После этого он уже не сомневался в выборе пути и пошел в патриархию, заявив, что хочет служить и принять священство. Священноначалие направило его иеродиаконом в большое село Амельфино Волоколамского района Московской области в помощь старому протоиерею. Тот был вначале недоволен его появлением и говорил, что ему диакона не нужно, так как в храме мало дохода. Впоследствии он полюбил отца Феодора, как родного сына. Своей кротостью, скромностью и полной нестяжательностью отец Феодор сумел победить недоброжелательное отношение к себе. Священник жил вдвоем с супругой, детей у них не было, он страдал страстью винопития, и дело доходило до запоев. Когда он приходил в храм в неподобном состоянии, отец Феодор кротко уговаривал его прилечь на лавке в алтаре. Затем выходил к народу и говорил: «Братья и сестры, помолитесь, наш батюшка очень заболел, служить не сможет, расходитесь с миром по домам до следующего воскресенья». И так бывало не раз. Затем священник был сослан, а храм закрыт. Отец Феодор почти до самого своего ареста материально поддерживал супругу священника.

12 мая 1937 года отошел ко Господу духовник и наставник отца Феодора архимандрит Никита, служивший в храме села Ивановского неподалеку от Волоколамска. Смерть духовника стала большой потерей для отца Феодора, и он говорил: «Я готов еще раз пережить заключение, лишь бы был жив батюшка».

Прихожане храма в селе Ивановском предложили отцу Феодору занять место почившего священника, на что он дал свое согласие. После этого отец Феодор и председатель церковного совета отправились в Москву к архиепископу Сергию (Воскресенскому) с ходатайством о рукоположении иеродиакона Феодора в сан священника ко храму мученика Иоанна Воина в селе Ивановском.

Архиепископ Сергий ходатайство удовлетворил, рукоположив иеродиакона Феодора в сан иеромонаха. Рукоположение состоялось в храме апостолов Петра и Павла на Преображенской площади в Москве. Первую свою службу иеромонах Феодор совершил на сороковой день после кончины архимандрита Никиты.

С великой ревностью и самоотверженностью исполнял отец Феодор свои пастырские обязанности. Когда нужно было причастить больного, он отправлялся из дома в любую погоду — в дождь, в сильный мороз и в распутицу, идя по топкой от грязи дороге. Денег за требы он не брал, а когда видел нищету, то сам по мере возможности старался помочь. Своим усердием и милосердием он стяжал любовь всех своих прихожан.

В это время власти закрывали храмы, требуя уплаты непосильных налогов. Если священник не мог заплатить, то власти лишали его регистрации, — значит, и возможности служить, — а храм закрывали. Так произошло и с иеромонахом Феодором. Он не смог уплатить налог, и храм в селе Ивановском был закрыт. Тогда староста Троицкого храма в селе Язвище, Мария Васильевна, продала корову и лошадь и уплатила налог за священника. Он снова стал служить, но уже в селе Язвище, где незадолго до этого был арестован настоятель храма — протоиерей Владимир Медведюк.

Иеромонах Феодор прослужил здесь около года, так же ревностно исполняя свои пастырские обязанности. В декабре 1940 года власти потребовали от него собрать и уплатить заведомо завышенную сумму налога. Средств у священника не было, и дело передали в суд, куда он был вскоре вызван и где его встретили представители властей.

—Вот что, — сказал один из них, — будем говорить прямо. Мы тебе зла не желаем, ты еще молодой, может быть, опомнишься. Дадим тебе такой хороший приход, что всегда будешь сыт. Налог с тебя будет снят вовсе. За это с тебя потребуется очень немного: подпиши вот эту бумажку, что когда будешь служить на этом приходе, то будешь держать нас в курсе дел и записывать наблюдения о своих прихожанах. Внимательно смотри, что там делается, и передавай нам.

Выслушав предложение, отец Феодор встал во весь свой высокий рост и резко ответил:

— Я не воспитан доносчиком!

В ответ на это один из них вырвал из его рук паспорт, разорвал и с ненавистью закричал:

—Ах, ты отказываешься! Ну так нигде больше и никогда не будешь служить! Вон из Московской области!

Все эти угрозы сопровождались непристойной бранью. Затем отцу Феодору был выдан паспорт с пометкой, запрещающей ему проживание в Московской области как человеку, отбывавшему срок в исправительно–трудовых лагерях.

Иеромонах Феодор уехал в село Завидово Тверской области, где снял маленькую комнату. Но большей частью он бывал в Москве у своих духовных детей или за городом у сестры Ольги в поселке Востряково, где ей принадлежала половина дома, состоявшая из трех комнат.

22 июня 1941 года началась Великая Отечественная война. Въезд и выезд из Москвы сразу стал затруднен, везде проверялись документы, участились аресты. С большим трудом отец Феодор добрался до дома сестры в Вострякове и сказал ей:

—Я узнал, что игумена Митрофана арестовали, значит, и меня должны скоро взять. Ты знаешь, как я тебя люблю, как ты мне близка по духу и дорога! Я понимаю, какой опасности я тебя подвергаю, но все-таки, несмотря на это, прошу тебя, позволь мне пожить у тебя некоторое время, чтобы подготовиться к смерти. Я знаю, что меня скоро возьмут, и знаю, что второй раз я уже не смогу пережить то, что пережил. Можно я поживу здесь так, чтобы об этом никто не знал, даже соседи?

—Зачем ты меня спрашиваешь об этом, когда знаешь, что мой дом всегда был твоим домом? — ответила сестра.