В 1776 г. костел, по какой-то причине, переосвятили в честь Преображения Господнего. Это осуществил епископ Жуковский.

В 1799 г. в храме крестили Адама Мицкевича.

В 1857 г. костел закрыли, сославшись на его ветхость. Но в 1906 г. опять вернули католикам.

В 1921-23 гг. была проведена его основательная реставрация.

Т. В. Габрусь в книге «Мураваныя харалы» сообщает, что в 1624 г. воевода виленский Криштоф Хадкевич, желая внести свою лепту в развитие города, основал в Новогрудке доминиканский костел. Возведенное на его средства здание простояло 100 лет.

До 1724 г. на его месте доминиканцы построили новый храм — на этот раз из камня и в стиле барокко. В 1724 г. его освятили в честь Михаила Архангела. Это была трехнефная базилика с плоским, безбашенным фасадом.

С северной стороны к зданию костела примыкало двухэтажное П-образное здание монастыря. В нем в 1797–1831 гг. действовала школа, в которой в 1807-15 гг, учился Адам Мицкевич.

В 1823 г. во дворе костела возвели каменную двухъярусную колокольню.

В 1853 г. монастырь закрыли. Костел сделался парафиальным (приходским).

После Великой Отечественной войны использование храма по назначению долгое время запрещалось. Директор музея Адама Мицкевича Николай Гайба в районной газете «Новае жыцце» за 19 ноября 1997 г. сообщает, что во времена действия доминиканской школы другого учебного заведения в Новогрудке не было. Школа размещалась в здании доминиканского монастыря и являлась средним учебным заведением. Закончившие ее имели право поступать в Виленский университет.

Школа находилась в подчинении Виленской образовательной округи, тем не менее, монахи-доминиканцы сами разрабатывали программы обучения и методику преподавания. Срок обучения в ней составлял 6 лет. Работало 6–7 преподавателей. Основными предметами были польский и латинский языки, арифметика, математика, риторика, история и физика.

Большинство учащихся жило в интернате, который располагался в том же здании монастыря. Режим для них был следующим: в 6 утра — подъем, потом — молитва, завтрак, в 8 утра — начало первой части занятий, потом обед, с 14 до 16 занятия продолжались.

Отличники имели право носить на груди ленту определенного цвета: преуспевающий по математике — золотого, по религии — красного, по латинскому языку — голубого.

В школе занимались, в основном, дети привилегированного класса, дворян.

Владимир Пашкевич в районной книге «Памяць» (1996) сообщает, что монастырь бонифратров в Новогрудке был основан в 1649 г. подканцлером Великого княжества Казимиром Сапегой (1609-56), младшим сыном известного канцлера Льва Сапеги. Это был первый монастырь бонифратров на территории Великого княжества.

Свою историю этот орден (с латинского — «братья милосердия») начал в Испании в середине XVI в. Впоследствии монастыри этого католического братства появились в 1700 г. в Минске (фундатор Антоний Ванькович), в 1785 г. в Высоком (фундатор Александр Сапега) и в Городне (Карл Панцежинский). Во главе монастырей стояли майоры. Они подчинялись провинциалу и генералу ордена. Статус ордена предписывал лечить больных без разницы веры и звания. По сути, монастыри бонифратров являлись первыми хорошо организованными бесплатными госпиталями наших городов.

В основном, монахи бонифратры занимались врачеванием. С середины XVII в. до 30-х гг. XIX в. в Новогрудке действовал их госпиталь, где оказывалась помощь, в основном, бездетным слоям населения. В те годы частыми были эпидемии. Так, в 1708 г. мор уничтожил половину жителей города.

Преподаватель Гродненского университета Тамара Борисовна Блинова в своей замечательной книге «Иезуиты в Белоруссии» (1990) сообщает, что иезуиты прибыли в Новогрудок из Несвижа в конце XVI в. В общем-то, целью их появления в городе стало искоренение «арианских заблуждений» (лютеранства, кальвинизма и т. д.). В 1612 г. благодаря пожертвованию новогрудского хорунжего Ежи Головни и его жены в городе была открыта миссия. Супруги обеспечили постоянное пребывание иезуитов в Новогрудке, выделив для них из своих наследных имений две деревни. Ян Мошинский передал миссии все свои владения, дом на рынке и 5000 злотых, а также построил костел.

В 1617 г. протестанты под нажимом иезуитов вынуждены были покинуть Новогрудок.

В 1631 г. миссия ордена была преобразована в Новогрудке в резиденцию. Ксендз Градовский пожаловал ей 3200 злотых.

Новогрудской иезуитской резиденции щедро жаловали феодалы. В 1700 г. супруги Варвара и Михаил Потоцкие предоставили ей во владение фольварк Почапов, в 1710 г. Варвара Потоцкая подарила иезуитам Бурдыковщину. В 1708 г. Вериго-Даровские выделили резиденции деревни Койдановщина и Лясковщина.