15 августа Петр I покинул Азов и отправился в Москву. В городе был оставлен сильный гарнизон, состоявший из 5597 солдат и 2709 стрельцов. Воеводой Петр назначил стольника князя П. Львова, с ним было два дьяка — В. Русинов и И. Сумороцкий.

Для отвлечения турецких сил от Азова войска боярина Шереметева и гетмана Мазепы должны были атаковать турок в районе Днепро-Бугского лимана. Гетман Мазепа отправил 15 тысяч малороссийских казаков на помощь Петру 1 под Азов, а сам с остальными казаками 6 июля соединился с войсками Шереметева на реке Коломане. Там боярин и гетман простояли до конца лета, а потом отправились на зимние квартиры.

Запорожские же казаки придерживались иной тактики. В июне 1696 г. 500 казаков с атаманом Чалым вышли на чайках в Черное море. Там казаки напали на турецкий караван и захватили 8 судов с хлебом для Очакова и 9 судов с разным товаром.

Несколько конных отрядов запорожцев действовало вблизи Перекопа. В связи с этим хан Эльхадж Селим не выполнил указание султана идти всей ордой к Азову. Туда были отправлены 10 тысяч всадников, а сам хан с основными силами расположился между Перекопом и Чонгаром, загородив дорогу в Крым.

30 июня 1740 запорожцев под предводительством кошевого атамана Якова Мороза на чайках вышли в Черное море. В море отряд разделился: 340 казаков с Чалым двинулись к Козлову, а остальные с Морозом отправились на охоту за турецкими судами. Атаман Чалый разорил окрестности Козлова и взял в плен для выкупа 62 состоятельных татар. На обратном пути в Очакове чайки казаков были окружены турецкими галерами. Казакам пришлось высадиться на берег, но там они были окружены татарами. Казаки несколько дней держались в окружении, но затем были вынуждены сдаться. Атаман Чалый был казнен, а остальные казаки обменены на пленных турок и татар.

Яков Мороз несколько дней на 40 чайках крейсировал в море, пока не заметил турецкий караван. В ходе боя было захвачено три судна, на одном из которых были обнаружены письма султана к крымскому хану. При возвращении назад отряд Мороза у Очакова также был перехвачен турецкими галерами. Казаки пристали к берегу затопили чайки и прорвались в Сечь пешком, приведя с собой 27 пленных турок.

30 сентября 1696 г. состоялся торжественный въезд победителей под Азовом. Войска, растянувшиеся на много километров, прошли через Москву Впереди ехал адмирал Лефорт и генералиссимус Шеин, а за ними пешком с протазаном — капитан Петр Алексеев.

Пышность встречи не соответствовала масштабам победы. Кстати, и Петр не питал излишних иллюзий на этот счет. По поводу взятия Азова он заявил приближенным: «Теперь мы, слава Богу, один угол Черного моря уже имеем, а со временем, может быть, и все его иметь будем». На замечание, что сделать это будет трудно, Петр возразил: «Не вдруг, а помаленьку».

20 октября на заседании в Боярской думе было рассмотрено два вопроса: о заселении Азова русскими и о строительстве флота.

Бояре приговорили отправить в Азов 3 тысячи стрельцов с семьями из низовых (поволжских) городов и поселить там 400 калмыков.

По второму вопросу ограничились общим, но принципиальным решением: «Морским судам быть».

Конкретною решения были приняты на заседании Боярской думы 4 ноября 1696 г. Бояре приговорили патриарху и монастырям строить флот из расчета с 8 тысяч крестьянских дворов корабль, а боярам и дворянам из расчета с 10 тысяч дворов корабль. Купцы должны были совместно построить 12 кораблей.

Для строительства кораблей землевладельцы духовные составили 17 отдельных кумпанств (компаний), а светские —18. Для составления этих кумпанств помещики и вотчинники, имевшие 100 дворов и более, должны были приехать в Москву в Поместный приказ к 25 декабря 1696 г. под страхом конфискации царем их поместий и вотчин. Мелкопоместные же землевладельцы должны были внести по полтине со двора.

Первоначально планировалось построить кумпанствами 52 корабля, но затем это число увеличили до 71. Купцы тоже должны были построить на 6 кораблей больше, то есть 18. Несколько судов решили построить на государственные деньги.

В марте 1697 г. Петр уехал за границу, но строительство флота в Воронеже продолжалось. Вернувшись из-за рубежа в октябре 1698 г., Петр приехал в Воронеж и лично занялся строительством флота. Петр Алексеев стал официально занимать должность «адмиралтейской верфи баса» (мастера) и получил по ней денежное содержание от казны 366 рублей в год.

В ноябре 1698 г. в торжественной обстановке на Воронежской адмиралтейской верфи Петр заложил свой первый «государев» корабль — 58-пушечный «Гото Предестинация» («Божие предвидение»). Корабль имел длину 40 м и ширину 9,8 м.