В 1904 году будущий адмирал поступил в морское училище в Киле. Он был образцовым, прилежным курсантом и, кроме всего прочего, к концу учебы говорил по-английски и по-французски и немного понимал по-русски. Крейсер «Бремен», на который определили молодого Вильгельма в качестве кандидата на замещение офицерского чина, был направлен к берегам Латинской Америки. Молодой лейтенант самостоятельно выучил испанский язык и неизменно привлекался командиром крейсера для участия в переговорах с южноамериканцами. Наверное, лейтенант Канарис был неплохим переводчиком, потому что президент Венесуэлы наградил его орденом Боливара V класса, а командир крейсера записал в аттестации: «Хорошая военная подготовка, умение ладить с людьми, дополнены скромностью, послушанием и вежливостью».

К тому моменту, когда началась Первая мировая война, лейтенант Канарис был переведен на другой крейсер – «Дрезден», который заменил «Бремен» в Латинской Америке. На беду немцев, англичане имели большое преимущество в военных кораблях на том участке Мирового океана, хотя, собственно, а где они его не имели? Чтобы иметь достоверную информацию о силах и передвижении вражеской эскадры, Канарис вел работу с агентурной сетью в Аргентине и Бразилии, которую сам же предусмотрительно начал создавать еще с 1908 года. Глупые, болтливые, хвастливые и доверчивые «латинос» таскали «умеющему ладить с людьми» Канарису весьма ценные сведения, благодаря которым немецкое командование располагало исчерпывающей информацией о противнике.

Благодаря информации, полученной по каналам агентурной сети, созданной Канарисом, командующий немецкой эскадрой вице-адмирал граф Шпее 1 ноября 1914 года истребил английскую эскадру у Коронеля. Канарис был награжден Железным крестом второго класса. В 1915 году «Дрезден» был потоплен англичанами, а сам Канарис интернирован чилийскими властями вместе с остальными членами экипажа. Вскоре ему удалось бежать и вернуться в Германию.

На родине Канариса произвели в чин капитан-лейтенанта и привлекли к работе по созданию разведки на Средиземном море. В скором времени им была создана агентурная сеть во всех портах Испании. Канарис был награжден Железным крестом первого класса и отправлен для переобучения для дальнейшего прохождения службы на подводных лодках.

В скором времени в Германии громыхнула революция. Канарис участвовал в подготовке убийства Карла Либкнехта и Розы Люксембург, а затем возглавлял следствие по этому делу.

После создания Веймарской республики Канарис переходит на службу в адмиралтейство и подключается к работам по созданию нового флота. В 1920 году вместе с рядом высших офицеров он был заподозрен в государственной измене, арестован, но вскоре выпущен на свободу. Канариса отправили в Киль с задачей помочь в создании Балтийского флота.

В 1920—1921 годах германский флот получил линкоры, броненосцы и миноносцы, разрешенные условиями Версальского договора. Под руководством Канариса экипажи этих кораблей укомплектовывались лучшими моряками. Он разработал простое и гениальное предложение о подготовке скрытого кадрового резерва, был одним из тех офицеров, которые в соседних с Германией странах организовывали подставные фирмы, деятельность которых была направлена на укрепление военного потенциала своей страны.

С этого периода начинается тесное сотрудничество Канариса со спецслужбами. Тогда же он знакомится с полковником Франко – будущим диктатором Испании.

В 1924 году уже в чине капитана третьего ранга – корветтен-капитана – он отправляется в Японию. У японских промышленников и корабелов начались взаимные трения с немецкими инженерами, под руководством которых Япония строила подводные лодки для Германии. Канарису удалось устранить все разногласия и работы продолжились.

Этот военно-дипломатический успех оценили. По возвращении Канариса назначили начальником сектора подготовительно-мобилизационных работ при главном командовании ВМС. Начав с использования для боевой подготовки старых судов, немцы со временем стали строить свои крейсера и миноносцы. В 1928 году, при непосредственном участии Канариса, на испанской верфи закладывается подводная лодка по немецкому проекту. Канариса производят в капитаны второго ранга – фрегаттен-капитаны.

Но в это же время вокруг имени Канариса начинает назревать скандал. Журналисты пронюхали о его связях со спецслужбами. В печать начинает просачиваться материал о незаконном, в обход Версальских соглашений, строительстве военных кораблей. Кроме того, началось новое расследование по делу об убийстве Либкнехта и Люксембург. С подачи общественности, взбудораженной журналистами, следствие стал интересовать вопрос: каким образом Канарис помог бежать одному из убийц? Новый командующий ВМС Редер запрещает давать Канарису секретные или политические поручения. Его отправляют в длительную командировку. Чтобы подсластить горькую пилюлю, в 1931 году ему присваивают чин капитана первого ранга – капитана-цур-зее, – намекая тем самым, что пора уходить в отставку.

Карьеру Канариса спасли национал-социалисты. Среди военных Гитлер пользовался большой популярностью и поддержкой из-за своего безудержного стремления к наращиванию военной силы. Канарис стал горячо – но искренне ли? – проповедовать идеи национал-социализма и даже своих подчиненных моряков начал воспитывать в нацистском духе.

Вскоре после прихода Гитлера к власти его рекомендовали на должность начальника военной контрразведки – абвер-2. Умный, амбициозный, деятельный и предприимчивый Канарис поставил своей целью превратить абвер в важнейшую разведывательную службу Рейха.