Александр приступил к преобразованию всех частей государственного управления. Одним из важнейших нововведений была замена коллегиального управления отдельных ведомств – единоличным, в лице министров. В 1802 году управление всем государством разделено было между 8 министерствами, в числе которых для управления флотом и морским ведомством учреждено «Министерство военных морских сил», переименованное в 1815 году в «Морское министерство».

В министерствах: Иностранных дел, Военных сухопутных и Военных морских сил, хотя и теперь были оставлены коллегии, но они лишились уже прежней самостоятельности действий и были подчинены министрам. При первоначальном учреждении министерств не было установлено строгого порядка ни во взаимном отношении частей каждого министерства, ни во взаимных отношениях министерств и других учреждений, что сделано только в 1810 и в 1811 годах.

С учреждением министерства Военных морских сил при нем был учрежден «Комитет образования флота», председателем которого назначен граф Александр Романович Воронцов.

Тогдашнее состояние флота было представлено Александру I в таком безотрадном виде, что в «Наказе» Комитету встречаются следующие слова: «Мы повелеваем оному комитету непосредственно относиться к нам о всех мерах, каковые токмо нужным почтено будет принять к извлечению флота из настоящего мнимого его существования и к приведению оного в подлинное бытие».

«По многим причинам, – писал в своем докладе Воронцов, – физическим и локальным, России быть нельзя в числе первенствующих морских держав, да в том ни надобности, ни пользы не предвидится. Прямое могущество и сила наша должна быть в сухопутных войсках; оба же сии ополчения в большом количестве иметь было несообразно ни числу жителей, ни доходам государственным. Довольно, если морские силы наши устроены будут на двух только предметах: сбережении берегов и гаваней наших на Черном море, имев там силы соразмерные турецким, и достаточный флот на Балтийском море, чтоб на оном господствовать. Посылка наших эскадр в Средиземное море и другие дальние экспедиции стоили государству много, делали несколько блеску и пользы никакой».

О тогдашнем состоянии флота председатель Комитета отзывался таким образом: «О худом состоянии флота и кораблей и дурном их снаряжении не надобно другого доказательства, как то, что в нынешнее лето (1801 года) флот принуждены были держать в гаванях; не только в море, но и на рейд его не вывели, когда англичане в водах наших разъезжали. Лучше соразмерное число кораблей иметь, но чтобы они всем нужным снабжены были и запасы лесов для строения кораблей в магазинах имелись, дабы из сырого леса не строить, как то доныне чинится, чему и причиной, что не более шесть или семь лет корабли служить могут, а в Швеции из такого же леса строенные, но не из сырого, лет по 20 держатся».

Мнение, что дальние самостоятельные экспедиции не нужны как «дорого стоящие и не приносящие пользы», показывает величайшую косность и недальновидность титулованных управителей флота.

По этому мнению, определяющему характер деятельности Комитета, флоту назначалась второстепенная роль, ограниченная одной обороной государства и не допускающая дальних самостоятельных экспедиций, как дорого стоящих и не приносящих пользы.

После собрания сведений о состоянии наличных судов оказалось в Кронштадте и Ревеле негодных к службе 28 судов, в числе их было 13 кораблей и 7 фрегатов. Причинами такого странного явления полагали: небрежность ежегодного свидетельства или умышленное скрытие от начальства действительного состояния судов. На будущее время, для избежания подобного непорядка, постановлено: суда, пришедшие в негодность к плаванию, немедленно разламывать, чтобы они не занимали напрасно мест в гаванях и не требовали расходов на их охранение.

По штату, составленному комитетом и утвержденному 14 ноября 1803 года, в Балтийском корабельном флоте положено, кроме мелких судов, иметь 27 кораблей (100-, 74- и 64–пушечных, по разному числу с орудиями по порядку деков, 36-, 24- и 18–фунтового калибра) и 26 фрегатов (8–44–пушечных, 8–36–пушечных и 10–24–пушечных). В гребном флоте 189 судов с 705 орудиями. Таким образом, по количеству выбрасываемого металла сила нашего Балтийского флота делалась равной совокупной силе флотов датского и шведского. В Черноморском корабельном флоте положено иметь 21 корабль (три 100–пушечных и по девяти 74- и 64–пушечных) и 8 фрегатов, кроме мелких судов. В гребном морском 140 судов. Кораблестроительная деятельность происходила так успешно, что с 1802 по 1805 г. включительно в обоих флотах построено 10 кораблей и 3 фрегата, и недоставало против положенных штатом только 11 кораблей и 16 фрегатов; вообще финансовое положение Морского ведомства до того улучшилось, что оно могло начать уплату своих долгов, сделанных ранее.