Хотя Россия в 1907 году еще формально оставалась самодержавной монархией, управлять империей, тем более реализовывать программу масштабных реформ, без Государственной думы стало уже невозможным. Конечно, можно было действовать в чрезвычайно-указном порядке, но Столыпин понимал всю крайнюю нежелательность подобных действий, пусть у него иногда и не было иного выхода. Но чтобы руководить страной подобным образом постоянно, необходимо было идти на полную отмену молодого российского парламентаризма, что председатель Совета министров считал как невозможным, так и противоречащим государственным интересам. При всем негативном отношении к деструктивной антигосударственной деятельности I Думы Столыпин считал, что развитой парламентаризм должен стать важной составной частью обновленного общественного строя, базирующегося на законности, соблюдении прав личности и уважении права собственности.

Инициируя роспуск I Думы, Столыпин хотел получить парламент, который выполнял бы роль партнера исполнительной власти в успокоении страны и проведении системных реформ. Понятно, что премьер делал со своей стороны все возможное, чтобы ее состав был бы максимально лояльным к власти. С этой целью Столыпиным были инициированы специальные разъяснения Сената, исключившие из числа избирателей наименее имущие группы городского населения и крестьян (учитывая, что ими наиболее легко манипулировали экстремисты), что должно было сделать будущий состав парламента значительно менее оппозиционным. Однако нет оснований утверждать, что Столыпин каким-либо образом пытался фальсифицировать выборы – его действия ни в коей мере не нарушали действовавшего законодательства. Было вполне естественным, что власть после революционного кровопролития попыталась поставить преграду проникновению в Думу людей, связанных с терроризмом или, как минимум, относившимся к нему с явным или скрытым одобрением.

Крайне неблагоприятные для Столыпина итоги выборов во II Думу подтвердили то, что власть (к тому времени уже достаточно окрепшая и имевшая немало возможностей влияния) серьезно в избирательный процесс не вмешивалась. Состав парламента оказался еще более антиправительственным, чем предшествующий. Успокоение в стране пока еще было, в значительной степени, внешним, и в сознании немалого количества избирателей остался революционный дурман, а значит, и доверие к направленной против правительства Столыпина разрушительной демагогии революционеров. Левые радикалы составили около 43 % членов новоизбранного парламента, что давало им широчайшие возможности для антиправительственной деятельности. Поддерживавшие (пусть и не во всем и с рядом оговорок) Столыпина правые и октябристы хоть и увеличили свое представительство (что свидетельствовало о растущей поддержке курса премьера), но, тем не менее, полученные ими 10 % не давали возможности создать проправительственное большинство. Также особо следует отметить, что сильно снизилось представительство в Думе кадетов (упустивших шанс на создание коалиционного правительства), потерявших целых 80 мест.

Было достаточно очевидно, что у премьера практически не было ни малейших шансов на установление взаимодействия с парламентом. Тем не менее, Столыпин сделал все возможное, чтобы заручиться поддержкой Государственной думы в проведении политики реформ. Единственной надеждой председателя Совета министров было то, что разногласия между различными оппозиционными фракциями позволят ему лавировать и добиваться принятия нужных решений.

6 марта Столыпин впервые выступает во II Думе, причем с программной речью, в которой была детально разъяснена вся правительственная политика реформ. Эта речь стала важнейшим из всех выступлений председателя Совета министров за весь период его государственной деятельности, и в силу ее особой значимости остановимся на ней подробнее.

Первая часть речи премьера была посвящена законодательной работе и из сказанного было совершенно очевидно, что Столыпин все же рассчитывал на сотрудничество с Государственной думой, а не взял изначально курс на ее роспуск. Не менее значимо, что глава кабинета прямо заявил о необходимости построения правового государства путем принятия новых законов, что не могло быть реализовано без взаимодействия с парламентом.

Председатель Совета министров подчеркнул необходимость пересмотра всего законодательства империи: «Ранее всего правительство почло своим долгом выработать законодательные нормы для тех основ права, возвещенных Манифестом 17 октября, которые еще законом не установлены.

Тогда как свобода слова, собраний, печати, союзов определены временными правилами, свобода совести, неприкосновенность личности, жилищ, тайна корреспонденции остались не нормированы нашим законодательством. Вследствие сего, в целях выполнения задачи проведения в жизнь начал веротерпимости, правительство вменило себе прежде всего в обязанность подвергнуть пересмотру все действующее отечественное законодательство и выяснить те изменения, которым оно должно подлежать в целях согласования с указами 17 апреля и 17 октября 1905 года…

Переходя к неприкосновенности личности, Государственная дума найдет в проекте министерства обычное для всех правовых государств обеспечение ее, причем личное задержание, обыск, вскрытие корреспонденции обусловливаются постановлением соответственной инстанции, на которую возлагается и проверка в течение суток оснований законности ареста, последовавшего по распоряжению полиции.

Отклонение от этих начал признано допустимым лишь при введении, во время войны или народных волнений, исключительного положения, которое предполагается одно вместо трех, ныне существующих, причем административную высылку в определенные места предположено совершенно упразднить».

Столыпин также сделал акцент на необходимости коренного расширения прав местного самоуправления, что не только являлось составной частью проводимой аграрной реформы, но и в целом стало важнейшим шагом к демократизации всей жизни в империи.

Трудно переоценить значение предлагаемых Столыпиным нововведений. Предложенная им в качестве первичной земской единицы бессословная волость не только становилась основой для создания новой системы самоуправления, в которой большинство полномочий переходило к органам местного самоуправления (но при этом не было угрозы анархии, учитывая, что оставался государственный надзор за законностью действий местного самоуправления). Это также означало окончательный отход от системы классовых привилегий в направлении создания общества гражданского равноправия.