Самостоятельность начальника Генерального штаба, первоначально воспринимавшаяся как источник его силы, вскоре обернулась слабостью, поскольку выяснилось, что он реально ничем не распоряжался (прежде всего средствами на планируемые им преобразования). Поставленный во главе его генерал-лейтенант Ф.Ф. Палицын превратился в «почетного консультанта» или «ходатая по военным делам» [551] . В 1908–1909 гг. четко обозначилась тенденция к свертыванию реформы. По словам В.А. Сухомлинова, к этому времени «никто друг друга уже больше не понимал» [552] .

Как и в прежние годы, борьба за централизацию руководства военным ведомством наталкивалась на сильнейшее противодействие членов императорской фамилии (главнокомандующего гвардией и Петербургского округа великого князя Николая Николаевича, генерал-инспектора артиллерии великого князя Сергея Михайловича, генерал-инспектора по инженерной части великого князя Петра Николаевича, главного начальника военноучебных заведений великого князя Константина Константиновича и др.), занимавших в армии ключевые посты и пользовавшихся большим влиянием на Николая II. «Каждый великий князь, – отмечал А.Ф. Редигер, – норовил выкроить себе автономный удел, и от него не было не только возможности избавиться, но даже не было возможности добиться чего-либо ему неугодного» [553] . В.А. Сухомлинов считал задачу устранения влияния великих князей на царя («злой воли на слабую») «главным условием для спасения России» [554] .

Постепенно военному министру удалось вернуть в свое подчинение и остальные части военного управления. Совет государственной обороны был упразднен летом 1909 г. (фактически он не функционировал с весны 1908 г.), после того как великий князь Николай Николаевич вступил с Николаем II в полемику по поводу распределения бюджетных средств между армией и флотом. Летом 1908 г. начальник ГУГШ был лишен права самостоятельного доклада царю и фактически подчинен военному министру. Наконец, в декабре 1909 г. права личного доклада царю лишились все четыре генерал-инспектора. Кроме того, в 1909–1910 гг. была оптимизирована структура самого Военного министерства, ликвидированы дублирующие органы, обновлен кадровый состав [555] . С объединением управления военным ведомством значительно ускорилась реформа армии.

На фоне столь серьезных преобразований в высших органах военного руководства военно-окружные управления в основном сохраняли традиционную структуру, приданную им еще при их создании в 60-х гг. XIX в. К 1914 г. с учетом ряда местных особенностей они имели следующий состав: военно-окружной совет (высший административно-хозяйственный орган); штаб округа (орган оперативного планирования и управления); управления, ведавшие материально-техническим снабжением, – интендантское, артиллерийское, по квартирному довольствию войск (преобразовано в 1912 г. из окружного инженерного управления), военно-санитарное (до 1910 г. – военно-медицинское), военно-ветеринарное, инспектора по инженерной части (создано в 1912 г. вместо штаба инспектора полевых инженерных войск округа), инспектора госпиталей и военно-окружной суд. Во главе округа стоял командующий, нередко совмещавший военную и гражданскую власть, то есть являвшийся генерал-губернатором (Варшавский, Кавказский, Иркутский округа и т. д.).

Окружной штаб (для приграничных округов) подразделялся на три управления: генерал-квартирмейстера (строевое, мобилизационное, отчетное отделения); дежурного генерала (инструкторское, хозяйственное, госпитальное отделения, канцелярия, архив); начальника военных сообщений (военно-дорожное и этапное отделения). В 1912 г. эта структура с некоторыми дополнениями (топографическая часть, военно-судное отделение, типография, литография) была распространена на все окружные штабы. В 1914 г. структуру штабов дополнили отделения военно-цензурное и гражданских дел.

Состав округов в Европейской России по сравнению с прежним периодом остался неизменным (Виленский, Варшавский, Киевский, Одесский, Петербургский, Московский, Казанский). Также без изменений сохранились Кавказский и Туркестанский округа.

Перемены, связанные с Русско-японской войной, произошли лишь на востоке империи. В 1906 г. Сибирский военный округ, расквартированный на огромном пространстве Сибири, в интересах облегчения управления войсками в случае повторной войны с Японией был разделен на Иркутский и Омский округа [556] . Приамурский военный округ уже не мог использоваться как база для развертывания русских войск после заключения невыгодного для России Портсмутского мира, по сути нарушившего нормальное сообщение с Приморьем (потеряна была проложенная по территории Маньчжурии железная дорога).

Местные военные власти (командующий сухопутными силами на Дальнем Востоке генерал от инфантерии Н.И. Гродеков) настаивали на всемерном укреплении Приморья как автономного театра военных действий путем содержания здесь крупной группировки войск по штатам военного времени и усиления крепости Владивосток [557] . Программа эта за недостатком средств была реализована лишь частично. В Приморье разместились семь Восточно-Сибирских стрелковых дивизий, две из которых содержались по штатам военного времени, а еще две Восточно-Сибирские дивизии (одна по штатам военного времени) – в Забайкалье, прикрывая харбинское направление [558] .

Управление Иркутского округа было воссоздано после его упразднения в 1899 г. В состав этого округа вошли Иркутская и Енисейская губернии, Якутская и Забайкальская области (последняя выделена из состава Приамурского округа). В границы Омского округа вошли территории Тобольской и Томской губерний, а также Акмолинской и Семипалатинской областей. Окружное управление в Иркутске формировалось заново, а управление Сибирского округа было переименовано в Омское [559] .