И не только в самой обители проявились благие плоды его трудов. В монастырских волостях он входил во все нужды крестьян, вплоть до того, что из монастыря отпускали дрова для варки соли в деревнях. Игумен сам указывал, когда и какие работы проводить, и какими семенами засевать поля. Наиболее вредные пороки — пьянство, а также, как и сейчас, распространившиеся азартные игры — были им запрещены под угрозой изгнания нарушителей из монастырских волостей.

Но более всего игумен Филипп конечно уделял внимание духовной жизни братии. «Переходя от подвига к подвигу, возвышаясь от добродетели к добродетели, он действовал на сердца примером гораздо более, чем словами, — силой любви несравненно более, чем силой власти».

Четверо подвижников, подвизавшихся в обители под игуменским началом будущего святителя–священномученика Филиппа, прославлены Церковью в лике святых. Это — преподобные Вассиан и Иона Пертоминские и святые миряне Иоанн и Лонгин Яренгские.

Близилось время, когда игумен Филипп должен был навсегда покинуть Соловецкую обитель и взойти к высокому служению митрополита всея Руси.

Помимо прочих важных обстоятельств, внимание царя Иоанна Грозного к Соловецкой обители было связано, с тем, что он лично с детства был знаком с игуменом Филиппом и благоволил ему. Царь неоднократно призывал подвижника в Москву. В 1566 году святой Филипп был вызван особой грамотой «духовного ради совета». Свой путь в столицу соловецкий настоятель направил через Новгород. Граждане древнего города просили его быть их заступником перед царем, зная о случающихся страшных проявлениях гнева Грозного. Игумену шел уже 60–й год.

А дело оказывалось в том, что в 1566 году Русская первосвятительская митрополичья кафедра стала свободной, и для поставления на нее нового достойного митрополита выбор многих русских епископов и царя пал на соловецкого игумена. Царь объявил прибывшему игумену Филиппу, что по его державной воле и соборному избранию тому должно стать митрополитом. Игумен просил со слезами просил Грозного царя не налагать на него столь тяжкого бремени: «Нет, милосердый Государь, не разлучай меня с моею пустынею; не налагай на меня бремени выше сил. Отпусти, Господа рада, отпусти; не вручай малой ладье бремени великого» (12, с. 171).

Но царь Иоанн был непреклонен и поручил архиереям и боярам уговорить Филиппа. Тогда, пламенно помолившись Богу, Пречистой Владычице и святым Божиим угодникам, соловецкий игумен согласился принять этот высокий сан лишь с условием, что будет уничтожена или хотя бы ослаблена «опричнина», от которой исстрадалась тогда Русская земля.

Святитель Филипп был посвящен в митрополита Московского и Всея Руси 25 июля 1566 года. Сам царь казался растроганным миролюбивой речью новопоставленного митрополита.

Благодаря святому Филиппу были помилованы многие из тех, кто выступал против опричнины. При дворе же митрополита встретили враждебно. Не найдя поддержки в Земской Думе и в членах Священного Собора, он один мужественно противостоял грозному царю в его политике кровавого террора, порой отказывая ему в первосвятительском благословении. Сам Иоанн Грозный не выказывал еще гнева, но в особой грамоте повелел «архиепископам и епископам сказать Филиппу, чтобы он отложил свое требование, не вступался бы в дела двора и опричнины» (1, с. 56). Но на святого подвижника не действовали ни угрозы, ни попытки опорочить его имя. Свое первосвятительское дело защищать невинных он считал богоугодным и правым и поэтому, отстаивая правду, готов был пострадать даже до смерти.

В те же годы, приняв на себя бразды всероссийского духовного управления, святитель Филипп «как бы не отлучался духом от своей возлюбленной пустыни» (1, с. 56). Он постоянно помнил о соловецкой братии и с радостью принимал приезжавших из монастыря. На дворе митрополии он выстроил храм в честь Соловецких Чудотворцев. Им были отданы распоряжения об окончании различных работ, которые не были завершены в его бытность на Соловках.

И не напрасно душа святого Филиппа порой тосковала по мирной Соловецкой обители: над главой митрополита собиралась грозная туча.

В январе 1568 года царь вернулся в Московский Кремль после кратковременного пребывания в Александровской слободе, в этом своем укрепленном загородном дворце среди опричников. Дело было связано с переводом туда Опричного Двора и переездом туда царской семьи. Тогда же, в январе, Иоанн IV собрал Думный Собор, на котором он объявил боярам и духовенству «свою царскую мысль, чтобы ему свое Царство разделити и свой царский двор учинити в Александровской слободе. И на се бы его благословили» (12, с. 171). Целью царских действий было также продолжение расследования «государственного заговора» в Земщине и желание покончить со всеми, кто, как представлялось царю, сочувствовал этому «заговору». Подозреваемых либо казнили, либо грабили до последней нитки. По мысли царя, напуганные расправами знать и духовенство должны были бы «на всяко дело без рассуждения благословляти [царя] и волю его творити и не разгневати» (12, с. 172).

Действительно, не только бояре, но и епископы, договорившиеся перед Собором крепко стоять против опрично–земского двоевластия на Руси, убоялись «царева страха» и доброго «своего начинания отпадоша» (12, с. 172). Святитель Филипп не устрашился и без помощников вступить в подвиг. Он, единственный из участников Собора, кто последовательно отрицал существование «заговора». Сначала наедине, потом в собраниях он стал обличать царя. «Государь царь! — мужественно говорил святитель — различай лукавого от правдивого; принимай добрых советников, а не ласкателей. Грешно не возбранять согрешающим, но зачем разделять единство державы! Ты поставлен от Бога судить людей Божиих в правду, а не представлять из себя мучителя. Обличи тех, кто неправо говорит пред тобою…» (1, с. 58 — 59). Святитель боролся против возведения опричных властей на вершину государственного управления, потому что способ проведения этой «реформы» опирался на ложные обвинения (мнимый заговор).