечения живучести, но и внёс свой вклад в теорию. Так, он впервые предложил бороться с опасным креном корабля контрзатоплением отсеков и в октябре 1902 г. представил в МТК соответствующие расчёты и таблицы.