В отличие от многих правых деятелей, Столыпин четко различал революционеров-разрушителей и либеральную оппозицию. Если первых он считал необходимым подавлять любыми средствами, то со второй хотел договариваться. При этом главной бедой либеральной оппозиции, мешавшей ей конструктивно взаимодействовать с властью во благо страны, Петр Аркадьевич считал то, что она не могла (да и не хотела) провести для себя непреступаемую грань с людьми, желавшими не реформирования общественного строя, а полного разрушения государства. Не менее негативным фактором, по мнению Столыпина, было и то, что оппозиционеры не понимали огромной важности исторической преемственности власти, в связи с чем видели свою цель не в реформах, а в уничтожении складывавшегося веками.

Переговоры с либеральной оппозицией возобновились практически сразу же после назначения Столыпина премьером, и показательно, что лидеры либеральной оппозиции, несмотря на их возмущение произошедшим роспуском парламента, без малейших колебаний пошли на новые негласные контакты. Премьер вновь поднял вопрос об их вхождении в правительство, но в ответ получил заведомо неприемлемые условия: предоставление общественным деятелям половины мест в кабинете (в том числе пост министра внутренних дел) и немедленная приостановка смертных казней (и это в разгар революционного террора!).

О том, как проходили переговоры, свидетельствует Извольский, который, как и ранее, играл роль главного помощника премьера в контактах с либеральной оппозицией: «В согласии с планом, изложенным ранее в докладной записке императору, он имел в виду образование коалиционного кабинета., в котором были бы представлены главные партии, исключая те группы, которые были явно революционно настроены…

Попытка создания коалиционного кабинета не имела успеха. После двухнедельных переговоров и вопреки усилиям Столыпина различные лица, к которым он обращался с предложением вступить в министерство, один за другим отклоняли это предложение…

Отказывая в своем сотрудничестве Столыпину, умеренные либералы вроде князя Львова, графа Гейдена и других делали серьезную ошибку и показывали, насколько несовершенны еще политические партии в России, подчиняющиеся влиянию преходящих страстей. Действительной причиной их отказа было то, что роспуск Думы вызвал во всех либеральных кругах, даже в самых умеренных, чувство раздражения, и, следовательно, все приглашаемые лица боялись потерять свой престиж и свое влияние в стране в случае, если бы они вошли теперь же в правительство».

Столыпин, конечно же, прекрасно понимал перечисленные Извольским мотивы отказа лидеров либеральной оппозиции от сотрудничества с властью (не говоря уж о вхождении в коалиционное правительство), но это не заставило его оставить надежды на достижение соглашения, что он и попытается сделать вновь после избрания II Думы.

Однако наряду с попыткой достичь взаимопонимания с либеральной оппозицией, несомненно, еще более важно было окончательно подавить революцию и установить в стране порядок (хотя бы прекратить ежедневное кровопролитие). Между тем, несмотря на то, что роспуск Государственной думы прошел практически безболезненно, это отнюдь не означало, что революционные выступления прекратились. Столыпин возглавил правительство в критическое для страны время, и ему пришлось проявить еще большую смелость и настойчивость при принятии решений, чем на всех предыдущих должностях.

18 июля начался вооруженный мятеж в Свеаборгской крепости под лозунгом созыва Учредительного собрания, 20 июля вспыхнуло восстание в Ревеле на крейсере «Память Азова» (который сразу решил «нанести визит» и в столицу) и совсем рядом с Петербургом – в Кронштадте. Положение стало по-настоящему угрожающим…

Уже упоминавшийся С. Н. Сыромятников вспоминал, что в эти дни, явившись к премьеру утром, застал его в халате. «Вы нездоровы?» – спросил он. «Нет, – отвечал Столыпин, – мне сообщили ночью, что какой-то крейсер идет бомбардировать Петербург. Я звонил по телефону целую ночь, пока удалось найти батарею и поставить ее при входе в Неву, чтобы расстрелять его. По счастью, крейсер ушел в море. Но я не спал всю ночь».

Но еще более важным для Столыпина, чем подавить вооруженные восстания, было справиться с размахом революционного террора, против которого были бессильны артиллерийские батареи и верные присяге лейб-гвардейские полки. Революционный террор был, в первую очередь, направлен против государственных служащих с целью их деморализации. Это должно было сделать империю беззащитной перед нашествием революционных «бесов», как будто сошедших со страниц провидческого романа Достоевского. С октября 1905 по октябрь 1906 года было убито и ранено 3611 государственных служащих, по состоянию на конец 1907 года (то есть ко времени, когда Столыпин сумел подавить массовый террор) их число превысило 4500 человек. Только в Варшаве (не слишком выделявшейся размахом террора на общем фоне) за 1906 год было убито террористами 83 полицейских и военных и 96 получили ранения.

Жертвами покушений становились государственные служащие всех рангов – от простых городовых до высших гражданских и военных чинов империи. Маньяки террора убивали даже дворников за малейшую помощь полиции или только подозрение в этом. Разумеется, руководивший подавлением революции Столыпин стал главным объектом охоты со стороны террористов, с полным основанием считавших его единственной сильной фигурой в государственном руководстве. Они были убеждены, что смерть Столыпина будет означать победу революции.