Однако среди всех пастырских трудов и забот старость и недуги телесные давали о себе знать. Митрополит дважды ходатайствовал об увольнении на покой, однако просьбы его были отклонены. С некоторого времени ему пришлось отказаться от поездок по епархии, которые теперь за него совершали его викарии. На Страстной неделе, почувствовав приближение кончины, он попросил себя пособоровать. Последний раз приобщался в Великий четверг. 30 марта 1879 года он потребовал к себе преосвященного Амвросия (позднее епископа Харьковского) для чтения канона на исход души, а 31 марта в 2 часа ночи его не стало. Святитель был погребен в Духовской церкви Троице-Сергиевой лавры, вместе со святителем Филаретом, который глубоко чтил святителя Иннокентия и нередко говорил о святом миссионере-иерархе: «В нем есть что-то апостольское».

Православная Церковь приснопамятного митрополита Иннокентия, святителя Московского и апостола Америки и Сибири причислила к лику святых, благодатию Божиею прославляемых.

Память святителя Иннокентия празднуется 31 марта (13 апреля по н. ст.), в день блаженной кончины, и 23 сентября (6 октября по н. ст.), в день его прославления, а также 10 июня (23 июня по н. ст.) вместе со всеми сибирскими святыми, прославленными в 1984 году.

Святой равноапостольный Николай, архиепископ Японский, в миру Иван Димитриевич Касаткин, родился 1 августа 1836 года в селе Береза Вольского уезда Смоленской губернии, где его отец служил диаконом. Ребенка назвали в честь славного Пророка, Предтечи и Крестителя Господня. Пяти лет он потерял мать. Окончив Вельское духовное училище, а затем Смоленскую духовную семинарию, в 1857 году Иван Касаткин был отправлен на казенный счет в Санкт-Петербургскую духовную академию, где учился до 1860 года. Прочтя объявление с предложением отправиться кому-нибудь из окончивших академический курс в Японию на роль настоятеля церкви при недавно открытом русском консульстве в городе Хакодатэ, Иван в тот же день во время всенощной решил, что должен принять монашество и ехать в Японию. Ректор академии, епископ Нектарий (Надеждин), благословил его порыв. 23 июня 1860 года в академическом храме Двенадцати Апостолов юношу постригли в монашество с именем Николая. В день памяти первоверховных апостолов Петра и Павла, 29 июня, инок Николай был посвящен во иеродиакона, а 30 июня – в престольный праздник академического храма – в сан иеромонаха.

Зиму 1860–1861 года иеромонах Николай провел в Николаевске-на-Амуре, где он встретился со святителем Иннокентием (Вениаминовым), просветителем Сибири и Аляски, который благословил его и посоветовал вплотную заняться изучением японского языка. Видя бедную рясу иеромонаха, святитель купил хороший бархат и сам выкроил рясу отцу Николаю, а также возложил на него свой наградной наперсный крест.

2 июля 1861 года иеромонах Николай прибыл в японский порт Хакодатэ. В условиях гражданской войны, нападений на иностранцев и строгого запрета на христинство проповедь Евангелия в Японии казалась совершенно немыслимой. По словам самого отца Николая, «тогдашние японцы смотрели на иностранцев как на зверей, а на христианство – как на злодейскую церковь, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи». Восемь лет ушло на то, чтобы изучить страну, народ, язык, нравы, обычаи тех, среди кого предстояло проповедовать, и к 1868 году паства отца Николая насчитывала уже около двадцати японцев. Первым японцем, обращенным в Православие иеромонахом Николаем, стал Такума Савабэ, бывший самурай, синтоистский жрец и превосходный фехтовальщик, принявший Крещение вместе с двумя друзьями.

В 1868 году Япония встала на путь реформ, ориентированных на европейские модели, и появились надежды расширить проповедь. Иеромонах Николай отправляется в Россию испросить разрешение Святейшего Синода открыть в Японии Русскую духовную миссию. В 1870 году император Александр II высочайше утвердил определение Святейшего Синода об учреждении Японской духовной миссии. Отец Николай был возведен в сан архимандрита и назначен начальником этой миссии. Вернувшись в Японию, будущий святитель передал хакодатскую паству иеромонаху Анатолию, а сам перенес центр миссии в Токио. В 1871 году в стране началось гонение на христиан, многие подвергались преследованиям (в том числе первый православный японец, знаменитый впоследствии миссионер-священник Павел Савабе). Только к 1873 году гонения утихли, и стала возможна свободная проповедь христианства.

В тот же год архимандрит Николай приступил к строительству в Токио церкви и школы на пятьдесят человек, а затем и духовного училища, которое в 1878 году было преобразовано в семинарию.

В 1874 году в Токио прибыл преосвященный Павел, епископ Камчатский, чтобы рукоположить во священный сан рекомендуемых архимандритом Николаем кандидатов из местного населения. К этому времени при миссии в Токио действовали четыре училища – катехизаторское, семинарское, женское, причетническое, а в Хакодатэ два – для мальчиков и девочек. Во второй половине 1877 года миссией стал регулярно издаваться журнал «Церковный вестник». К 1878 году в Японии насчитывалось уже четыре тысячи сто пятнадцать христиан, существовали многочисленные христианские общины. Богослужение и преподавание на родном языке, издание книг религиозно-нравственного содержания – вот средства, которые позволили миссии добиться за короткий срок столь значительных результатов.

30 марта 1880 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры состоялась хиротония архимандрита Николая во епископа. Архимандрит Николай посетил Санкт-Петербург, Москву, Казань, Киев и Одессу, собирая добровольные пожертвования на строительство кафедрального собора в Токио. Собор Воскресения Христова был освящен 8 марта 1891 года и стал одним из величайших зданий японской столицы, широко известным среди японцев как «Никорай-доо» («храм Николая») в честь просвятителя Японии.

Епископ Николай, начиная со своего прибытия в Японию и до последних дней, ставил переводческую деятельность во главу угла. Еще в Хакодатэ он начал перевод Нового Завета, сверяясь с греческим, латинским, славянским, русским, китайским и английским текстами Писания, а также с толкованиями святого Иоанна Златоуста. Святитель продолжал свои труды в Токио, переведя Октоих, Цветную и Постную Триоди, все Евангелие и части Ветхого Завета, необходимые для совершения годичного круга богослужений, составил на японском языке особый православный Богословский словарь.

В мае 1891 совершилось покушение на цесаревича Николая Александровича во время его пребывания в Японии, но личное заступничество епископа Николая сыграло важную роль в предотвращении русско-японского столкновения. Когда Русско-японская война 1904–1905 года все-таки разразилась, епископ Николай, единственный из русских подданных, остался со своей паствой в Японии. Стали прибывать русские пленные (общее их число достигало семидесяти трех тысяч), и святитель Николай с согласия японского правительства образовал Общество духовного утешения военнопленных. Для окормления пленных им были отобраны пять священников, владевших русским языком. Каждого пленного, прибывшего в Японию, Японская Церковь благословила серебряным крестиком. Пленные снабжались иконами и книгами.