Положение великого магистра было не из лучших. Наемники требовали денег, которые орден был не в состоянии заплатить, в то время как польский король готов был платить за помощь конфедератам и наемникам, которых не мучили угрызения совести, он мог удерживать Мариенбург и контролировать действия магистра и всех тевтонов. Измена наемников, грабежи и резня, которыми они не гнушались по отношению к мирному населению регионов, привели к тому, что некоторые конфедераты усомнились в целесообразности политики своих руководителей. Но было слишком поздно. Когда народ Данцига захотел примириться с орденом, руководители Конфедерации попросили наемников подавить мятеж и насильно принудили жителей Данцига подчиниться Конфедерации. Тем временем наемники вели переговоры с поляками и по договору от 15 августа 1456 г. пообещали продать королю Польши Мариенбург, Диршау, Меве, Кониц и Хаммерштейн за 436 192 венгерских флоринов, подлежащих выплате до конца года. В то же самое время они предложили магистру, что откажутся от своего соглашения с поляками, если орден выплатит им аналогичную сумму… незамедлительно. Однако орден был не в состоянии собрать подобную сумму за такое короткое время. Мариенбург и его жители оказались в полном распоряжении озверелой банды наемников.

Пока руководители наемников торговались, их солдатня вела себя в Мариенбурге как истинный хозяин. Реально братья ордена были пленниками наемников, которые стали их тюремщиками. Наемники не испытывали никакой жалости к членам ордена, большинство из них было табористами, самыми экстремистки настроенными гуситами, и подчинить себе членов религиозного ордена, преданного папству, было для них удовольствием. Гуситкие войны, которые разрушали Богемию в течение тридцати лет, таким неожиданным образом нашли свое продолжение в Пруссии.

Не было такого унижения, которое бы ни выпало на долю тевтонских рыцарей в течение долгих месяцев их пленения. Меморандум, составленный магистром Людвигом фон Эрлихсхаузеном, описывает их жизнь, когда наемники ввели свой порядок: «Когда братья ордена вставали, чтобы отправляться на утреннюю службу в монастырскую церковь Мариенбурга, их хватали солдаты, били розгами, раздев догола, прогоняли голыми из церквей и монастыря. И дабы лишить их возможности одеваться, врывались к ним в кельи, хватали одежду и рвали ее на куски, мечами рубили постели. Иной раз солдаты ночью оскорбляли братьев ордена в их кельях, подняв их с постели среди ночи, издевались над ними, вплоть до того, что заставляли их выпрыгивать из окон…»

Сам магистр был заперт в своих апартаментах, и его постоянно охраняли многочисленные солдаты; он был лишен возможности писать, не получал почту и пребывал в полной изоляции. Плен магистра и братьев длился более шести месяцев до того момента, когда, получив обещаемые деньги, наемники оставили Мариенбург полякам. 8 июня 1457 г. в Троицу король Казимир вошел в Мариенбург. Накануне магистр Людвиг фон Эрлихсхаузен вынужден был покинуть замок, не имея возможности взять с собой церковные реликвии, особенно кусочек истинного Креста Господня, что некогда Герман фон Зальца получил от Фридриха П. В последний момент, вопреки своим обещаниям, предводитель цыган отдал эти реликвии полякам. Магистр отправился в Кенигсберг, который отныне становится резиденцией великих магистров Тевтонского ордена.

Война с Польшей тем не менее на этом не закончилась, но ставки уже были сделаны. Тевтонский орден не имел сил, чтобы сопротивляться Конфедерации и полякам. Крепости Пруссии сдавались одна за другой. Время от времени прибывало небольшое подкрепление из Германии, что позволяло добиться кое-каких успехов. Прусские подданные ордена требовали, чтобы был положен конец войне. В 1465 г. жители Кенигсберга потребовали от магистра заключить мир. Некоторые дворяне и мещане Самбии организовали заговор против него; заговор был раскрыт, шесть заговорщиков казнены. Дальше медлить было нельзя. Крепости, которые еще удерживали тевтонские рыцари, сдавались одна за другой.

В начале августа 1466 г. начались переговоры в Штеттине (Щецин) в присутствии папского легата. Они закончились 19 октября заключением Второго Торнского мира. По договору тевтонские владения разделялись между Польшей на западе и орденом на северо-востоке. Тевтонский орден отказывался в пользу Польши от Кульмерланда со всеми городами и крепостями (Торн, Кульм и т. д.), от Померании со всеми крепостями (Данциг, Штеттин и т. д.), также от города и замка Мариенбург и от городов Эльбинг и Христбург со всеми прилежащими территориями. Епископства Вармии и Кульма, так же как и города, от них зависящие, переходили под юрисдикцию польской Церкви. Со своей стороны, Тевтонский орден сохранял все, что понималось отныне как восточная Пруссия и Кенигсберг, Мемель, епископство Самбии и Помезании; на деле магистр Тевтонского ордена признавал себя вассалом короля Польши, как и будущие его преемники.

Был изменен устав ордена. В первую очередь, как вассалов короля Польши и подданных Короны, магистров нельзя было смещать без согласия короля; кроме того, польские рыцари могли быть приняты в Тевтонский орден, в то же время их численность не должна была превышать половины численности ордена.

Таким образом, после заключения Второго Торнского мира образовалось две Пруссии — Пруссия королевская и Пруссия герцогская. Но каждая из этих Пруссии являла печальную картину разрухи и разорения; война оставила глубокие следы: сохранились только три тысячи двадцать деревень на всю Пруссию, тогда как в начале XV столетия их насчитывалось двадцать одна тысяча, не считая десятков тысяч человеческих жертв.

Прямые преемники Людвига фон Эрлихсхаузена, магистры Генрих фон Плауен младший (1467-1470), Генрих фон Рихтенберг (1470-1477), Мартин фон Ветцхаузен (1477-1489) и Иоанн фон Тифен (1489-1497) пытались поднять страну из руин и воскресить былую мощь ордена в своей новой столице Кенигсберг, население которого превышало десять тысяч жителей. Стремясь сохранить мир, они строжайшим образом соблюдали обязательства, навязанные им Польшей. Кроме Восточной Пруссии, Тевтонский орден владел в Ливонии значительными земельными наделами и недвижимостью, а также в Священной империи, Италии, Венгрии, главным образом, в виде командорств, сел, госпиталей, зданий, получал он и какие-то нерегулярные выплаты.