Из свидетельств пастора Ватермана известно, что было некое "приметное место", где были вскрыты глухие каменные подвалы, в которых хранились древние книги. Подвалы находились "около покоя царского". В XVI и XVII вв. "покоевые", т. е. спальные, хоромы царя находились рядом с церковью Святого Лазаря, а еще точнее, прямо напротив алтаря церкви Спаса на Бору. Личные покои князя Иоанна Васильевича 1462–1505 гг. состояли из 5–7 комнат первого этажа. Второй этаж — терема и светелки. Из летописи известно, что драгоценные вещи князя Ивана III и его казна, согласно древнему обычаю, хранились в так называемых "спокоях", т. е. в подвалах и подклетях каменных церквей. Местом, где хранилась казна предшественника Грозного, летописи указывают именно каменную церковь Святош Лазаря. Драгоценные же вещи его супруги Софьи Фоминичны Палеолог хранились под каменной церковью Иоанна Предтечи на Бору у Боровицких ворот.

Значит, под сводами старинных каменных церквей Святого Лазаря и Спаса на Бору были изначально устроены глухие каменные подвалы (склепы) из белого камня. В них было удобно хранить драгоценные вещи, так как частые и опустошительные пожары действительно были большой опасностью.

Такие же мощные подвалы были и под церковью Иоанна Предтечи на Бору. Эта церковь была снесена до основания в 1847 г. При расчистке фундамента было найдено древнее кладбище. Подвалы же были много глубже кладбища, и теперь они могут находиться в 8—10 м от поверхности земли. В настоящее время на месте снесенной церкви находится проезжая дорога и площадь.

Восстановим хронологию событий, связанных с библиотекой московских князей и Ивана Грозного. Известно, что в 1472 г. в Москву, в Кремль, прибыл обоз невесты Ивана III. С собой она привезла 70 возов приданого. В этом обозе были и книги, числом до 800 штук. (Согласно весьма подозрительному списку проф. Дабелова.) По прибытии в Кремль Софья поселилась во дворце-тереме рядом с церковью Иоанна Предтечи. Здесь она была выстроена совсем недавно — в 1461 г., на месте старой, деревянной. Жилые покои князя находились совсем недалеко, около церкви Спаса на Бору. Рядом стояла и церковь Рождества Богородицы. Эта церковь служила домовым храмом княгинь и царевен. Как бы под ней, т. е. уже почти погрузившись в землю, стояла церковь Святого Лазаря. Этот небольшой храм был выстроен еще во времена Ивана Калиты из каменных блоков, которые добывали в Дорогомилове. Камень был настолько тверд и плотен, что через него не просачивалась вода.

Церковь Рождества Богородицы была выстроена в 1396 г. А в 1480 г. эта церковь, надстроенная над храмом Святого Лазаря, внезапно обрушилась и находилась в таком положении до 1514 г.

Сам Иван III умер в 1505 г., и на престол встал его сын — князь Василий III. Если он и знал про библиотеку своего отца, то не предпринял для ее спасения ничего, так как был не в ладах с отцом и жил со своей семьей отдельно. Те же, кто был более осведомлен об этом вопросе: сама Софья, ее брат Андрей и прочие, уже умерли и не могли ничего сообщить о ее местонахождении.

В 1514 г. князь Василий решил восстановить церковь Рождества Богородицы. Началось строительство под руководством архитектора Алевиза Фрязина. Во время восстановительных работ были обследованы и подвалы церкви Святого Лазаря, засыпанной обломками. Тогда же были обнаружены и глухие сводчатые подвалы, где находились сложенные в лари древние книги, лежавшие там без всякой надобности. Книги были в страшной пыли, они ведь хранились не в сундуках, а открыто. Но они были целы, так как в подвале было сухо, и лишь с потолка сыпалась сероватая каменная пыль. Книг было очень много, поскольку там они собирались со времен Дмитрия Донского.

Когда библиотеку показали князю, то он приказал найти ученого человека, способного перевести несколько богослужебных латинских и греческих книг на русский язык. В том же году были посланы в Европу грамоты с просьбой: найти и прислать такого ученого человека. Им оказался Максим Грек. Он прибыл в Москву в 1518 г. Когда его препроводили в подвалы и показали книги, он воскликнул: "Государь! Вся Греция не имеет ныне такого богатства!"

Естественно, что Василий III поручил ему работу по восстановлению порядка в книжном хозяйстве и переводу избранных трудов. То есть он стал первым на Руси библиотекарем. Трудился Максим Грек в княжеской библиотеке 8 лет. За это время он, кроме всего, составил и каталог находившихся в библиотеке книг. Каталог тот до сих пор не найден, поскольку, скорее всего, он хранился в архиве Ивана Грозного. Переводами он тоже занимался. За полтора года он перевел "Толковый Псалтырь", причем работал не один, а с тремя помощниками. Затем он перевел "Триоди".

Князя Василия, прежде всего, интересовали церковные и богослужебные книги. Большинство прочих книг, привезенных Софьей, его просто либо не интересовали, либо языки, на которых они были написаны, Греку не были известны. Так продолжалось до 1526 г. Неизвестно, за какие прегрешения, но библиотекарь попал в опалу и был сослан в Псковский монастырь и заключен в келью. Поскольку заниматься книгами стало некому, а своих грамотеев не хватало, то князь приказал вновь замуровать подвал с совершенно бесполезными книгами, что и было незамедлительно сделано. Со временем про подвалы все позабыли и не вспоминали аж до 1553 г.

В том году, незадолго до своей смерти, Максим Грек рассказал о хранившихся в подвале книгах Ивану Грозному и уточнил, где и какие книги там лежат. Встреча их происходила в Троице-Сергиевой лавре, где в то время жил опальный переводчик. Но царь не слишком-то спешил открывать заветный тайник. И только в 1565 г. (через 12 лет), когда ему порекомендовали немецкого пастора Ватермана, он приказал вскрыть заветные подвалы. Находились эти подвалы (напомним еще раз) прямо под церковью Святого Лазаря, рядом с царскими покоями.