Кронштадт еще Петром признавался как не отвечающий всем требованиям как основная база флота. Ранняя замерзаемость и постоянное засорение фарватера песком, наносимым Невой, вынудили Петра искать другую гавань. Он остановил свой выбор на Ревеле и в 1711 г. распорядился начать постройку мола, который должен был защищать Ревельский рейд от северных ветров. Но в 1716 г. сильнейший шторм уничтожил начатые работы по устройству мола, а заодно разбил два корабля. Подобные бури случались здесь каждую весну и осень, и Петр отказался от Ревеля. Объехав почти все южное побережье Балтики, он остановился на Рогервике (Балтийский порт). В дальнейшем главными базами Балтийского флота были Гельсингфорс, Таллин, Балтийск.

Но, пожалуй, самыми опасными для Кронштадта и стоявших в его гаванях кораблей были ежегодные наводнения. Примерно раз в год, а иногда и чаще, мощные циклоны, возникающие в северной Атлантике, стягивают огромные массы воды и образуют на Балтике так называемую нагонную волну. Она, двигаясь по мелководью Финского залива в направлении устья Невы, пробегает его за 7–9 часов достигая порой 5-метровой высоты. Она встречается с двигающимся во встречном направлении естественным течением Невы. Она заливает город, приносит материальный ущерб крепости и флоту.

3 октября 1741 г. во время шторма и наводнения в Кронштадтской гавани волнами разбило флейт «Петергоф».

Во время наводнения начавшегося в ночь на 10 сентября 1777 г., в Кронштадте повредило укрепления гавани, а часть их вовсе разрушило, с крепостных укреплений смыло 47 пушек. Мелкие портовые суда разнесло по гаваням, были испорчены и уничтожены большие запасы провизии, леса и пр.

Пинк «Сатурн», который грузился возле мокрого дока, сорвало со швартовов и выбросило на мель у караульного дома военной гавани. Фрегат «Евстафий», пинк «Евстафий» галеры «Чесма» и «Лемнос» также были выброшены на берег. От многих военных судов оторвало шлюпки. Стоявшие на рейде два купеческих галиота сорвало с якорей и разбило в щепки о стенку Фридрихштадтской батареи.

Самым разрушительным для Кронштадта стало наводнение 7 ноября 1824 г. Сильный зюйд-вест, начавшийся в ночь на 7 ноября 1824 г., к утру превратился в бурю. Началось страшное наводнение. О разрушениях в Кронштадте во время наводнения 7 ноября дает понятие рапорт главного командира управляющему министерством, написанный на другой день 8 ноября: «С прискорбием доношу В. П. о горестных последствиях во время бывшей 7 числа сего ноября от SW бури, каковой по летописям Кронштадта никогда не бывало. Вода возвысилась выше ординарной на 11 1/2 футов, а ветром и волнением истреблены все деревянные гаванные крепости и снесены с пушками и якорями, на них бывшими. Остались только полуразрушенные два деревянных бастиона и в таком же виде половина бастиона. Каменные гаванные крепостные строения уцелели, хотя и в них местами каменные же брустверы сброшены и некоторые пушки опрокинуты. Корабли, фрегаты и прочие суда в гаванях брошены на мель и многие из них нет надежды спасти…»

Последствия его на маленьком низменном Котлине были ужасны, таких наводнений не знала еще история города и Кронштадтской крепости. Вода, поднявшаяся на 3 м 71 см выше ординара, затопила практически весь остров, кроме небольшой нагорной части. Разбушевавшаяся стихия не только размывала грунт, но и разрушала конструкции морских укреплений, сносила различные строения и срывала крыши. В результате было совершенно разрушено 34 частных дома, 196 стали негодными для жилья и впоследствии разобраны, и только 156, как менее пострадавшие, могли быть исправлены.

Крепостные сооружения, гораздо более прочные, чем «партикулярные» постройки, тоже не устояли. Были смыты брустверы бастионов. Совершено размыло многие батареи. Земляной вал на большом пространстве сравнялся с землей. Сильно пострадали форты Кроншлот, Цитадель и Рисбанк. «Сила ветра и волнения была так ужасна, – говорится в записке неизвестного свидетеля бедствия, – что на крепостях опрокидывало и бросало в воду орудия с лафетами, имевшие по 170 пуд весу…» Пороховые погреба, находившиеся на косе острова Котлин, были уничтожены. На Северном фарватере разрушены и унесены в море две батареи, построенные на сваях. Очень сильно пострадали четыре двухъярусние батареи. В тот период еще не было службы оповещения о наводнениях. А потому стихия обрушилась на город и крепость внезапно. В результате многие солдаты, стоявшие на часах, не были своевременно сняты с постов и некоторые из них утонули, погибли также 96 жителей города.

Колоссальные повреждения были нанесены защитным стенкам гаваней и батареям на них. Практически уже к вечеру 7 ноября 1824 г. Кронштадтская крепость перестала существовать. Так за один день стихия уничтожила почти все укрепления, создававшиеся 120 лет. Уцелевшие военные постройки нуждались в срочном восстановлении.

Буря нанесла тяжелый удар и по флоту. В день наводнения в кронштадтских гаванях находились 28 кораблей, 19 фрегатов, 6 бригов и до 40 транспортов и разного рода мелких судов, как то шлюпов, гемамов и др.

В военной гавани стояли: линейные корабли «Ростислав», «Петр», «Берлин», «Принц Густав», «Кацбах», «Храбрый», «Твердый», «Борей», «Арсис», «Гамбург», «Юпитер», «Трех Святителей», «Северная звезда», «Святослав», «Трех Иерархов», «Не тронь меня», фрегаты «Автроил», «Свеаборг», «Патрикий», «Гектор», «Диана», «Легкий», «Вестовой», «Проворный», «Меркуриус», «Александр Невский», «Кастор», «Винд– Хунд», «Амфитрида», «Аргус», «Архипелаг», «Помощный», корвет «Гремящий», бриги «Олимп», «Кадьяк», «Ида», «Аякс», шлюп «Камчатка», шхуна «Радуга», Геммам № 11, транспорт «Каледония», люгер «Цербер», катер «Янус», яхта «Селигер» и 8 галетов.