Весной 1551 г. в устье реки Свияги русские за четыре недели построили город Свияжск. Обитатели правого берега Волги («горной стороны») — чуваши, мордва, черемисы — присягнули на верность московскому царю и отказались иметь какое либо дело с казанскими ханами. Постепенно в Свияжск к Шах-Али стали перебегать казанские мурзы. В начале августа 1551 г. в Казани произошел антикрымский переворот. Большая часть крымских татар бежала из города, часть была убита, а часть — выдана русским. Среди последних был малолетний хан Утемиш Гирей (по русским летописям — Утямыш). Новые власти обратились с просьбой, чтобы Иван IV дал им хана Шах-Али. Царь согласился.

14 августа 1551 г. у стен Казани состояла курултай (народное собрание), на котором Шах-Али был признан ханом. С трудом прошли на курултае два предложения московских бояр — о передаче «горной стороны» России и выдаче всех русских пленников, находившихся на тот момент в Казанском ханства. Под страхом смертной казни казанцам запрещалось удерживать русских рабов.

16 августа Шах-Али торжественно въехал в Казань. Вместе с ним в город был введен русский гарнизон из 300 касимовских татар и 200 русских стрельцов. На следующий день в Казани было освобождено 2700 русских рабов. Уже через несколько дней в Свияжске пришлось выдавать хлеб 60 тысячам отпущенным русским рабам.

Понятно, что не всем хотелось отпускать рабов. Были и другие причины недовольства правлением Шах-Али. Возникли заговоры, реакцией Шах-Али стали массовые казни. Вскоре выяснилось, что хан не в состоянии управлять страной. Промосковски настроенные мурзы отправили в Москву послов с жалобами на Шах-Али и просили убрать его, заменив московским наместником. В Москве знали о шатком положении Шах-Али и очень боялись реставрации Гиреев. Поэтому Иван IV согласился на устранение Шах-Али, и в Казань был послан наместник князь С. И. Микулинский с войском. При этом предусматривалось не простое включение Казанского ханства в состав русских земель, а, говоря современным языком, конфедерация двух стран. В Казани оставалась мусульманская администрация и независимая финансовая система. Ограничением прав местной администрации была выдача поместий феодалам, но и это решал не наместник, а сам царь.

Шах-Али безропотно согласился оставить престол» но передавать власть московскому наместнику счел ниже своего достоинства и 6 марта 1552 г. выехал с гаремом в Свияжск.

9 марта в Казани произошел переворот, когда князь Микулинский был почти у ворот города. Сил для взятия города у князя Микул и некого было мало, да он и не имел соответствующих инструкций от царя, поэтому ему пришлось возвратиться в Свияжск. Проект конфедерации рухнул. Присоединить Казанское ханство к России мирным путем не удалось.

Казанцы пригласили на ханство астраханского царевича Ядыгара (Едигера), потомка Тимура Кутлу. В Казани был устроен погром, в ходе которого перебили русских стрельцов и купцов.

5 августа 1552 г. 150-тысячная русская армия вступила в пределы Казанского ханства. 23 августа Казань была окружена. 150 осадных орудий начали обстрел города.

2 октября 1552 г. Казань была взята приступом, а хан Ядыгар пленен. Уже тогда у царя Ивана стали появляться признаки патологической жестокости, идущей во вред государственным интересам. Он приказал перебить в Казани всех мужчин. При этом было убито много женщин и детей. Для въезда Ивана в город смогли «едину улицу очистити к царскому двору от Муралеевых ворот мертвых поснести, и едва очистили», а расстояние от ворот до дворца было около 200 метров.

12 октября Иван IV двинулся в Москву, править Казанским ханством был оставлен князь А. Б. Горбатый-Шуйский. Любопытно, что Иван IV, столь свирепо расправившийся с защитниками Казани, довольно либерально обошелся с их ханами. Юный хан Утемиш Гирей 8 января 1553 г. был крещен в Чудовом монастыре и получил имя Александр. Иван Грозный повелел ему жить в царском дворце. Однако Александр умер 11 июня 1566 г. в возрасте 20 лет. Причем умер своей смертью и не в опале, ибо был похоронен в месте погребения государей московских — в Архангельском соборе Кремля. Хан Ядыгар 26 февраля 1553 г. тоже принял крещение и получил имя Симеон. Иван Грозный дал ему богатый двор в Москве, в документах он числился «царем Симеоном». Умер он своей смертью 26 августа 1565 г. и был погребен в Благовещенской церкви Чудова монастыря. Из казанских ханов Шах-Али оказался единственным, кто сохранил свою веру. Он длительное время был ханом касимовским и умер там 20 апреля 1567 г.

Вопреки сложившемуся мнению, война не была закончена со взятием Казани, а продолжалась до конца 1556 г.

Формально война с казанцами не является русско-турецкой войной, но без хотя бы некоторого представления о ней мы не сможем « понять истоки многовековой русско-турецкой конфронтации. В конце XV — начале XVI в. Турция бросила военный и идеологический вызов Руси, приняв в подданство Крымское и Казанское ханства. С военной точки зрения Русь в начале 20-х годов XVI в. была поставлена на грань гибели, и борьба с Гиреями стала вопросом жизни и смерти. Взятие Казани было не следствием завоевательской политики Ивана Грозного, а жизненной необходимость русского государства.

Идеологическая же агрессия Турции состояла в том, что султан объявил себя повелителем всех мусульман. Таким образом, ему должны были подчиняться не только правоверные в Крыму, Казани и Астрахани, но даже в Касимове, под боком у Москвы. Бороться с идеологической агрессией только с помощью пушек было довольно бесперспективно, поэтому русские начали ответное идеологическое наступление под лозунгом «Москва — третий Рим».

В окончательном варианте этот тезис прозвучал в послании монаха псковского Елизарова монастыря Филофея в 1514 г. к великому князю Василию III. Следуя тезису о богоустановленном единстве всего христианского мира, Филофей доказывал, что первым мировым центром был Рим старый, за ним Рим новый — Константинополь, а в последнее время на их месте стал третий Рим — Москва. «Два Рима падоша, а третий стоит, а четвертого не бывать», — писал Филофей. Заметим, что Филофей знал, к кому обращаться. Мать Василия III София Палеолог была племянницей последнего византийского императора.