За тридцать шесть лет своего миссионерского служения владыка Макарий приобрел всероссийскую известность. В 1891 году его назначают епископом Томским. Владыка Макарий считал, что пастырь должен быть готов «во всякое время износить из сокровищницы души своея для одних утешение, для других – наставление, для третьих – ободрение, а для иных обличение». Он занимался также попечительством: к концу пребывания его на Томской кафедре в Томске было одиннадцать церковно-приходских попечительств, занимавшихся сбором средств для бедных, шесть приютов для детей, ночлежный дом, пять богаделен. За время его служения в епархии было открыто двести семнадцать новых приходов, два женских монастыря, двести двадцать девять церковно-приходских школ, четыреста сорок два приходских попечительства.

Святитель Макарий предчувствовал грядущие события в России. В одном из своих поучений он говорил: «Мы переживаем смутные времена. Бывали на Руси лихолетия, но тогда было не так худо, как теперь. Тогда были все за Бога, все желали знать, что Ему угодно; а теперь не то. Тогда были за Царя. Теперь опять не то. Теперь слышатся голоса хульные на Бога и замыслы против Помазанника Его… В подметных письмах и листках их мы читаем, что они, как вестники ада, жаждут разрушения, беспорядков… Их желание – все перевернуть, чтобы голова стала внизу, а ноги наверху; чтобы честный человек ждал милости из рук босяка, которого они хотят сделать раздаятелем награбленного ими…» Владыка предрекал, обличая смутьянов: «Не хотите вы своей русской власти, так будет же у вас власть иноплеменная».

В мае 1906 года его возвели в сан архиепископа. А в 1912 году назначили митрополитом Московским и Коломенским и членом Святейшего Синода. В Москве, как и в Томске, владыка большое внимание уделяет катехизации народа, смело обличает нравственную распущенность современников, выступает против всего, что подтачивает «твердыню Церкви Божией».

Митрополит Макарий был духовным писателем, имел дар умной сердечной молитвы, был строгий монах и аскет. Владыка Макарий известен и как добрый восстановитель мира в афонских спорах об имени Божием (1912 г.). Его совесть не могла мириться с теми грубыми методами, какие были применены к русским имяславцам на Афоне – последователям древнего аскетического учения о внутреннем безмолвии (исихазме). И святитель в 1914 году создал особую Комиссию при Московской Синодальной Конторе, которая определила учение имяславия православным, не содержащим ереси и несправедливое решение Святейшего Синода относительно афонских старцев было упразднено.

В 1917 году, после Февральского переворота, в газетах начинается кампания клеветы на владыку, который остался верен присяге Государю и отказался присягнуть Временному правительству. Его не допустили на Всероссийский собор 1917–1918 годов, лишили положенного ему по статусу содержания и права проживания в Троице-Сергиевой лавре, священноархимандритом которой он был, сослав в Николо-Угрешский монастырь. Владыка прожил в Николо-Угрешском монастыре восемь лет. В 1920 году он был утвержден Святейшем Патриархом Тихоном в звании митрополита Алтайского.

20 августа 1920 года владыку постигла болезнь, которая до конца жизни изменила внешний строй его жизни – частичный паралич. Но и в болезни вел он жизнь подвижническую. Вставая в половине пятого, читал утренние молитвы, дневной Апостол, Евангелие, толкование, синодик, третий, шестой и девятый часы, садился за работу. В семь часов молился за Литургией, вычитывая по служебнику все молитвы. После скромного завтрака вновь садился за труды. В праздности не находился ни единого часа. В течение дня по четкам он совершал особое правило, молясь Спасителю, Божией Матери и святым, которых особо чтил. После вечерней службы продолжал занятия или читал духовные книги. Спал всегда в подряснике урывками, прерывая сон ради духовного бодрствования. В двенадцать часов ночи вычитывал полунощницу.

Святейший патриарх Тихон не раз посещал больного владыку, последнее их свидание было в августе 1924 года, оба испросили друг у друга прощения. Священномученик митрополит Петр, став патриаршим местоблюстителем, просил у старца благословения, и владыка с любовью подарил ему свой белый клобук.

Выдающийся святитель-миссионер, «апостол Алтая», «Сибирский столп Православия», «живой русский святой» – так называли его современники – почил 16 февраля 1926 года. Похоронен был митрополит в ограде, за алтарем, местной церкви села Котельники (близ станции Люберцы), где он жил с 1925 года после закрытия Николо-Угрешского монастыря.

16 апреля 1957 года Святейшим Патриархом Алексием была учреждена комиссия, которая вскрыла могилу владыки. Гроб почти весь разрушился (осталась лишь нижняя доска), а тело и облачения оказались нетленными. Тело митрополита Макария было перенесено в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру и погребено в нижней части Успенского собора.

Причислен к лику святых Русской Православной Церкви для общецерковного почитания на Архиерейском Соборе в августе 2000 года. Включен в Собор Московских святых.

Память его отмечается 16 февраля (1 марта по н. ст.) и 6 сентября в день Собора Московских святых.

Так потрудились святые апостолы Христовы и святые равноапостольные мужи и жены в деле благовествования Христова, и Святая Церковь свято чтит и празднует их память. Но дело благовествования не прекратилось и до сих пор и впредь прекращаться не должно и не прекратится, ибо, по обетованию Господа нашего Иисуса Христа, Евангелие Его будет проповедано всем народам и во всех странах лишь в последнюю годину мира, пред пришествием антихриста. И в настоящее время есть и будут впредь являться на земле апостолы Христовы, посвящающие жизнь свою распространению веры Христовой на земле. Миссионерство нашего времени, главной задачей которого является распространение христианства между неверующими, есть то же апостольство, и миссионеры суть те же апостолы Христовы, которых должен свято уважать и жизни которых должен подражать всякий христианин. Апостольские труды доступны всем, и дело благовествования Христова возможно для всякого. Каждый христианин должен участвовать в нем и содействовать ему всеми своими силами и возможными средствами. Не всякий, быть может, по своему общественному положению и другим обстоятельствам в состоянии идти к народам иной веры для распространения между ними веры Христовой; но миссионерство, дело благовествования Христова, и не должно быть понимаемо в этом узком смысле. Всякий из нас может содействовать делу благовествования Христова, где бы и среди бы какого общества он ни находился. В наше время многие называют себя христианами; но многие ли из них знают истины Христовой веры и следуют евангельским заповедям? В этом смысле распространение и утверждение в умах и сердцах окружающих нас людей истин Христовой веры и забота о Православии и правомыслии христиан есть то же благовестие Христово, которое взяли на себя некогда святые апостолы. Всякий епископ и священник уже по самому призванию и назначению своему должен быть благовестник Христов. И каждый христианин должен содействовать распространению истин христианской религии и верного их понимания по духу и учению Православной Церкви – в той среде и в том обществе, в которых он живет и действует. В этом случае благовествование Христово может выражаться в действии и добрым словом, и примером, по слову Спасителя: тако да просветится свет ваш пред человеки, яко да видят ваша добрая дела и прославят Отца вашего, иже на небесех (Мф. 5, 16). В благовествовании, понимаемом в таком именно смысле, в настоящее время, при распространении различных религиозных заблуждений и антихристианских понятий, ощущается самая насущная нужда. Искоренение по мере сил и возможностей неправых учений и вразумление неправомыслящих – есть то же благовествование Христово и прямой долг каждого из нас. Много предстоит и на этом пути лишений, страданий, затруднений и неприятностей. Но взявший на себя этот тяжелый подвиг должен вспоминать святых апостолов и подражать им в деле благовествования Христова. Их действия в этом случае должны служить примером и руководством для каждого из нас. В особенности их беспримерное терпение в страданиях, их нравственная стойкость и непоколебимая вера и надежда на Бога представляют совершенный образец и идеал, к которому мы должны стремиться. Дело благовествования Христова, будем ли мы иметь в виду распространение веры Христовой между неверующими или распространение православного учения между неправомыслящими, всегда благословляется невидимо Богом, но достигает благого результата при добром желании, терпении, твердой вере и пламенной любви к Богу. Каждый из нас должен подражать в этом святым апостолам и содействовать делу благовествования Христова по мере сил и способностей, невзирая на предстоящие затруднения и неприятности, памятуя слова Спасителя: блажени есте, егда поносят вам, и ижденут, и рекут всяк зол глагол на вы, лжуще Мене ради. Радуйтеся и веселитеся, яко мзда ваша многа на небесех (Мф. 5, 11–12).