Большинство крупных пушек, особенно те, которые обладали наибольшей досягаемостью, были размещены на галеасах. Поскольку эффективность боевых галер заключалась в их мобильности, их не нагружали тяжелой артиллерией. Венеция предоставила для флота галеасы и более половины боевых галер: сто двенадцать из общей численности в двести десять.

Однако что касается солдат, то от Испании их было в три раза больше, чем от республики. В основном это были рекруты из испанских вассальных государств: из Южной Италии и Генуи. Иными словами, король Испании обеспечил три четверти всех солдат.

Двадцать восемь тысяч солдат были разделены по галерам не поровну. В соответствии с предложением дона Хуана часть испанских войск переместили на недостаточно укомплектованные венецианские корабли. Но при этом Мальта, Генуя и Савойя требовали, чтобы на судах, где находились адмиралы, плыли лишь их собственные солдаты. В итоге это привело к различию в числе солдат на каждой из галер. Так, например, на венецианских кораблях было менее чем по сто человек. Зато для испанских галер эта цифра составляла сто пятьдесят, а то и свыше ста восьмидесяти.

Многие венецианские суда вынуждены были принять дополнительно испанских солдат, но относительно кораблей первостепенной важности венецианцы упорно настаивали на полностью своем личном составе. Поэтому ни на одном из шести галеасов не оказалось ни одного пришлого солдата.

Венецианцы придерживались той же политики в отношении корабля, на борту которого находились главный морской капитан Веньеро и главный проведиторе Барбариго, а также галер проведиторе Квирини и проведиторе Канале.

Даже когда окончательно определились с датой отправления, военное командование еще несколько дней совещалось. Сначала решили применить трехчастный боевой порядок с левым и правым крыльями, а также расположением основной флотилии по центру. Для подстраховки, на случай особенно трудных очагов сражения, была создана резервная эскадра. Она смогла бы восстановить потери союзников.

Возник вопрос о месторасположении главного флагманского корабля дона Хуана, который являлся предводителем всего объединенного флота. Решили, что он станет в самом центре формации. Тут же, слева от флагмана, должен был стоять корабль адмирала Веньеро, а слева — судно Колонны. Поначалу испанская сторона настаивала на том, чтобы в целях обеспечения безопасности принца его флагман с обеих сторон сопровождали корабли Испании с грандом Реквезеном и прочими королевскими посланниками на борту. Конечно же, это позволило бы им не выпускать из поля зрения брата Филиппа II.

Веньеро снова запротестовал. Он утверждал, что фланговые корабли, экипированные неопытным составом, никак не обезопасили бы главнокомандующего, напротив, подвергли бы его опасности. Вместо этого он предложил, чтобы испанские корабли следовали сразу же за судном дона Хуана. Все согласились, ибо и на этих позициях испанцы-наблюдатели находились бы вблизи флагманского корабля.

В состав основных сил вошли шестьдесят две боевые галеры, включая главный флагман. Флагманские корабли испанской, венецианской и папской эскадр сосредоточились в центре, а остальные суда напоминали собой теснящуюся массу, где флагманы менее влиятельных участников боролись за лучшие позиции. В основные силы входили также мальтийские рыцари Святого Иоанна, суда Генуэзской республики и герцогства Савойского.

Чтобы легче различать три части построения, на кораблях главной силы подняли небесно-голубые флаги, на галерах левого крыла — желтые, на правом крыле — зеленые. Резервные силы были отмечены белыми флагами.

Под командованием Агостино Барбариго находились пятьдесят пять боевых галер левого крыла (с желтыми флагами). Но сам флагман Барбариго не располагался в центре, скорее, он был на дальнем конце крыла, иными словами, занимал крайнюю левую позицию во всей формации. Справа от Барбариго плыл корабль адмирала Канале, а Квирини замыкал дальний правый край левого крыла.

В каждой из трех частей плыли корабли от различных стран. Отправляясь на войну во имя Христа, они назвали себя союзным флотом Священной Лиги. Борцы за веру должны были на время забыть, к каким орденам или странам они принадлежали, дабы доказать свою готовность сражаться как один. Венецианская республика при этом обладала подавляющим большинством кораблей. Центр и правое крыло были разношерстными в плане принадлежности судов, но левое крыло являлось полностью венецианским. Из пятидесяти семи кораблей сорок три представляли здесь республику.

Дориа руководил пятьюдесятью семью боевыми галерами эскадры правого крыла. В том числе здесь располагались двадцать пять венецианских кораблей. В сражении, несмотря на крайнее нежелание венецианцев, им предстояло идти под командованием наемного капитана. Корабль Дориа занимал дальнюю правую позицию, другими словами — ему доверили передовую линию обороны правого крыла.

Тридцатигалерным резервом руководил влиятельный неаполитанский порученец короля Испании маркиз де Санта-Крус. В запасе находилось шестнадцать испанских и двенадцать венецианских галер.